长角血蜱不同发育阶段差异miRNA表达分析和novel miRNA-2功能研究

发布时间：2021-09-24 18:37

　　长角血蜱（Haemaphysalis longicornis）是一种重要的病原传播媒介,能够传播多种病原。作为三宿主蜱,长角血蜱的发育需要经历卵、幼蜱、若蜱和成蜱阶段。不同的发育阶段具有各自的生理特点,同时也受到复杂的基因网络调控。Micro RNAs（miRNAs）是一类大小为22 nt左右的小分子的调节因子,广泛参与生物体的细胞生长、分化、组织生长、器官和系统发育等多种生理功能的调节。因此,深入探究miRNAs在长角血蜱不同发育阶段的表达和作用机制具有重要意义。本课题以长角血蜱作为研究对象,利用高通量测序技术,分析了长角血蜱不同发育阶段miRNA的表达谱,筛选阶段特异性和差异表达的miRNAs,结合GO富集和KEGG分析,初步分析了调控长角血蜱生长发育的miRNA调控过程,并对其生长发育调控较为关键的novel miRNA——novel miR-2的调控机制进行了研究。获得了如下结果:1.长角血蜱不同发育阶段miRNA表达谱分析本研究利用高通量测序方法对长角血蜱的四个不同发育阶段（卵、饥饿幼蜱、饥饿若蜱和饥饿成蜱）的small RNAs进行了测序,共鉴定出133个miRNAs（78... 

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sRNA测序流程图

第三章长角血蜱不同发育阶段miRNA表达谱分析21图3-2miRNA分析流程图Figure3-2PipelineofmiRNAbioinformaticsanalysis3.2.4数据质控为了获得cleanreads，对所得到的rawdata进行了优化，对不合格的序列（过长或过短的reads、低质量的reads、无插入片段的reads、polyAreads等）进行了去除，从而得到有效的cleanreads。3.2.5基因组比对通过SOAP和bowtie两个软件将得到的cleanreads定位到肩突硬蜱基因组上，SOAP默认的比对参数为：-M0-v0-p7-r2–a（Lietal.,2008）；Bowtie默认的对比参数为：-f-a-m20-v1（A）。3.2.6sRNA序列比对和分类注释从smallRNA文库中去除同repeat、rRNA、snoRNA、snRNA和tRNA等相关reads后进行序列比对和分类注释。而比对和分类注释可能导致sRNA被映射到多个注释信息，为了确保sRNA只映射到唯一注释，我们应用以下优先级规则：rRNAetc>knownmiRNA>piRNA>repeat>exin>intron。3.2.7knownmiRNA比对通过bowtie将sRNA与miRbase20.0中的蜱源的miRNA比对。鉴定出known

第三章长角血蜱不同发育阶段miRNA表达谱分析25图3-3长角血蜱的不同发育阶段获得的小RNA的长度分布。Figure3-3LengthdistributionofsmallRNAsfromthedifferentialdevelopmentalstagesofH.longicornisA.卵；B.饥饿幼蜱；C.饥饿若蜱；D.饥饿成蜱A.egg;B.unfedlarva;C.unfednymph;D.unfedadult同时分析了潜在的novelmiRNA的首位碱基偏倚性，结果显示潜在的novelmiRNA中最常见的第一个核苷酸是尿嘧啶（U）。在长度为20-24nt的潜在novelmiRNA中，饥饿成蜱的第一碱基U的比例为成蜱60.72％、饥饿若蜱83.56％，饥饿幼蜱89.87％，卵23.35％（图3-4）。

【参考文献】：
期刊论文
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[3]长角血蜱若虫发育期20-羟基蜕皮酮含量变化与表皮发生的关系[J]. 刘敬泽,李永良,姜在阶.  昆虫学报. 2001(01)
[4]实验室条件下长角血蜱的生物学特性研究[J]. 刘敬泽,姜在阶.  昆虫学报. 1998(03)
[5]银盾革蜱若虫发育期20-羟基蜕皮酮含量变化规律（英语）[J]. 刘敬泽,姜在阶,云自厚,杨亦萍.  Entomologia Sinica. 1995(04)
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本文编号：3408246