白皮松矮化性状变异的分子机制研究
发布时间：2022-01-06 16:14
白皮松（Pinus bungeana Zucc.ex Endl.）为我国特有树种,具有重要的文化价值,生态价值和经济价值,在我国造林、园林绿化、生态工程等广泛使用。为丰富白皮松分子水平数据,并分析矮化性状变异的分子调控机制,本研究以白皮松新品种的矮化性状为切入点,利用白皮松矮化性状变异新品种和普通白皮松品种作为对比材料,通过高通量测序技术建立白皮松转录组文库,并对差异基因利用GO,KEGG数据库进行功能富集与分析,筛选出与白皮松树形矮化有关的unigenes,并使用RT-q PCR加以验证;再利用代谢组学的方法对代谢物进行研究,分析其差异代谢物;在上述基础上,测定两个差异品种的激素含量的水平;最后,利用RACE对关键基因进行了克隆,并利用生物信息学手段对序列进行了分析。得到的主要研究结论如下:（1）对矮化变异的灌木状白皮松和普通白皮松进行转录组分析,共获得了88 092个平均长度为758 bp的unigenes。此外,通过BLAST,42 667个unigenes（48.43%）与已知的蛋白数据库具有的相似性。差异表达分析表明,共有98个上调unigenes和60个下调unigenes...
【文章来源】：中国林业科学研究院北京市
【文章页数】：142 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图2-1两种白皮松的株型示意
第二章白皮松转录组学分析23P=1.02E-7P=3.09E-24P=2.06E-2P=3.25E-4P=1.17E-8a.小枝长度（mm）b.针叶长度（mm）c.针叶束数（束）9号树盆仙9号树盆仙9号树盆仙9号树盆仙9号树盆仙d.小枝直径（mm）e.针叶平均间距（mm/束）图2-2白皮松表型的比较Figure2-2comparisonofphenotypesofpinusponderosa
第二章白皮松转录组学分析25表2-3测序所得的unigenes的长度分布Table2-3UnigenesQuantityandPercentageofLengthUnigenes的长度UnigenesLength总量TotalNumber比例Percentage200-3003178336.08%300-5002002022.73%500-10001691719.20%1000-20001178413.38%2000+75888.61%总数目TotalNumber88092总长度TotalLength66791509N50长度N50Length1357平均长度MeanLength758图2-3测序得到的unigenes长度分布图Figure2-3Thelengthdistributionsoftheunigenes2.2.2.2基因功能注释使用BLAST工具进行unigenes功能注释，控制E-value的临界值为10-5，与NCBI的Nr、Pfam、Swiss-Prot，和KEGG数据库、COG数据库、KOG、GO数据库。最终，48.43%的unigenes比对成功，51.57%仍然未知。在所有已注释的unigenes中，41504个与Nr数据库匹配，29287个与Pfam数据库匹配，25679个与GO数据库匹配，27426
【参考文献】：
期刊论文
[1]油菜素内酯提高玉米抗禾谷镰孢菌侵染的生理机制[J]. 张昊,冯佳佳,孙丹丹,闫青地,赵亚林,王珊,王平平,赵亚卓,王倩,王凤茹,董金皋. 华北农学报. 2019(01)
[2]基于液相色谱-串联质谱技术的新疆一枝蒿植物代谢组学分析方法研究[J]. 陈路路,王中华,周帜,何秉淑,贺玖明,黄罗娇,努尔波拉提·阿依达尔汗,刘戈宇,阿吉艾克拜尔·艾萨,再帕尔·阿不力孜. 分析化学. 2018(05)
[3]让祖国大地绿起来美起来[J]. 张登山. 时事(高中). 2017(06)
[4]种子园“矮化”是良种基地经营方向——考察广东等省（区）种子园的体会[J]. 沈熙环. 林业科技通讯. 2017(11)
