LncRNA-cCSC1对结直肠癌干细胞特性的调控作用及机制研究
发布时间：2021-03-21 23:08
目的:筛选鉴定结直肠癌（Colorectal cancer,CRC）干细胞特性相关基因,并探讨筛选出的干性相关基因lncRNA-cCSC1对结直肠癌干细胞特性的生物学行为影响及其作用机制。方法:1)在TCGA（https://cancergenome.nih.gov/）下载结直肠癌stem-like和non stem-like组织亚型的RNA-Seq预处理数据并通过TCGA标识码相互匹配。采用Limma算法对数据进行差异表达分析,挑选出其中差异表达的lncRNA并进行聚类分析。选取其中表达量最高的10个lncRNA与22个经典干性标志物进行相关性矩阵分析筛选出相关性最高的关键lncRNA并根据lncRNA相关命名规则将其命名为lncRNA-cCSC1。通过相关数据库明确lncRNA-cCSC1的染色体位置,并验证其序列全长及细胞定位。相关软件预测分析其蛋白编码能力,判定是否具备lncRNA的特征。2)QRT-PCR检测lncRNA-cCSC1在结直肠癌组织及癌旁正常组织中的表达情况,并结合临床病理资料分析lncRNA-cCSC1的表达与临床病理特征和总体预后的关系。用QRT-PCR继续...
【文章来源】：重庆医科大学重庆市
【文章页数】：137 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
差异表达基因的筛选Figure1.1Screeningofdifferentlyexpressedgenes通过Limma筛选差异表达基因结果的火山图
重庆医科大学博士研究生学位论文37图1.2差异表达基因的聚类分析Figure1.2TheclusteranalysisofDEGs热图展示差异表达基因。横轴色条显示样本的聚类信息。左侧纵轴树状条显示差异基因的聚类情况，红色为高表达基因，绿色为低表达基因。Heatmapshowdifferentiallyexpressedgenes.Thehorizontalcolorbardisplaystheclusteringinformationofsamples.Theleftverticalaxistreeshowstheclusteringofdifferentiallyexpressedgenes,withhighexpressiongenesinredandlowexpressiongenesingreen.3.3差异表达基因的相关性矩阵分析通过聚类分析挑选出的10个差异表达最高的lncRNA，结合相关文献查阅总结出22个干性相关标志物，在R软件中将两者相结合并进行相关性计算后，从中挑选出和干性标志物关联性最大的lncRNA。并且根据图中所示，此lncRNA与其
重庆医科大学博士研究生学位论文38中几种干性标志物关联性最大，分别为：PROM1(CD133)、CD44、NANOG、SOX2、CXCR4（图1.3）。按照HUGOGeneNomenclatureCommittee（HGNC）的命名规则，我们将挑选出的这个lncRNA命名为lncRNA-cCSC1。图1.3差异表达基因的相关性矩阵Figure1.3ThecorrelationmatrixofDEGs筛选出10个差异表达最高的lncRNA和22个干性标志物进行相关性计算，横轴刻度颜色蓝色表示正相关，红色表示负相关。10lncrnaswiththehighestdifferentialexpressionand22stemnessmarkerswerescreenedforcorrelationcalculation.Thehorizontalaxisscalecolorblueindicatedpositivecorrelationandredindicatednegativecorrelation.3.4差异表达基因在数据库中的注释将筛选出的差异基因lncRNA-cCSC1序列输入到ensmble数据库中进行比对，明确其基因的基因注释、全长序列、位于染色体的位置、内含子和外显子数量以及转录本信息（图1.4）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Drug resistance and new therapies in colorectal cancer[J]. Kevin Van der Jeught,Han-Chen Xu,Yu-Jing Li,Xiong-Bin Lu,Guang Ji. World Journal of Gastroenterology. 2018(34)
[2]Common stemness regulators of embryonic and cancer stem cells[J]. Christiana Hadjimichael,Konstantina Chanoumidou,Natalia Papadopoulou,Panagiota Arampatzi,Joseph Papamatheakis,Androniki Kretsovali. World Journal of Stem Cells. 2015(09)
[3]CD133:A cancer stem cells marker, is used in colorectal cancers[J]. Fei Ren,Wei-Qi Sheng,Xiang Du. World Journal of Gastroenterology. 2013(17)
