基于全基因组选择信号挖掘中国地方绵羊在驯化过程中的选择印记
发布时间：2021-06-20 20:39
绵羊是世界上最早被驯化的家养动物之一,也是新石器时代人类驯化最成功的动物之一。经过长期的驯化,绵羊在形态、生理和行为等方面与其野生祖先相比均发生了巨大的变化。之后,绵羊随着人类活动的迁徙,扩散至世界的各个角落,形成了性状特征各异的不同品种或类群。然而这些在驯化过程中形成的表型变异和驯化后在特定自然生态条件和人工选择的作用下分化成具有不同表型特征的品种的分子机理仍不清楚。我国养羊历史悠久,遗传资源极为丰富,是研究绵羊驯化模式和品种分化遗传机理的理想遗传资源。本研究利用全基因组重测序技术,比较分析亚洲摩弗伦野羊（Ovis orientalis）与阿勒泰羊、多浪羊、湖羊、蒙古羊和藏羊等5个具有代表性的中国地方绵羊品种（Ovis aries）在全基因组水平的差异,构建上述5个中国地方绵羊品种的遗传变异图谱,分析其与野羊之间的遗传关系,鉴定其在驯化过程中受到选择的染色体区域及基因。取得结果如下:（1）本研究采集了338份来自阿勒泰羊、多浪羊、湖羊、蒙古羊和藏羊等5个具有代表性的中国地方绵羊品种的全血样,按照个体DNA等量混合的策略每个品种构建2个DNA混合池,进行全基因组重测序,共生成了1.42...
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：160 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
世界主要绵羊的迁徙事件和路线图（Lvetal.2015）
基于全基因组选择信号挖掘中国地方绵羊在驯化过程中的选择印记异信息，再利用已经发展成熟的选择信号检测方法 “选择性清扫（seleceep）”，在全基因组水平上扫描家养动物群体中在驯化过程中受到正向选择的区基因（Jensen et al. 2007）。其基本原理是，由于正向选择通常会造成受选择位点多态性降低，同时有利变异的积累往往引起选择性清扫或者搭载效应（hitchifort）。选择性清扫是指受选择位点两侧的序列多态性会因搭载效应而保持很低平，而搭载效应是指对正向选择位点的选择作用会因连锁引起邻近的连锁位点的上升，二者本质一致，其实就是一种现象的两种表现（图 1-2）（Biswas and A06）。此外，正向选择往往会引起连锁不平衡的增加，即不同基因座位的两个等因出现在同一条染色体上的频率与随机组合出现的频率不一致的情况（W08）。上述这些受选择位点在基因组上留下的选择痕迹或选择特征均是用来检测选择信号（Nielsen 2005）。
致家鸡整体视力的退化（Wang et al. 2016a）。上，如山羊（Wang et al. 2016c）、牛（Kim et al. 201（Chao et al. 2016），利用海量基因组数据分析其与基因组水平解析上述动物的驯化历程的研究已陆续过程中选择模式的研究提供思路和线索。涉及的具有代表性的 5 个中国地方绵羊品种种资源丰富，拥有 98 个绵羊品种，其中地方品种 33 个，广泛分布于从高海拔的青藏高原到地势较低据地理分布和遗传关系，中国家绵羊可分为藏系绵三大谱系。本研究中涉及的 5 个中国地方绵羊品种羊（图 1-4）、湖羊（图 1-6）、蒙古羊（图 1-7）和（Altay sheep）
【参考文献】：
期刊论文
[1]藏族“放生”习俗[J]. 高城. 寻根. 2015(01)
[2]用mtDNA D-环序列探讨蒙古和中国绵羊的起源及遗传多样性[J]. 罗玉柱,成述儒,Batsuuri Lkhagva,D.Badamdorj,Olivier Hanotte,韩建林. 遗传学报. 2005(12)
[3]Chronic mountain sickness on the Qinghai-Tibetan plateau[J]. WU Tian yi High Altitude Medical Research Institute, Xining 810012, China High Altitude Medical Research Institute, Xining 810012, China. Chinese Medical Journal. 2005(02)
[4]华县、渭南古代遗址调查与试掘[J]. 张忠培. 考古学报. 1980(03)
[5]裴李岗遗址一九七八年发掘简报[J]. 李友谋. 考古. 1979(03)