[5]葡萄转录因子数据库中17个MADS-box成员在果实发育成熟过程中的表达特征分析[J]. 崔梦杰,王晨,吴伟民,王洁,汤崴,张文颖,朱旭东,贾海锋,沈文彪,房经贵. 果树学报. 2017(12)
[6]甘薯MADS-box转录因子IbMADS11-Like的克隆及胁迫响应分析[J]. 谈传婷,宋炜涵,朱明库,徐涛,董婷婷,李宗芸. 植物研究. 2017(04)
[7]泡桐丛枝病发生与代谢组变化的关系（英文）[J]. 曹亚兵,翟晓巧,邓敏捷,赵振利,范国强. 林业科学. 2017(06)
[8]樟子松无性系种子园矮化处理对结实及种子品质的影响[J]. 王福森,李树森,李晶,贯春雨,王红梅. 东北林业大学学报. 2017(05)
[9]关于晋中南白皮松产业发展的思考[J]. 李卫栋. 中国林业产业. 2017(01)
[10]水稻MADS-box基因研究进展[J]. 苏亚丽,刘梦佳,李海峰. 河南农业科学. 2016(09)
博士论文
[1]甘蓝型油菜钼高低积累品种的筛选及其生理分子机制研究[D]. 秦世玉.华中农业大学 2016
[2]白皮松遗传资源评价及保存策略研究[D]. 赵罕.中国林业科学研究院 2012
[3]苎麻对重金属吸收和积累特征及镉胁迫响应基因表达研究[D]. 佘玮.湖南农业大学 2010
[4]细胞分裂素调节拟南芥花发育的研究[D]. 李兴国.山东农业大学 2008
硕士论文
[1]二穗短柄草细胞分裂素氧化酶基因BdCKX的克隆和功能分析[D]. 李嘉.西北农林科技大学 2016
[2]白皮松种质资源抗旱性评价研究[D]. 孟庆阳.河南科技大学 2015
[3]白皮松植物文化考据及其在河洛地区古树资源调查分析[D]. 何云龙.河南师范大学 2014
[4]细胞分裂素调控的水稻锯齿叶矮缩病的发病[D]. 邹丹丹.福建农林大学 2014
[5]白皮松自然居群的空间遗传格局及其形成机制[D]. 王晶.西北大学 2013
[6]濒危植物白皮松遗传多样性及遗传结构研究[D]. 周惠娟.西北大学 2013
[7]基于核基因序列的白皮松谱系地理学研究[D]. 刘芳.西北大学 2011
[8]丧失顶端优势的樟子松突变体蛋白质组学研究及Rad23基因克隆[D]. 陆天聪.东北林业大学 2010
[9]施肥对白桦生长发育和几个MADS-box基因表达的影响[D]. 李天芳.东北林业大学 2009
[10]细胞分裂素调节拟南芥花发育基因表达的研究[D]. 于明明.山东农业大学 2008
本文编号：3572769
【文章来源】：中国林业科学研究院北京市
【文章页数】：142 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图2-1两种白皮松的株型示意
第二章白皮松转录组学分析23P=1.02E-7P=3.09E-24P=2.06E-2P=3.25E-4P=1.17E-8a.小枝长度（mm）b.针叶长度（mm）c.针叶束数（束）9号树盆仙9号树盆仙9号树盆仙9号树盆仙9号树盆仙d.小枝直径（mm）e.针叶平均间距（mm/束）图2-2白皮松表型的比较Figure2-2comparisonofphenotypesofpinusponderosa
第二章白皮松转录组学分析25表2-3测序所得的unigenes的长度分布Table2-3UnigenesQuantityandPercentageofLengthUnigenes的长度UnigenesLength总量TotalNumber比例Percentage200-3003178336.08%300-5002002022.73%500-10001691719.20%1000-20001178413.38%2000+75888.61%总数目TotalNumber88092总长度TotalLength66791509N50长度N50Length1357平均长度MeanLength758图2-3测序得到的unigenes长度分布图Figure2-3Thelengthdistributionsoftheunigenes2.2.2.2基因功能注释使用BLAST工具进行unigenes功能注释，控制E-value的临界值为10-5，与NCBI的Nr、Pfam、Swiss-Prot，和KEGG数据库、COG数据库、KOG、GO数据库。