草鱼高密度遗传连锁图谱构建及生长性状和肌肉营养成分QTL定位
发布时间：2023-02-14 17:13
草鱼(Ctenopharyngodon idella)是我国重要养殖鱼类之一,其产量居于我国乃至世界淡水养殖产量首位。利用草鱼高密度遗传连锁图谱进行数量性状座位(quantitative trait locus,QTL)定位是一种快速、有效地开发经济性状相关标记的方法。草鱼首张遗传连锁图谱已于2010年发表,但关于草鱼经济性状QTL精准定位的工作尚未开展。本研究利用高通量测序数据,构建了草鱼首张高密度遗传连锁图谱,并对部分生长性状和肌肉营养成分进行QTL定位;利用极端体质量个体进行混池转录组测序,对体质量性状进行初步定位。本研究旨在筛选出草鱼生长性状和肌肉营养成分相关标记和基因,以期为草鱼分子标记辅助选择(marker assisted selection,MAS)育种提供参考,主要研究内容如下:1.草鱼高密度遗传连锁图谱构建对草鱼F1作图家系进行简化基因组GBS(genotyping by sequencing)测序,构建一张草鱼高密度遗传连锁图谱,以期为后续草鱼幼鱼经济性状QTL精准定位提供参考。利用自主研发的12个微卫星标记对草鱼子代家系信息进行鉴定,选取家系2(2个亲本,185...
【文章页数】：109 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
Abstract
引言
第一章 文献综述
1.分子数量遗传学的发展及应用
1.1 数量遗传学的理论基础及研究方法
1.2 分子数量遗传学的发展与应用
2.主要养殖鱼类遗传连锁图谱和QTL定位研究
2.1 主要养殖鱼类遗传连锁图谱
2.1.1 亲本及作图群体
2.1.2 作图方法及软件
2.1.3 遗传标记
2.2 主要养殖鱼类QTL定位
2.2.1 鲤形目
2.2.2 鲈形目
2.2.3 鲶形目
2.2.4 鲑形目
2.2.5 鲽形目
3.草鱼分子标记辅助育种研究进展
3.1 草鱼遗传多样性研究
3.2 性状相关标记筛选
3.3 鉴定草鱼亲权关系
3.4 草鱼MAS育种展望
第二章 草鱼高密度遗传连锁图谱构建
1.材料与方法
1.1 作图群体
1.1.1 实验材料采集
1.1.2 基因组DNA提取及检测
1.1.3 子代家系信息及性别鉴定
1.2 文库构建及高通量测序
1.3 数据质控及SNP分型
1.3.1 GBS测序数据质控
1.3.2 GBS测序数据比对
1.3.3 SNP分型及筛选
1.4 构建高密度遗传连锁图谱
1.5 比较基因组学分析
2.结果
2.1 作图群体选择及性别鉴定结果
2.2 高通量测序数据质控
2.3 SNP分型及过滤
2.4 高密度图谱构建
2.5 基因组整合与比较基因组学分析
3.讨论
第三章 10 月龄草鱼生长性状QTL定位
1.材料与方法
1.1 生长数据采集
1.2 生长数据分析
1.3 草鱼高密度图谱构建
1.4 草鱼生长性状QTL定位
2.结果
2.1 生长数据正态分布检测
2.2 草鱼幼鱼生长性状QTL定位
3.讨论
第四章 10 月龄草鱼肌肉营养成分QTL定位
1.材料与方法
1.1 实验材料采集
1.2 肌肉营养成分测定
1.3 草鱼高密度图谱构建
1.4 草鱼肌肉营养成分QTL定位
2.结果
2.1 草鱼幼鱼肌肉营养成分统计
2.2 草鱼幼鱼肌肉营养成分QTL定位
3.讨论
第五章 10月龄草鱼生长相关插入/缺失位点筛选及图谱定位
1 材料与方法
1.1 实验用鱼及基因组DNA提取
1.2 插入/缺失型位点筛选及在野生个体中分型
1.3 插入/缺失型位点在关联分析草鱼中分型
1.4 数据处理及与生长性状关联分析
1.5 多态性位点图谱定位
2 结果
2.1 插入/缺失型突变位点在野生个体中多态性分析
2.2 插入/缺失型突变位点与草鱼幼鱼生长性状关联分析
2.2.1 插入/缺失型突变位点在亲本中的筛选及分型结果验证
2.2.2 7个插入/缺失型位点的多态性分析
2.2.3 7个插入/缺失型位点与草鱼幼鱼生长性状相关性分析
2.3 7个多态性位点图谱定位
3.讨论
第六章 利用混池转录组测序技术挖掘10月龄草鱼体质量性状相关标记和基因
1.材料与方法
1.1 实验材料
1.2 总RNA提取、文库构建及测序
1.3 生物信息学分析
1.4 BSR-seq关联分析
1.4.1 SNP calling及过滤
1.4.2 欧氏距离(Euclidean Distance,ED)计算
1.4.3 BSR-seq关联位点分析
