小鼠体细胞重编程过程关键转录因子在lncRNA区域的结合模式研究

发布时间：2022-07-03 16:53

　　诱导多能性干细胞（induced pluripotent stem cell,iPSC）在再生医学、体外疾病模拟和药物筛选等领域都有很好的应用前景,然而重编程效率低的问题严重阻碍了iPS细胞的广泛应用。Oct4、Sox2、Klf4、cMyc（简称OSKM）等体细胞重编程过程关键转录因子（TF）,在体细胞身份转变中发挥着十分关键的先锋调控作用。前期关于OSKM靶向调控体细胞基因组重编程的研究主要集中在编码蛋白基因的启动子调控区域,筛选出一些可替换的关键基因。近期,越来越多的证据表明长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）在体细胞重编程过程中具有同样重要的调控作用,但关键转录因子在该区域的动态靶向调控模式仍未系统分析和研究。本研究首先绘制了小鼠体细胞重编程关键时间点Oct4、Sox2、Klf4、cMyc、Nanog和Esrrb共计6种转录因子的靶向结合染色体分布模式,结果表明多能性TF对于重编程的调控主要在9、10、13和17号常染色体上,并且倾向于结合在启动子含内源性逆转录病毒K（ERVK）的lincRNA上。进一步,通过整合ATAC-seq数据,我们发现... 

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【学位级别】：硕士

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摘要
ABSTRACT
缩略词表
第一章 文献综述
    1.1 体细胞重编程
        1.1.1 体细胞重编程进程
        1.1.2 体细胞重编程的分子机制
    1.2 lncRNA在体细胞重编程中的研究进展
        1.2.1 长链非编码RNA
        1.2.2 lncRNA在体细胞重编程中的重要作用
第二章 数据与方法
    2.1 数据来源
    2.2 转录因子ChIP-seq及染色质开放ATAC-seq数据分析
        2.2.1 转录因子ChIP-seq数据分析
        2.2.2 ATAC-seq数据分析
    2.3 基因组lncRNA注释
        2.3.1 lncRNA的分类注释
        2.3.2 lincRNA启动子所含的TE序列注释
    2.4 基因功能富集分析
    2.5 共表达网络分析
        2.5.1 RNA-seq数据分析
        2.5.2 lncRNA和蛋白编码基因的差异表达分析
        2.5.3 共表达网络的构建
第三章 小鼠体细胞重编程过程关键转录因子在lncRNA区域的动态结合模式
    3.1 引言
    3.2 小鼠体细胞重编程过程关键转录因子在lncRNA区域的结合模式分析
        3.2.1 小鼠lncRNA基因的数目及分类概况
        3.2.2 关键多能性转录因子的靶向结合染色体分布模式偏好
        3.2.3 体细胞重编程过程关键转录因子动态结合模式以及染色质开放性的关联分析
        3.2.4 lncRNA启动子区域关键转录因子的动态结合模式
        3.2.5 体细胞重编程过程中OSKM结合启动子偏好与lncRNA特征的关系
第四章 小鼠iPSC多能性相关PC-lncRNA基因共表达网络分析
    4.1 lncRNA和PC基因的差异表达分析
    4.2 iPSC多能性相关PC-lncRNA基因共表达网络构建
    4.3 iPSC多能性相关PC-lncRNA基因共表达网络关键lncRNA的筛选
    4.4 iPSC多能性相关PC-lncRNA基因共表达网络模块挖掘
第五章 讨论与展望
    5.1 讨论
    5.2 展望
参考文献
附录
致谢



本文编号：3655272