基于代谢网络重构的泛癌分析方法研究

发布时间：2021-04-20 10:53

　　癌症是世界上威胁人类健康最主要的疾病之一,大量不同的癌症形态限制了人们对癌症的研究。泛癌分析旨在研究不同癌症类型之间的相似性和差异性,通过联合多种癌症数据,我们可以深入的了解癌症细胞的起源以及致癌的过程,找到更加普适性的治疗方法。代谢重编程是肿瘤转化和发展的直接原因,从代谢角度对癌症进行分析对癌症诊断和治疗有着非常重要的意义。代谢网络重构能够有效地表征肿瘤细胞的内部代谢状态,有助于系统的了解癌症内部工作机理,为生物实验以及药物发现提供指导。本文采用代谢网络重构的方法,从多角度多数据源分析起源于不同组织的肿瘤代谢特征,主要工作包括:（1）给出一种基于癌症工作网络的泛癌分析方法。癌症工作网络以癌症高表达的核心反应集为基础构建而成,反应了肿瘤细胞的代谢状态。实验得到了 27个癌症共性传输反应以及7个潜在的药物靶标,其结果有助于了解癌症的代谢共性。（2）给出一种基于差异代谢网络的泛癌分析方法。癌症差异代谢网络以肿瘤细胞相对于癌旁组织细胞的差异表达基因为基础构建而成,削弱了组织代谢特征的影响,有利于提取癌症相对正常组织细胞发生的代谢变化。实验得到17种癌症的差异表达基因,反应以及代谢通路。其结果... 

【文章来源】：中国科学技术大学安徽省 211工程院校 985工程院校

【文章页数】：74 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第1章 绪论
    1.1 研究背景
    1.2 研究现状
    1.3 本文主要工作
    1.4 内容安排
第2章 基于工作网络的泛癌分析方法
    2.1 背景及意义
    2.2 癌症工作网络构建
        2.2.1 基因表达数据预处理
        2.2.2 代谢网络重构
    2.3 泛癌代谢分析
    2.4 本章小结
第3章 基于差异网络的泛癌分析方法
    3.1 背景及意义
    3.2 差异代谢基因的提取及分析
        3.2.1 差异基因的提取
        3.2.2 差异基因的分析
    3.3 差异网络构建及分析
    3.4 本章小结
第4章 基于微阵列数据的泛癌分析方法
    4.1 背景及意义
    4.2 面向GEO的数据处理系统
    4.3 基于微阵列数据的泛癌分析
        4.3.1 差异基因的提取及分析
        4.3.2 基于工作网络的泛癌分析
    4.4 基于CNN的泛癌分析方法
        4.4.1 数据预处理
        4.4.2 模型结构及训练
        4.4.3 实验结果
    4.5 本章小结
第5章 总结与展望
    5.1 工作总结
    5.2 工作展望
参考文献
致谢
在读期间发表的学术论文与取得的研究成果


【参考文献】：
期刊论文
[1]ECA39 is a novel distant metastasis-related biomarker in colorectal cancer[J]. Reigetsu Yoshikawa,Hidenori Yanagi,Yoshinori Fujiwara,Masafumi Noda,Toshihiko Yagyu,Makoto Gega,Tsutomu Oshima,Takehira Yamamura,Haruki Okamura,Yoshiro Nakano,Tomonori Morinaga,Tomoko Hashimoto-Tamaoki.  World Journal of Gastroenterology. 2006(36)



本文编号：3149540