利用生物信息技术预测离子通道蛋白和青蒿抗肿瘤相关蛋白研究
发布时间：2021-01-13 07:26
离子通道是位于所有细胞脂质膜中的离子渗透性蛋白质孔,不同的离子通道在不同的生物过程中具有独特的功能。在这些离子通道之中,有很大一部分与疾病的发生及治疗都有关系,并且已知离子通道是超过700种药物的靶标。离子通道的数量不断增加,随着高通量质谱技术的迅速发展,蛋白质组学数据也在迅速积累。离子通道在细胞传导中起着重要的作用,它与许多疾病息息相关,在肿瘤和癌症的研究中起着重要的作用,是临床与科研的热点领域。并且,已经有研究表明中药对于治疗“通道病”具有良好的效果,所以对离子通道的快速准确的预测分类需要进一步的研究。本文的重点是首先利用生物信息学中的文本挖掘技术找到中药青蒿与肿瘤的八个关键靶点蛋白,进一步的研究发现这些关键靶点蛋白通过作用于细胞内离子浓度从而产生抗肿瘤作用,因此进一步对离子通道进行预测分类。然后基于蛋白质的物理化学性质和其他性质及特征,利用随机森林模型和支持向量机算法构建离子通道蛋白的分类器,用于确定蛋白质序列是否是离子通道蛋白质,并对离子通道蛋白质分类为家族及子家族。一旦确定了该蛋白质序列为离子通道,就可以进一步的对其进行分类研究。在本文中,采用三个评估指标:灵敏度（Sn）、总...
【文章来源】：哈尔滨商业大学黑龙江省
【文章页数】：63 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１－１实验流程图??Ｆｉｇ．?２－１?Ｆｌｏｗ?ｃｈａｒｔ?ｏｆ?ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔ??
ｒ－Ｔ／?，、＇?…二冲?＝Ｚ—?ｕ??一?—?ｗｍｚｍ??ｉ?ｙ?／?＼?＇?—?＇?ＷＳＴｌ?Ｌ，?Ｖ?ＮｏｄｆｌｉｔＭｌ?ＳＣＯ？ｆ＜ｎＭ??ｙ?Ｊ?＼?ＳＩＣ１?）?．?ｔｔａｔ?－?？?Ｕｎｕｔ＊？?Ｐｒａ？？ｒ？ｅ？??＼?／?１?＼?＇?？?Ｗ：?ｒ?＾ＣＯ－??Ｎ．?ｌ＞〇Ｈｊ?；?ＣｉＴｌ?：?，Ｖ－．＇?Ｉ?＇ｊ?ｔ０９？ｒ？ｎｃＦＭ＜?；?；?？??ｍ?ＮＶ?－?ｒ?＾?广?ｊ?ｗ？［＊?：?＾??ｒ，：?／?／?丨?＼?、??图２－３?Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ３．７．２中用户界面??Ｆｉｇｕｒｅ．?２－３?ｕｓｅｒ?ｉｎｔｅｒｆａｃｅ?ｉｎ?Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ?３．７．２??２．?４实验结果与分析??通过使用Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ３．７．２对青蒿与肿瘤进行Ｍｅｒｇｅ的实验结果显示，青蒿与肿瘤之??间的关键靶蛋白有八个，分别是：肿瘤坏死因子（ＴＮＦ）、血管内皮生长因子（ＶＥＧＦ）、磷??脂酰肌醇３－激酶（ＰＩ３Ｋ）、乙醛脱氢酶ｌ（ＡＬＤＨｌ）、Ｂｃｌ－２、ＭｉｃｒｏＲＮＡ?（不是蛋白，但是在??发挥作用时与蛋白结合）、ｐ３８，丝裂原活化蛋白激酶（ＭＡＰＫ）和ＣＡＳＰ３。其中中间的八??个红的所代表的是青蒿与肿瘤之间的关键靶蛋白，它们之间的连接线表示与青蒿或者肿??瘤相关，这八个关键靶蛋白与青蒿和肿瘤之间都有联系，所以这八个为青蒿和肿瘤的关??键靶蛋白。最终的实验结果共有９６１个节点（参数），和３３５条边，将青蒿与肿瘤间的关??键靶蛋白选取出来，实验结果如下图２－４所示。??图２￣４使用Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ找到青蒿和肿瘤之间的关键靶蛋白??－１７－??
