梅山猪不同发育阶段肠道微生物变化及免疫调控机制分析

发布时间：2023-10-14 09:36

　　肠道微生物菌群变化和免疫应答在动物机体生长、发育过程中发挥重要的作用,为了系统地揭示猪从初生到成年阶段肠道微生物变化以及免疫调控的遗传基础和分子机制,本研究以中国地方代表性品种—梅山猪为试验对象,一方面利用16SrDNA测序技术,并结合OTU分析、物种分类和丰度分析、Alpha多样性分析、Beta多样性分析等一系列生物信息学技术分析了梅山猪在8个不同发育阶段(初生1日龄、7日龄、14日龄、21日龄、28日龄、35日龄、120日龄和180日龄)肠道6个区段(十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠和直肠)肠道微生物的分布情况;另一方面,利用长链非编码RNA(Long noncoding RNA,lncRNA)测序分析了以上不同日龄脾脏组织中lncRNA和mRNA表达水平,并通过加权基因共表达网络(Weighted Gene Co-Expression Network Analysis,WGCNA)筛选重要的lncRNA、免疫调控通路以及功能基因,在此基础上利用qPCR分析免疫调控通路中相关基因在不同生长发育阶段梅山猪免疫和肠道组织中的表达水平,其次结合cis和trans机制预测其 lncRNA ...

【文章页数】：124 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
符号说明
第一章 文献综述
    1 肠道微生物研究进展与概况
        1.1 肠道微生物的作用
        1.2 分子生物学技术在肠道微生物群落结构分析中的应用
        1.3 哺乳动物不同发育时期肠道微生物组成变化情况
    2 免疫应答与调控
        2.1 免疫应答概述
        2.2 肠道微生物对免疫应答的调控
    3 RNA-seq测序
        3.1 长链非编码RNA测序(long noncoding RNAs,lncRNAs)
        3.2 转录组测序
        3.3 WGCNA共表达调控网络
    4 本研究的目的和意义
第二章 梅山猪不同发育时期肠道微生物变化分析
    1 材料与方法
        1.1 试验动物
        1.2 肠道微生物16S rDNA测序
    2 结果与分析
        2.1 16S rDNA测序和OTU分析
        2.2 肠道微生物在不同肠段中的分布
        2.3 肠道微生物在6个肠段8个时间点的动态规律分析
        2.4 在早期生长阶段大肠和小肠中优势菌的时间变化规律
        2.5 日粮相关菌在早期生长发育阶段不同肠道中的变化
        2.6 免疫相关菌在早期生长发育阶段不同肠段中的变化
    3 讨论
第三章 梅山猪不同发育时期免疫调控的遗传基础和分子机制
    第一节 梅山猪不同发育时期脾脏组织长链非编码RNA测序
        1 材料与方法
            1.1 试验动物
            1.2 文库建立
            1.3 测序数据分析
        2 结果与分析
            2.1 lncRNA测序数据质量评估
            2.2 长链非编码RNA过滤与筛选
            2.3 转录本(lncRNA和mRNA)表达量分析
            2.4 加权基因共表达网络WGCNA分析
        3 讨论
    第二节 梅山猪不同发育时期免疫相关基因表达规律分析
        1 材料与方法
            1.1 试验材料
            1.2 试验仪器和试剂
            1.3 引物设计
            1.4 提取各组织总RNA
            1.5 实时荧光定量PCR
            1.6 数据处理与分析
        2 结果与分析
            2.1 总RNA的纯度与完整性
            2.2 荧光定量PCR的扩增曲线与熔解曲线
            2.3 TLR4、TNF-α、 IL-1β和IFN-α基因在猪免疫和肠道组织中的发育表达模式分析
            2.4 TLR4基因及其下游基因在猪免疫和肠道组织中的相关性分析
        3 讨论
    第三节 梅山猪不同发育时期脾脏组织TNF-α基因甲基化分析
        1 材料与方法
            1.1 试验动物
            1.2 猪TNF-α基因CpG区生物信息学分析
            1.3 猪TNF-α基因启动子区双荧光素酶活性检测
            1.4 焦磷酸甲基化检测
            1.5 数据统计
        2 结果与分析
            2.1 猪TNF-α基因启动子区CpG区域甲基化水平检测
            2.2 猪TNF-α基因不同日龄脾脏组织甲基化水平与mRNA表达相关性分析
            2.3 重要转录因子筛选与确定
        3 讨论
全文结论
文章创新点
文章不足之处及下一步应该开展的工作
参考文献
致谢
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本文编号：3854065