西北太平洋表层浮游微生物群落的宏基因组学研究

发布时间：2024-02-18 17:43

　　海洋微生物具有生物量大,丰富多样,遗传信息复杂等特点,在全球生物地球化学过程中起着至关重要的作用。海洋微生物群落的研究对于我们理解微生物的生物量、多样性和生态系统功能等方面至关重要。在西北太平洋海域,有关微生物宏基因组的研究还只有零星开展。本论文采用宏基因组测序法对西北太平洋开阔海域不同水团的表层浮游微生物群落结构进行了分析,并引用已发表的16S rRNA数据探讨不同季节浮游微生物的地理分布。对夏季西北太平洋表层浮游微生物群落宏基因组学进行研究,一共获得743531条组装序列(contigs),涉及44个门类,6000多种微生物,而春季的表层浮游微生物群落涉及22个门类。并发现蓝细菌(Cyanobacteria),变形菌(Proteobacteria),拟杆菌(Bacteroidetes)和放线菌(Actinobacteria)是西北太平洋表层微生物群落的主要类群,占群落组成的95%以上。此外,春季时,不同水团间群落结构存在明显的差异,原绿球藻(Prochlorococcus)和假交替单胞菌(Pseudoalteromonas)主要分布于寡营养盐的副热带逆流区,黄杆菌(Flavobac...

【文章页数】：78 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图１．１．１第一代测序技术原理图（来源??ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｖｃｅ．ｂｉｏｎｉｎｊａ．ｃｏｍ．ａｕ／ａｏｓ－３－ｈｅｒｅｄｉｔｙ／ｍｏｌｅｃｕｌａｒ－ｂｉｏｌｏｇｙ－ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ／ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．ｈｔｍｌ）

?山东大学硕士学位论文???同环境的海洋生态系统正经历着不同的变化，这对未来海洋环境的监测和气候的预测??有着重要作用。??１．１宏基因组学技术及其应用??１丄１?ＤＮＡ测序技术??１．第一代测序技术??以Ｓａｎｇｅｒ法为代表的测序方法称为第一代测序技术，同时也叫链终止法（ｃｈａ....

图１．１．４纳米孔测序原理图（图ａ来源百度百科，图ｂ来源于牛津纳米孔公司官网??ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｌａｂｉｏｔｅｃｈ．ｅｕ／ｍｅｄｉｃａｌ／ｏｘｆｏｒｄ－ｎａｎｏｐｏｒｅ－ｗｈｏｌｅ－ｇｅｎｏｍｅ－ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ／）

?山东大学硕士学位论文???＿５？?卜满？Ｉ满，诗纖??７?ｆ??Ｎａｎｏｐｏｒｅ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ?ｏｆ?ＤＮＡ??（ａ）?（ｂ）??图１．１．４纳米孔测序原理图（图ａ来源百度百科，图ｂ来源于牛津纳米孔公司官网??ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｌａｂｉｏｔｅｃｈ．ｅｕ／ｍｅｄｉｃ....

图２．１西北太平洋研宄海域内的流系及采样站位

?山东大学硕士学位论文???Ｂ＊＿?＿?．?■厂?１，??－審‘置擎■：．．＿??ｉ?Ｗｒ９?，?ｉ??２〇ＮＶ?ｔ＇?．?＾＾Ｔ．：－?－｜?；?－＇：；？－?ｙ?］??，０，?２崎猶航次采样??▲?灘，ｗｍ＇■流系?｜?ｒ?▲?．賊??ｆｆ０＊￡?１２０°Ｅ?１３０．Ｅ?Ｕ０....

图２．２宏基因组数据分析流程??Ｆｉｇｕｒｅ?２．２?Ｆｌｏｗ?ｏｆ?ｍｅｔａｇｅｎｏｍｉｃ?ｄａｔａ?ａｎａｌｙｓｉｓ．??表２．２．２宏基因组原始数据预处理结果??

?山东大学硕士学位论文???８．?Ｂｉｎｓ重组?Ｒｅａｓｓｅｍｂｌｅｄ?物种注释??原始数据?装?—Ｂｉｎｓ?信息??１?＾?ｔ?Ｉ??１．＿质控?？质控信息?ＲｅｆｉｎｅｄＢｉｎｓ?９．?Ｂｉｎｓ去重?功冗释??＇?信息??注释信息??｜?ＮＳ＇Ｓ＼??质控数据?、Ｉｆ?齡—功....

本文编号：3902283