ｒ－Ｔ／?，、＇?…二冲?＝Ｚ—?ｕ??一?—?ｗｍｚｍ??ｉ?ｙ?／?＼?＇?—?＇?ＷＳＴｌ?Ｌ，?Ｖ?ＮｏｄｆｌｉｔＭｌ?ＳＣＯ？ｆ＜ｎＭ??ｙ?Ｊ?＼?ＳＩＣ１?）?．?ｔｔａｔ?－?？?Ｕｎｕｔ＊？?Ｐｒａ？？ｒ？ｅ？??＼?／?１?＼?＇?？?Ｗ：?ｒ?＾ＣＯ－??Ｎ．?ｌ＞〇Ｈｊ?；?ＣｉＴｌ?：?，Ｖ－．＇?Ｉ?＇ｊ?ｔ０９？ｒ？ｎｃＦＭ＜?；?；?？??ｍ?ＮＶ?－?ｒ?＾?广?ｊ?ｗ？［＊?：?＾??ｒ，：?／?／?丨?＼?、??图２－３?Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ３．７．２中用户界面??Ｆｉｇｕｒｅ．?２－３?ｕｓｅｒ?ｉｎｔｅｒｆａｃｅ?ｉｎ?Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ?３．７．２??２．?４实验结果与分析??通过使用Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ３．７．２对青蒿与肿瘤进行Ｍｅｒｇｅ的实验结果显示，青蒿与肿瘤之??间的关键靶蛋白有八个，分别是：肿瘤坏死因子（ＴＮＦ）、血管内皮生长因子（ＶＥＧＦ）、磷??脂酰肌醇３－激酶（ＰＩ３Ｋ）、乙醛脱氢酶ｌ（ＡＬＤＨｌ）、Ｂｃｌ－２、ＭｉｃｒｏＲＮＡ?（不是蛋白，但是在??发挥作用时与蛋白结合）、ｐ３８，丝裂原活化蛋白激酶（ＭＡＰＫ）和ＣＡＳＰ３。其中中间的八??个红的所代表的是青蒿与肿瘤之间的关键靶蛋白，它们之间的连接线表示与青蒿或者肿??瘤相关，这八个关键靶蛋白与青蒿和肿瘤之间都有联系，所以这八个为青蒿和肿瘤的关??键靶蛋白。最终的实验结果共有９６１个节点（参数），和３３５条边，将青蒿与肿瘤间的关??键靶蛋白选取出来，实验结果如下图２－４所示。??图２￣４使用Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ找到青蒿和肿瘤之间的关键靶蛋白??－１７－??
本文编号：2974473
【文章来源】：哈尔滨商业大学黑龙江省
【文章页数】：63 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１－１实验流程图??Ｆｉｇ．?２－１?Ｆｌｏｗ?ｃｈａｒｔ?ｏｆ?ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔ??
