猪多杀性巴氏杆菌的分离鉴定及全基因组重测序
发布时间：2021-07-21 07:55
多杀性巴氏杆菌是一种重要的革兰氏阴性病原菌,能感染包括禽、猪、牛、兔等在内的多种家养和野生动物,导致以呼吸道感染为主的多种疾病。多杀性巴氏杆菌血清型众多,按照荚膜抗原的不同可以被分为A、B、D、E、F五种血清型;按照脂多糖抗原的不同可以被分为16种血清型（1-16）。五种荚膜血清型和16种脂多糖血清型又被分别划分为五种荚膜基因型（A、B、D、E、F）和8种脂多糖基因型（L1-L8）。有研究表明,不同血清型的多杀性巴氏杆菌在感染宿主时表现出一定的“宿主偏好性”（host predilection）。然而,决定多杀性巴氏杆菌这种“宿主偏好性”的分子基础目前还完全不清楚。此外,决定多杀性巴氏杆菌系统发生学的具体因素依然还不清楚。当前,多杀性巴氏杆菌的流行与感染依然是我国养猪业最严重的威胁之一,然而其所受到的重视和关注程度依然不足;由于国内开展的相关研究较少,现有的关于我国猪群中多杀性巴氏杆菌的流行数据较为欠缺,流行菌株的分子生物学特征如脂多糖基因型、MLST基因型以及毒力基因的分布尚不清楚。因此,本研究拟针对当前在我国猪群中流行的多杀性巴氏杆菌展开分子流行病学调查,选取一定数量的猪多沙性巴氏...
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：243 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
第一代DNA测序技术Figure1-1First-generationDNAsequencingtechnologies[5]
内接共Flowcell 表面的 channel 上（因为 channel 表面也附着有能与 D的接头序列），并进行桥式 PCR反应（Bridge PCR）（图 1-2a, 大反应的信号达到测序要求时便开始进行测序反应。同“San酸测序法”一样，Solexa 测序也是采用“边合成边测序”的方中加入有 DNA 聚合酶、接头引物以及 3’-OH 被特定荧dNTPs。由于每种 dNTP 的 3’-OH 被荧光素占据，在反应过程应的 dNTP 才能添加到合成链的 3’端从而保证聚合反应的继光，而其余的未被结合的 dNTP 以及 DNA聚合酶则会被洗脱荧光信号能够被测序平台中的 CCD 捕获记录。记录完成后，灭荧光信号后接着开始下一个测序反应循环，最后根据所记录图 1-2 第二代 DNA测序技术Figure 1-2 Second generation DNAsequencing technologies[5].
纳米孔单分子（Nanopore）测序技术。PacBio 公司的 SMRT 技术Quake 所研发的单分子测序技术的改进版 [46]。虽然显微镜可以DNA 链上的特定 dNTP 所携带的荧光，但是周围游离的 dNTPs 也带是会形成强大的荧光背景从而干扰测序过程中显微镜的信号记录。题，SMRT 技术引入了一种零模波导孔（zero-mode waveguides, ZM种小孔的直径（<100 nm）比荧光的波长小，当单荧光分子靠近 ZM于从底部打出的激光激发的区域很小，从而使得能量被限定在一个周围环境中的背景对其影响降到最低，这样参与合成 DNA 链的 d中所释放的荧光信号就能被实时准确记录（图 1-3a）[47]。值得一提图 1-3 第三代 DNA测序技术Figure 1-3 Third generation DNAsequencing technologies[5]
【参考文献】：
期刊论文
[1]猪源荚膜血清F型多杀性巴氏杆菌的分离鉴定、毒力基因检测与致病性研究[J]. 方超,李润成,魏榕,王锐,胡玉立,黎满香,张磊,余兴龙. 中国预防兽医学报. 2017(03)
[2]多杀性巴氏杆菌分子分型方法简述[J]. 彭忠,梁婉,吴斌. 微生物学报. 2016(10)
