代谢组学与DNA甲基化用于结直肠肿瘤预警与早期诊断的研究
发布时间：2021-03-28 14:28
研究背景与研究目的:1.家族性腺瘤性息肉病（familial adenomatous polyposis,FAP）是一种由 APC 基因突变引起的常染色体显性遗传性肠道息肉综合征,约占结直肠癌（Colorectal Cancer,CRC）的1%。近年来对CRC发病分子机制的研究越来越多,然而CRC的发展可能涉及的代谢途径和改变尚不清楚。通过色谱质谱联用技术进行家族性腺瘤性息肉病的血清代谢组学研究,寻找家族性腺瘤性息肉病与正常对照组血清代谢谱的差异,进而明确APC基因突变可能导致的代谢组学的改变,探究遗传性结直肠癌发生的预警指标。2.“息肉-腺瘤-癌”的发展途径是目前国际上公认的结直肠癌的发展模式。提高腺瘤检出率可以显著减少结肠镜检查后CRC（post-colonoscopy CRC）的发生,并进行有效干预,可显著降低结直肠癌的患病率和死亡率,提高患者生存率。因此结直肠肿瘤的预防策略应从癌症转移到癌前病变,进展期腺瘤在未来的结直肠癌筛查方案中将发挥更重要的作用。然而早期检出癌前病变、早期CRC是迄今为止仍然面临的一个重要挑战。大量细胞可以从恶性结直肠肿瘤中的结肠上皮脱落,因此通过分析粪便...
【文章来源】：中国人民解放军医学院北京市
【文章页数】：91 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图２代谢物定量分析积分校正图??
以用作工件识别的工艺空白。另外通过对不同质控样本的总离子流图（ＴＩＣ）进行重??叠显示分析，可以进行技术的可重复性的判断。此过程中只有保证仪器的高稳定性，??才会为数据的可重复性和可靠性提供重要保证。图３结果显示曲线重叠性高，即不同??时间对同一样品进行检测时，信号稳定性较好。??Ｉ?丨｜?’?ａ?Ｉ?！?！?Ｉｔ）；．??：?＾?Ｉ?ｉｉ?［?Ｊ??ｅ?ｔ?＇?，！?｜１?：｜｜?Ｉ?，?ｔ?，?｜．ｕ??Ｉ?ｊ?］［??丨?ＪｋＪｕｊＪｄｔＪ，?１一—ｄｋ?—??图３?ＱＣ样本质谱检测ＴＩＣ重叠图??２．６统计数据分析??代谢组学数据结果分析结合了单变量统计分析和多元统计分析方法进行多角度??分析来挖掘差异代谢物。其中单变量统计分析方法包括了参数检验和非参数检验，如??ＡＮＯＶＡ?（Ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?Ｖａｒｉａｎｃｅ，方差分析）和?Ｔ－ｔｅｓｔ?（Ｓｔｕｄｅｎｔ’ｓ?ｔ?ｔｅｓｔ，学生?ｔ?检验）；??多元统计分析方法包括主成分分析、偏最小二乘法判别分析等。通过Ｒ统计函数??ｐｒｃｏｍｐ进行非监督聚类分析。样品和代谢物的层次聚类分析（ＨＣＡ）结果为带树状??图的热图，而样品之间的?Ｐｅａｒｓｏｎ?相关系数（Ｐｅａｒｓｏｎ－Ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ?Ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔｓ，ＰＣＣ）??仅作为热图呈现。ＨＣＡ和ＰＣＣ均由Ｒ包热图执行。根据ＯＰＬＳ－ＤＡ分析的结果，基??１６??
图５样品总体聚类图??２．１０重复相关性评估??