ｒ－Ｔ／?，、＇?…二冲?＝Ｚ—?ｕ??一?—?ｗｍｚｍ??ｉ?ｙ?／?＼?＇?—?＇?ＷＳＴｌ?Ｌ，?Ｖ?ＮｏｄｆｌｉｔＭｌ?ＳＣＯ？ｆ＜ｎＭ??ｙ?Ｊ?＼?ＳＩＣ１?）?．?ｔｔａｔ?－?？?Ｕｎｕｔ＊？?Ｐｒａ？？ｒ？ｅ？??＼?／?１?＼?＇?？?Ｗ：?ｒ?＾ＣＯ－??Ｎ．?ｌ＞〇Ｈｊ?；?ＣｉＴｌ?：?，Ｖ－．＇?Ｉ?＇ｊ?ｔ０９？ｒ？ｎｃＦＭ＜?；?；?？??ｍ?ＮＶ?－?ｒ?＾?广?ｊ?ｗ？［＊?：?＾??ｒ，：?／?／?丨?＼?、??图２－３?Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ３．７．２中用户界面??Ｆｉｇｕｒｅ．?２－３?ｕｓｅｒ?ｉｎｔｅｒｆａｃｅ?ｉｎ?Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ?３．７．２??２．?４实验结果与分析??通过使用Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ３．７．２对青蒿与肿瘤进行Ｍｅｒｇｅ的实验结果显示，青蒿与肿瘤之??间的关键靶蛋白有八个，分别是：肿瘤坏死因子（ＴＮＦ）、血管内皮生长因子（ＶＥＧＦ）、磷??脂酰肌醇３－激酶（ＰＩ３Ｋ）、乙醛脱氢酶ｌ（ＡＬＤＨｌ）、Ｂｃｌ－２、ＭｉｃｒｏＲＮＡ?（不是蛋白，但是在??发挥作用时与蛋白结合）、ｐ３８，丝裂原活化蛋白激酶（ＭＡＰＫ）和ＣＡＳＰ３。其中中间的八??个红的所代表的是青蒿与肿瘤之间的关键靶蛋白，它们之间的连接线表示与青蒿或者肿??瘤相关，这八个关键靶蛋白与青蒿和肿瘤之间都有联系，所以这八个为青蒿和肿瘤的关??键靶蛋白。最终的实验结果共有９６１个节点（参数），和３３５条边，将青蒿与肿瘤间的关??键靶蛋白选取出来，实验结果如下图２－４所示。??图２￣４使用Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ找到青蒿和肿瘤之间的关键靶蛋白??－１７－??
ｒ－Ｔ／?，、＇?…二冲?＝Ｚ—?ｕ??一?—?ｗｍｚｍ??ｉ?ｙ?／?＼?＇?—?＇?ＷＳＴｌ?Ｌ，?Ｖ?ＮｏｄｆｌｉｔＭｌ?ＳＣＯ？ｆ＜ｎＭ??ｙ?Ｊ?＼?ＳＩＣ１?）?．?ｔｔａｔ?－?？?Ｕｎｕｔ＊？?Ｐｒａ？？ｒ？ｅ？??＼?／?１?＼?＇?？?Ｗ：?ｒ?＾ＣＯ－??Ｎ．?ｌ＞〇Ｈｊ?；?ＣｉＴｌ?：?，Ｖ－．＇?Ｉ?＇ｊ?ｔ０９？ｒ？ｎｃＦＭ＜?；?；?？??ｍ?ＮＶ?－?ｒ?＾?广?ｊ?ｗ？［＊?：?＾??ｒ，：?／?／?丨?＼?、??图２－３?Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ３．７．２中用户界面??Ｆｉｇｕｒｅ．?２－３?ｕｓｅｒ?ｉｎｔｅｒｆａｃｅ?ｉｎ?Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ?３．７．２??２．?４实验结果与分析??通过使用Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ３．７．２对青蒿与肿瘤进行Ｍｅｒｇｅ的实验结果显示，青蒿与肿瘤之??间的关键靶蛋白有八个，分别是：肿瘤坏死因子（ＴＮＦ）、血管内皮生长因子（ＶＥＧＦ）、磷??脂酰肌醇３－激酶（ＰＩ３Ｋ）、乙醛脱氢酶ｌ（ＡＬＤＨｌ）、Ｂｃｌ－２、ＭｉｃｒｏＲＮＡ?（不是蛋白，但是在??发挥作用时与蛋白结合）、ｐ３８，丝裂原活化蛋白激酶（ＭＡＰＫ）和ＣＡＳＰ３。其中中间的八??个红的所代表的是青蒿与肿瘤之间的关键靶蛋白，它们之间的连接线表示与青蒿或者肿??瘤相关，这八个关键靶蛋白与青蒿和肿瘤之间都有联系，所以这八个为青蒿和肿瘤的关??键靶蛋白。最终的实验结果共有９６１个节点（参数），和３３５条边，将青蒿与肿瘤间的关??键靶蛋白选取出来，实验结果如下图２－４所示。??图２￣４使用Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ找到青蒿和肿瘤之间的关键靶蛋白??－１７－??
本文编号：2974473
本文链接：https://www.wllwen.com/shoufeilunwen/mpalunwen/2974473.html
最近更新
教材专著
