猪不同生长发育阶段脾脏转录组差异及物种间比较转录组分析
发布时间：2021-11-16 12:13
脾脏在循环系统中的位置和特殊的淋巴结结构,使其成为了一种独特的淋巴器官,不仅是哺乳动物机体内最大的免疫器官,同时也是最大的血液过滤器,对维持机体的免疫稳态、衰老红细胞的回收和铁离子的转运具有重要作用。LncRNAs作为调控网络中的重要一员参与了一系列的生物学过程。目前,缺少关于蛋白编码基因和lncRNAs在脾脏不同生长发育阶段和不同物种中的研究。本研究选取家猪5个不同生长发育时间点和3头成年野猪,及其余9种哺乳动物的脾脏组织为研究对象,对一共39个样本进行链特异性lncRNA测序,通过一系列生物信息学的分析方法,对脾脏功能性转录组和调控性转录组进行研究,主要研究结果如下:（1）在猪不同生长发育阶段的18个样本中,一共鉴定出15,040条lncRNAs,包含了12,967个lncRNAs基因。其中,有6,898条lncRNAs在上述所有样本中共表达,约占生长发育阶段鉴定到的总lncRNAs的45.86%。（2）与蛋白编码基因相比,lncRNAs具有转录本长度更短、外显子数目更少和表达水平更低的特性。（3）在猪不同生长发育阶段的脾脏中,反义链内含子区域与lncRNAs有重叠的蛋白编码基因主...
【文章来源】：四川农业大学四川省 211工程院校
【文章页数】：123 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
脾脏的解剖学结构图
有一个独特的不连续结构，应力纤维延伸到基底质膜下方，平行于细胞轴[36]（图1-2）。应力纤维将内皮细胞连接到细胞外基质，由肌动蛋白和肌球蛋白样细丝组成，表明可能存在一种滑丝作用，从而控制内皮细胞之间的间隙。应力纤维与静脉窦内皮细胞平行排列，加强了血液从脾索通过应力纤维形成的缝隙进入静脉窦[37]。由于细胞膜的硬化，衰老的红细胞很难通过这一通道[38]，会粘附在脾索上，被脾索内的巨噬细胞吞噬。应力纤维的收缩性将有助于阻拦脾脏中的红细胞，从而形成一个红细胞的储存库，在机体处于休息状态时，通过降低血液的粘稠度来减轻心脏的压力[39]，这一现象已经在许多哺乳动物中被发现。图 1-2 脾脏红髓静脉窦示意图[40]Fig 1-2. Venous sinuses in the red pulp of the spleen脾脏巨噬细胞吞噬红细胞的作用，对红细胞的周转非常重要，同时使得铁离子能够被循环利用[41]。血红细胞在巨噬细胞的溶酶体内被水解，血红蛋白被水解后释放血红素。血红素进一步被分解为胆绿素、一氧化碳和亚铁离子，从而使得亚铁离子从细胞内释放，并被进一步收集利用[42]。没有被利用或释放的铁离子将转化为铁蛋白储存。细胞内储存的铁蛋白含量过多时，铁蛋白能够聚合形成含铁血黄素[41]
21图 3-1 lncRNA 测序文库的构建流程Fig. 3-1 The flow-chart of constructing lncRNA sequencing library据分析方法始数据的过滤与参考基因组的比对始序列测序过程中，随着测序进程的推进，相应酶的活性会降低，质量的下降。为了去掉这部分低质量的序列，我们需要对原始的测具体过滤标准如下:含有接头序列的 reads；序列中 N 的含量大于 10%的 reads；低质量 reads（含碱基质量值低于 5 的碱基量大于 50%的 reads）。以上步骤得到的高质量序列可用于下游分析。
【参考文献】：
期刊论文
[1]脾脏的免疫功能及脾脏对血流变影响的研究[J]. 孙小光,欧阳军. 现代生物医学进展. 2009(19)
本文编号：3498865
【文章来源】：四川农业大学四川省 211工程院校
【文章页数】：123 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
脾脏的解剖学结构图
有一个独特的不连续结构，应力纤维延伸到基底质膜下方，平行于细胞轴[36]（图1-2）。应力纤维将内皮细胞连接到细胞外基质，由肌动蛋白和肌球蛋白样细丝组成，表明可能存在一种滑丝作用，从而控制内皮细胞之间的间隙。应力纤维与静脉窦内皮细胞平行排列，加强了血液从脾索通过应力纤维形成的缝隙进入静脉窦[37]。由于细胞膜的硬化，衰老的红细胞很难通过这一通道[38]，会粘附在脾索上，被脾索内的巨噬细胞吞噬。应力纤维的收缩性将有助于阻拦脾脏中的红细胞，从而形成一个红细胞的储存库，在机体处于休息状态时，通过降低血液的粘稠度来减轻心脏的压力[39]，这一现象已经在许多哺乳动物中被发现。图 1-2 脾脏红髓静脉窦示意图[40]Fig 1-2. Venous sinuses in the red pulp of the spleen脾脏巨噬细胞吞噬红细胞的作用，对红细胞的周转非常重要，同时使得铁离子能够被循环利用[41]。血红细胞在巨噬细胞的溶酶体内被水解，血红蛋白被水解后释放血红素。血红素进一步被分解为胆绿素、一氧化碳和亚铁离子，从而使得亚铁离子从细胞内释放，并被进一步收集利用[42]。没有被利用或释放的铁离子将转化为铁蛋白储存。细胞内储存的铁蛋白含量过多时，铁蛋白能够聚合形成含铁血黄素[41]
21图 3-1 lncRNA 测序文库的构建流程Fig. 3-1 The flow-chart of constructing lncRNA sequencing library据分析方法始数据的过滤与参考基因组的比对始序列测序过程中，随着测序进程的推进，相应酶的活性会降低，质量的下降。为了去掉这部分低质量的序列，我们需要对原始的测具体过滤标准如下:含有接头序列的 reads；序列中 N 的含量大于 10%的 reads；低质量 reads（含碱基质量值低于 5 的碱基量大于 50%的 reads）。以上步骤得到的高质量序列可用于下游分析。
【参考文献】：
期刊论文
[1]脾脏的免疫功能及脾脏对血流变影响的研究[J]. 孙小光,欧阳军. 现代生物医学进展. 2009(19)
本文编号：3498865
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