泌尿系结石基质蛋白的蛋白质组学分析

发布时间：2021-04-18 04:32

　　【研究背景】泌尿系结石是全世界范围内发病率最高的泌尿系统疾病之一。我国最新的横断面流行病学调查结果显示成年人群泌尿系结石的患病率高达6.4%。目前根据泌尿系结石的主要成分,泌尿系结石可以分为草酸钙结石、磷酸钙结石、尿酸结石、胱氨酸结石、黄嘌呤结石、磷酸镁铵结石、碳酸磷灰石结石及尿酸铵结石等等。随着对结石成分的深入研究发现,泌尿系结石的化学成分不仅包括上述晶体,还包括大量的非晶体或有机物质,如蛋白质、脂质、糖胺聚糖、碳水化合物等大分子物质。泌尿系结石的形成过程并不单纯是简单的物理化学过程,同时也是受许多有机物质参与调控的过程。这些有机大分子在泌尿系结石的发生、进展过程发挥了重要的作用。然而目前泌尿系结石的发病机制尚不完全确切。由于蛋白质组学分析技术的不断发展,国内外越来越多学者利用该技术用来分析泌尿系结石中的蛋白质,即结石基质蛋白（Stone matrix proteins,SMP）。目前已有大量文献报道,许多学者已经从结石中分离鉴定出多种蛋白质,且这些蛋白质主要通过参与相关的生物过程,如炎症、免疫反应和急性期反应信号通路等等,这一系列生物过程可能在结石结晶、成核、聚集、生长的过程中发挥... 

【文章来源】：广州医科大学广东省

【文章页数】：63 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

蛋白定量标准曲线

结果1911666.245352518.4KDa图2结石基质蛋白的SDS-PAGE胶图2.3结石基质蛋白的鉴定15个结石样品经LC-MS/MS检测、搜库（Uniprot人数据库，为防止峰形错配搜库条件以假阳性率≤0.01%(FDR，falsediscoveryrate)来控制）后，蛋白质鉴定及定量的结果提示一共鉴定出1118个蛋白质，鉴定出8000个肽段，如表5所示。这些蛋白质在附加文件1,2的表格中列出，连同它们的UniProt身份、基因符号、蛋白质名称和蛋白质表达量等等。鉴定出1118个蛋白质，其中1080个可信蛋白*，如表6所示，3组结石样品中表达量最高的50种蛋白质，由此可见，3组结石的SMP中，蛋白质表达量最高的是钙粒蛋白B（ProteinS100-A9，S100A9），且蛋白质组成成分大致相同。鉴定到的SMP中，存在大量的炎性蛋白，如中性粒细胞防御素-3、钙粒蛋白A、钙粒蛋白B、尿胰蛋白酶抑制剂(AMBP)、纤连蛋白、髓过氧化物酶(MPO)等等。注：*可信蛋白：删除原始数据中所有样品表达值均为0的蛋白。表5LC-MS/MS质谱鉴定结果类型ResultProteinGroupsPeptides11188000

结果25进行t-test检验，计算每个比较组的差异倍数FC和差异显著性p-value，然后采取1.2倍差异倍数、p-value小于0.05的双标准筛选差异蛋白。当差异倍数大于1.2倍或者小于5/6并且p-value小于0.05，则认为是差异表达显著的蛋白。表8差异蛋白的数目统计CO/CPCO/MAPCP/MAP38427图3CO/CP、CO/MAP、CP/MAP火山图Note：火山图横坐标为log2(FC)，其值距离0点越远表示差异越大，右侧为高表达，左侧为低表达。纵坐标为-log10(P-value)，纵坐标值距离0点越远表示差异越大。图中绿色的点表示下调差异蛋白，红色的点为上调差异蛋白，黑色的点为非显著差异表达蛋白。表9CO/CP差异蛋白（38个）列表蛋白名基因名缩写Immunoglobulinlambda-likepolypeptide5IGLL5Peptidoglycanrecognitionprotein1PGLYRP1Immunoglobulinheavyvariable3-7IGHV3-7ImmunoglobulinkappaconstantIGKCImmunoglobulinheavyconstantgammaIGHG1


本文编号：3144808