最终，48.43%的unigenes比对成功，51.57%仍然未知。在所有已注释的unigenes中，41504个与Nr数据库匹配，29287个与Pfam数据库匹配，25679个与GO数据库匹配，27426
【参考文献】：
期刊论文
[1]油菜素内酯提高玉米抗禾谷镰孢菌侵染的生理机制[J]. 张昊,冯佳佳,孙丹丹,闫青地,赵亚林,王珊,王平平,赵亚卓,王倩,王凤茹,董金皋. 华北农学报. 2019(01)
[2]基于液相色谱-串联质谱技术的新疆一枝蒿植物代谢组学分析方法研究[J]. 陈路路,王中华,周帜,何秉淑,贺玖明,黄罗娇,努尔波拉提·阿依达尔汗,刘戈宇,阿吉艾克拜尔·艾萨,再帕尔·阿不力孜. 分析化学. 2018(05)
[3]让祖国大地绿起来美起来[J]. 张登山. 时事(高中). 2017(06)
[4]种子园“矮化”是良种基地经营方向——考察广东等省（区）种子园的体会[J]. 沈熙环. 林业科技通讯. 2017(11)
[5]葡萄转录因子数据库中17个MADS-box成员在果实发育成熟过程中的表达特征分析[J]. 崔梦杰,王晨,吴伟民,王洁,汤崴,张文颖,朱旭东,贾海锋,沈文彪,房经贵. 果树学报. 2017(12)
[6]甘薯MADS-box转录因子IbMADS11-Like的克隆及胁迫响应分析[J]. 谈传婷,宋炜涵,朱明库,徐涛,董婷婷,李宗芸. 植物研究. 2017(04)
[7]泡桐丛枝病发生与代谢组变化的关系（英文）[J]. 曹亚兵,翟晓巧,邓敏捷,赵振利,范国强. 林业科学. 2017(06)
[8]樟子松无性系种子园矮化处理对结实及种子品质的影响[J]. 王福森,李树森,李晶,贯春雨,王红梅. 东北林业大学学报. 2017(05)
[9]关于晋中南白皮松产业发展的思考[J]. 李卫栋. 中国林业产业. 2017(01)
[10]水稻MADS-box基因研究进展[J]. 苏亚丽,刘梦佳,李海峰. 河南农业科学. 2016(09)
博士论文
[1]甘蓝型油菜钼高低积累品种的筛选及其生理分子机制研究[D]. 秦世玉.华中农业大学 2016
[2]白皮松遗传资源评价及保存策略研究[D]. 赵罕.中国林业科学研究院 2012
[3]苎麻对重金属吸收和积累特征及镉胁迫响应基因表达研究[D]. 佘玮.湖南农业大学 2010
[4]细胞分裂素调节拟南芥花发育的研究[D]. 李兴国.山东农业大学 2008
硕士论文
[1]二穗短柄草细胞分裂素氧化酶基因BdCKX的克隆和功能分析[D]. 李嘉.西北农林科技大学 2016
[2]白皮松种质资源抗旱性评价研究[D]. 孟庆阳.河南科技大学 2015
[3]白皮松植物文化考据及其在河洛地区古树资源调查分析[D]. 何云龙.河南师范大学 2014
[4]细胞分裂素调控的水稻锯齿叶矮缩病的发病[D]. 邹丹丹.福建农林大学 2014
[5]白皮松自然居群的空间遗传格局及其形成机制[D]. 王晶.西北大学 2013
[6]濒危植物白皮松遗传多样性及遗传结构研究[D]. 周惠娟.西北大学 2013
[7]基于核基因序列的白皮松谱系地理学研究[D]. 刘芳.西北大学 2011
[8]丧失顶端优势的樟子松突变体蛋白质组学研究及Rad23基因克隆[D]. 陆天聪.东北林业大学 2010
[9]施肥对白桦生长发育和几个MADS-box基因表达的影响[D]. 李天芳.东北林业大学 2009
[10]细胞分裂素调节拟南芥花发育基因表达的研究[D]. 于明明.山东农业大学 2008
本文编号：3572769
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