【参考文献】：
期刊论文
[1]Gut microbiota imbalance and colorectal cancer[J]. Johan Gagnière,Jennifer Raisch,Julie Veziant,Nicolas Barnich,Richard Bonnet,Emmanuel Buc,Marie-Agnès Bringer,Denis Pezet,Mathilde Bonnet. World Journal of Gastroenterology. 2016(02)
[2]Accuracy of early detection of colorectal tumours by stool methylation markers:A meta-analysis[J]. Hu Zhang,Jian Qi,Ya-Qiong Wu,Ping Zhang,Jun Jiang,Qi-Xian Wang,You-Qing Zhu. World Journal of Gastroenterology. 2014(38)
[3]NOK/STYK1单克隆抗体的制备及应用[J]. 张国芳,王银银,常智杰. 陕西师范大学学报(自然科学版). 2014(03)
[4]粪便脱落细胞及其标志物检测筛查大肠癌的研究现状[J]. 孟明明,李世荣. 胃肠病学和肝病学杂志. 2010(07)
[5]Hypermethylated SFRP2 gene in fecal DNA is a high potential biomarker for colorectal cancer noninvasive screening[J]. Dao-Rong Wang,Dong Tang,Department of General Surgery,The First Affi liated Hospital of Yangzhou University,Yangzhou 225001,Jiangsu Province,China. World Journal of Gastroenterology. 2008(04)
本文编号：3105719
【文章来源】：中国人民解放军医学院北京市
【文章页数】：91 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图２代谢物定量分析积分校正图??
以用作工件识别的工艺空白。另外通过对不同质控样本的总离子流图（ＴＩＣ）进行重??叠显示分析，可以进行技术的可重复性的判断。此过程中只有保证仪器的高稳定性，??才会为数据的可重复性和可靠性提供重要保证。图３结果显示曲线重叠性高，即不同??时间对同一样品进行检测时，信号稳定性较好。??Ｉ?丨｜?’?ａ?Ｉ?！?！?Ｉｔ）；．??：?＾?Ｉ?ｉｉ?［?Ｊ??ｅ?ｔ?＇?，！?｜１?：｜｜?Ｉ?，?ｔ?，?｜．ｕ??Ｉ?ｊ?］［??丨?ＪｋＪｕｊＪｄｔＪ，?１一—ｄｋ?—??图３?ＱＣ样本质谱检测ＴＩＣ重叠图??２．６统计数据分析??代谢组学数据结果分析结合了单变量统计分析和多元统计分析方法进行多角度??分析来挖掘差异代谢物。其中单变量统计分析方法包括了参数检验和非参数检验，如??ＡＮＯＶＡ?（Ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?Ｖａｒｉａｎｃｅ，方差分析）和?Ｔ－ｔｅｓｔ?（Ｓｔｕｄｅｎｔ’ｓ?ｔ?ｔｅｓｔ，学生?ｔ?检验）；??多元统计分析方法包括主成分分析、偏最小二乘法判别分析等。通过Ｒ统计函数??ｐｒｃｏｍｐ进行非监督聚类分析。样品和代谢物的层次聚类分析（ＨＣＡ）结果为带树状??图的热图，而样品之间的?Ｐｅａｒｓｏｎ?相关系数（Ｐｅａｒｓｏｎ－Ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ?Ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔｓ，ＰＣＣ）??仅作为热图呈现。ＨＣＡ和ＰＣＣ均由Ｒ包热图执行。根据ＯＰＬＳ－ＤＡ分析的结果，基??１６??
图５样品总体聚类图??２．１０重复相关性评估??
【参考文献】：
期刊论文
[1]Gut microbiota imbalance and colorectal cancer[J]. Johan Gagnière,Jennifer Raisch,Julie Veziant,Nicolas Barnich,Richard Bonnet,Emmanuel Buc,Marie-Agnès Bringer,Denis Pezet,Mathilde Bonnet. World Journal of Gastroenterology. 2016(02)
[2]Accuracy of early detection of colorectal tumours by stool methylation markers:A meta-analysis[J]. Hu Zhang,Jian Qi,Ya-Qiong Wu,Ping Zhang,Jun Jiang,Qi-Xian Wang,You-Qing Zhu. World Journal of Gastroenterology. 2014(38)
[3]NOK/STYK1单克隆抗体的制备及应用[J]. 张国芳,王银银,常智杰. 陕西师范大学学报(自然科学版). 2014(03)
[4]粪便脱落细胞及其标志物检测筛查大肠癌的研究现状[J]. 孟明明,李世荣. 胃肠病学和肝病学杂志. 2010(07)
[5]Hypermethylated SFRP2 gene in fecal DNA is a high potential biomarker for colorectal cancer noninvasive screening[J]. Dao-Rong Wang,Dong Tang,Department of General Surgery,The First Affi liated Hospital of Yangzhou University,Yangzhou 225001,Jiangsu Province,China. World Journal of Gastroenterology. 2008(04)
本文编号：3105719
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