[3]国内部分地区多杀性巴氏杆菌荚膜血清型和基因型的研究[J]. 王林柏,孙久鹤,郭东春,曹培丽,刘家森,刘春国,刘大飞,曲连东. 中国预防兽医学报. 2016(02)
[4]禽霍乱巴氏杆菌的分离 鉴定与致病性研究[J]. 于成接,丁优玲,华亚峰,金梅林,张安定. 中国兽医杂志. 2013(02)
硕士论文
[1]我国部分省区猪源多杀性巴氏杆菌的分子流行病学调查[D]. 王豪男.华中农业大学 2017
[2]多杀性巴氏杆菌全基因组测序与比较基因组学分析[D]. 刘文静.华中农业大学 2012
本文编号：3294631
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：243 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
第一代DNA测序技术Figure1-1First-generationDNAsequencingtechnologies[5]
内接共Flowcell 表面的 channel 上（因为 channel 表面也附着有能与 D的接头序列），并进行桥式 PCR反应（Bridge PCR）（图 1-2a, 大反应的信号达到测序要求时便开始进行测序反应。同“San酸测序法”一样，Solexa 测序也是采用“边合成边测序”的方中加入有 DNA 聚合酶、接头引物以及 3’-OH 被特定荧dNTPs。由于每种 dNTP 的 3’-OH 被荧光素占据，在反应过程应的 dNTP 才能添加到合成链的 3’端从而保证聚合反应的继光，而其余的未被结合的 dNTP 以及 DNA聚合酶则会被洗脱荧光信号能够被测序平台中的 CCD 捕获记录。记录完成后，灭荧光信号后接着开始下一个测序反应循环，最后根据所记录图 1-2 第二代 DNA测序技术Figure 1-2 Second generation DNAsequencing technologies[5].
纳米孔单分子（Nanopore）测序技术。PacBio 公司的 SMRT 技术Quake 所研发的单分子测序技术的改进版 [46]。虽然显微镜可以DNA 链上的特定 dNTP 所携带的荧光，但是周围游离的 dNTPs 也带是会形成强大的荧光背景从而干扰测序过程中显微镜的信号记录。题，SMRT 技术引入了一种零模波导孔（zero-mode waveguides, ZM种小孔的直径（<100 nm）比荧光的波长小，当单荧光分子靠近 ZM于从底部打出的激光激发的区域很小，从而使得能量被限定在一个周围环境中的背景对其影响降到最低，这样参与合成 DNA 链的 d中所释放的荧光信号就能被实时准确记录（图 1-3a）[47]。值得一提图 1-3 第三代 DNA测序技术Figure 1-3 Third generation DNAsequencing technologies[5]
【参考文献】：
期刊论文
[1]猪源荚膜血清F型多杀性巴氏杆菌的分离鉴定、毒力基因检测与致病性研究[J]. 方超,李润成,魏榕,王锐,胡玉立,黎满香,张磊,余兴龙. 中国预防兽医学报. 2017(03)
[2]多杀性巴氏杆菌分子分型方法简述[J]. 彭忠,梁婉,吴斌. 微生物学报. 2016(10)
[3]国内部分地区多杀性巴氏杆菌荚膜血清型和基因型的研究[J]. 王林柏,孙久鹤,郭东春,曹培丽,刘家森,刘春国,刘大飞,曲连东. 中国预防兽医学报. 2016(02)
[4]禽霍乱巴氏杆菌的分离 鉴定与致病性研究[J]. 于成接,丁优玲,华亚峰,金梅林,张安定. 中国兽医杂志. 2013(02)
硕士论文
[1]我国部分省区猪源多杀性巴氏杆菌的分子流行病学调查[D]. 王豪男.华中农业大学 2017
[2]多杀性巴氏杆菌全基因组测序与比较基因组学分析[D]. 刘文静.华中农业大学 2012
本文编号：3294631
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