1.4.4 BSR-seq关联基因功能及差异表达分析
2.结果
2.1 总RNA质量检测
2.2 测序数据质量评估
2.3 差异表达分析
2.3.1 各转录本表达水平比较
2.3.2 各转录本差异基因筛选及聚类分析
2.4 差异功能基因富集分析
2.5 BSR-seq关联分析
2.5.1 BSR-seq位点关联
2.5.2 BSR-seq关联基因功能及差异表达分析
3.讨论
论文小节
参考文献
附录
攻读博士期间科研成果
致谢
本文编号：3742680
【文章页数】：109 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
Abstract
引言
第一章 文献综述
1.分子数量遗传学的发展及应用
1.1 数量遗传学的理论基础及研究方法
1.2 分子数量遗传学的发展与应用
2.主要养殖鱼类遗传连锁图谱和QTL定位研究
2.1 主要养殖鱼类遗传连锁图谱
2.1.1 亲本及作图群体
2.1.2 作图方法及软件
2.1.3 遗传标记
2.2 主要养殖鱼类QTL定位
2.2.1 鲤形目
2.2.2 鲈形目
2.2.3 鲶形目
2.2.4 鲑形目
2.2.5 鲽形目
3.草鱼分子标记辅助育种研究进展
3.1 草鱼遗传多样性研究
3.2 性状相关标记筛选
3.3 鉴定草鱼亲权关系
3.4 草鱼MAS育种展望
第二章 草鱼高密度遗传连锁图谱构建
1.材料与方法
1.1 作图群体
1.1.1 实验材料采集
1.1.2 基因组DNA提取及检测
1.1.3 子代家系信息及性别鉴定
1.2 文库构建及高通量测序
1.3 数据质控及SNP分型
1.3.1 GBS测序数据质控
1.3.2 GBS测序数据比对
1.3.3 SNP分型及筛选
1.4 构建高密度遗传连锁图谱
1.5 比较基因组学分析
2.结果
2.1 作图群体选择及性别鉴定结果
2.2 高通量测序数据质控
2.3 SNP分型及过滤
2.4 高密度图谱构建
2.5 基因组整合与比较基因组学分析
3.讨论
第三章 10 月龄草鱼生长性状QTL定位
1.材料与方法
1.1 生长数据采集
1.2 生长数据分析
1.3 草鱼高密度图谱构建
1.4 草鱼生长性状QTL定位
2.结果
2.1 生长数据正态分布检测
2.2 草鱼幼鱼生长性状QTL定位
3.讨论
第四章 10 月龄草鱼肌肉营养成分QTL定位
1.材料与方法
1.1 实验材料采集
1.2 肌肉营养成分测定
1.3 草鱼高密度图谱构建
1.4 草鱼肌肉营养成分QTL定位
2.结果
2.1 草鱼幼鱼肌肉营养成分统计
2.2 草鱼幼鱼肌肉营养成分QTL定位
3.讨论
第五章 10月龄草鱼生长相关插入/缺失位点筛选及图谱定位
1 材料与方法
1.1 实验用鱼及基因组DNA提取
1.2 插入/缺失型位点筛选及在野生个体中分型
1.3 插入/缺失型位点在关联分析草鱼中分型
1.4 数据处理及与生长性状关联分析
1.5 多态性位点图谱定位
2 结果
2.1 插入/缺失型突变位点在野生个体中多态性分析
2.2 插入/缺失型突变位点与草鱼幼鱼生长性状关联分析
2.2.1 插入/缺失型突变位点在亲本中的筛选及分型结果验证
2.2.2 7个插入/缺失型位点的多态性分析
2.2.3 7个插入/缺失型位点与草鱼幼鱼生长性状相关性分析
2.3 7个多态性位点图谱定位
3.讨论
第六章 利用混池转录组测序技术挖掘10月龄草鱼体质量性状相关标记和基因
1.材料与方法
1.1 实验材料
1.2 总RNA提取、文库构建及测序
1.3 生物信息学分析
1.4 BSR-seq关联分析
1.4.1 SNP calling及过滤
1.4.2 欧氏距离(Euclidean Distance,ED)计算
1.4.3 BSR-seq关联位点分析
1.4.4 BSR-seq关联基因功能及差异表达分析
2.结果
2.1 总RNA质量检测
2.2 测序数据质量评估
2.3 差异表达分析
2.3.1 各转录本表达水平比较
2.3.2 各转录本差异基因筛选及聚类分析
2.4 差异功能基因富集分析
2.5 BSR-seq关联分析
2.5.1 BSR-seq位点关联
2.5.2 BSR-seq关联基因功能及差异表达分析
3.讨论
论文小节
参考文献
附录
攻读博士期间科研成果
致谢
本文编号：3742680
本文链接：https://www.wllwen.com/shoufeilunwen/nykjbs/3742680.html
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