[6]陕西西安半坡新石器时代遗址中之兽类骨骼[J]. 李有恆,韓德芬. 古脊椎动物与古人类. 1959(04)
博士论文
[1]全基因组重测序揭示中国短脂尾绵羊微进化关系及繁殖相关基因的遗传变异[D]. 刘昭华.山东农业大学 2015
[2]通城猪两头乌毛色遗传规律研究及其全基因组选择区域分析[D]. 汪超.华中农业大学 2014
硕士论文
[1]绵羊全基因组连锁不平衡分析和选择信号检测[D]. 王光凯.中国农业科学院 2014
本文编号：3239892
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：160 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
世界主要绵羊的迁徙事件和路线图（Lvetal.2015）
基于全基因组选择信号挖掘中国地方绵羊在驯化过程中的选择印记异信息，再利用已经发展成熟的选择信号检测方法 “选择性清扫（seleceep）”，在全基因组水平上扫描家养动物群体中在驯化过程中受到正向选择的区基因（Jensen et al. 2007）。其基本原理是，由于正向选择通常会造成受选择位点多态性降低，同时有利变异的积累往往引起选择性清扫或者搭载效应（hitchifort）。选择性清扫是指受选择位点两侧的序列多态性会因搭载效应而保持很低平，而搭载效应是指对正向选择位点的选择作用会因连锁引起邻近的连锁位点的上升，二者本质一致，其实就是一种现象的两种表现（图 1-2）（Biswas and A06）。此外，正向选择往往会引起连锁不平衡的增加，即不同基因座位的两个等因出现在同一条染色体上的频率与随机组合出现的频率不一致的情况（W08）。上述这些受选择位点在基因组上留下的选择痕迹或选择特征均是用来检测选择信号（Nielsen 2005）。
致家鸡整体视力的退化（Wang et al. 2016a）。上，如山羊（Wang et al. 2016c）、牛（Kim et al. 201（Chao et al. 2016），利用海量基因组数据分析其与基因组水平解析上述动物的驯化历程的研究已陆续过程中选择模式的研究提供思路和线索。涉及的具有代表性的 5 个中国地方绵羊品种种资源丰富，拥有 98 个绵羊品种，其中地方品种 33 个，广泛分布于从高海拔的青藏高原到地势较低据地理分布和遗传关系，中国家绵羊可分为藏系绵三大谱系。本研究中涉及的 5 个中国地方绵羊品种羊（图 1-4）、湖羊（图 1-6）、蒙古羊（图 1-7）和（Altay sheep）
【参考文献】：
期刊论文
[1]藏族“放生”习俗[J]. 高城. 寻根. 2015(01)
[2]用mtDNA D-环序列探讨蒙古和中国绵羊的起源及遗传多样性[J]. 罗玉柱,成述儒,Batsuuri Lkhagva,D.Badamdorj,Olivier Hanotte,韩建林. 遗传学报. 2005(12)
[3]Chronic mountain sickness on the Qinghai-Tibetan plateau[J]. WU Tian yi High Altitude Medical Research Institute, Xining 810012, China High Altitude Medical Research Institute, Xining 810012, China. Chinese Medical Journal. 2005(02)
[4]华县、渭南古代遗址调查与试掘[J]. 张忠培. 考古学报. 1980(03)
[5]裴李岗遗址一九七八年发掘简报[J]. 李友谋. 考古. 1979(03)
[6]陕西西安半坡新石器时代遗址中之兽类骨骼[J]. 李有恆,韓德芬. 古脊椎动物与古人类. 1959(04)
博士论文
[1]全基因组重测序揭示中国短脂尾绵羊微进化关系及繁殖相关基因的遗传变异[D]. 刘昭华.山东农业大学 2015
[2]通城猪两头乌毛色遗传规律研究及其全基因组选择区域分析[D]. 汪超.华中农业大学 2014
硕士论文
[1]绵羊全基因组连锁不平衡分析和选择信号检测[D]. 王光凯.中国农业科学院 2014
本文编号：3239892
本文链接：https://www.wllwen.com/shoufeilunwen/nykjbs/3239892.html