[4]Colorectal cancer mortality in Hong Kong of China,Japan,South Korea,and Singapore[J]. Aesun Shin,Kyu-Won Jung,Young-Joo Won. World Journal of Gastroenterology. 2013(07)
本文编号：3093667
【文章来源】：重庆医科大学重庆市
【文章页数】：137 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
差异表达基因的筛选Figure1.1Screeningofdifferentlyexpressedgenes通过Limma筛选差异表达基因结果的火山图
重庆医科大学博士研究生学位论文37图1.2差异表达基因的聚类分析Figure1.2TheclusteranalysisofDEGs热图展示差异表达基因。横轴色条显示样本的聚类信息。左侧纵轴树状条显示差异基因的聚类情况，红色为高表达基因，绿色为低表达基因。Heatmapshowdifferentiallyexpressedgenes.Thehorizontalcolorbardisplaystheclusteringinformationofsamples.Theleftverticalaxistreeshowstheclusteringofdifferentiallyexpressedgenes,withhighexpressiongenesinredandlowexpressiongenesingreen.3.3差异表达基因的相关性矩阵分析通过聚类分析挑选出的10个差异表达最高的lncRNA，结合相关文献查阅总结出22个干性相关标志物，在R软件中将两者相结合并进行相关性计算后，从中挑选出和干性标志物关联性最大的lncRNA。并且根据图中所示，此lncRNA与其
重庆医科大学博士研究生学位论文38中几种干性标志物关联性最大，分别为：PROM1(CD133)、CD44、NANOG、SOX2、CXCR4（图1.3）。按照HUGOGeneNomenclatureCommittee（HGNC）的命名规则，我们将挑选出的这个lncRNA命名为lncRNA-cCSC1。图1.3差异表达基因的相关性矩阵Figure1.3ThecorrelationmatrixofDEGs筛选出10个差异表达最高的lncRNA和22个干性标志物进行相关性计算，横轴刻度颜色蓝色表示正相关，红色表示负相关。10lncrnaswiththehighestdifferentialexpressionand22stemnessmarkerswerescreenedforcorrelationcalculation.Thehorizontalaxisscalecolorblueindicatedpositivecorrelationandredindicatednegativecorrelation.3.4差异表达基因在数据库中的注释将筛选出的差异基因lncRNA-cCSC1序列输入到ensmble数据库中进行比对，明确其基因的基因注释、全长序列、位于染色体的位置、内含子和外显子数量以及转录本信息（图1.4）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Drug resistance and new therapies in colorectal cancer[J]. Kevin Van der Jeught,Han-Chen Xu,Yu-Jing Li,Xiong-Bin Lu,Guang Ji. World Journal of Gastroenterology. 2018(34)
[2]Common stemness regulators of embryonic and cancer stem cells[J]. Christiana Hadjimichael,Konstantina Chanoumidou,Natalia Papadopoulou,Panagiota Arampatzi,Joseph Papamatheakis,Androniki Kretsovali. World Journal of Stem Cells. 2015(09)
[3]CD133:A cancer stem cells marker, is used in colorectal cancers[J]. Fei Ren,Wei-Qi Sheng,Xiang Du. World Journal of Gastroenterology. 2013(17)
[4]Colorectal cancer mortality in Hong Kong of China,Japan,South Korea,and Singapore[J]. Aesun Shin,Kyu-Won Jung,Young-Joo Won. World Journal of Gastroenterology. 2013(07)
本文编号：3093667
本文链接：https://www.wllwen.com/shoufeilunwen/yxlbs/3093667.html
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