面向胃癌的长链非编码RNA调控功能预测研究

发布时间：2021-04-30 08:22

　　胃癌是世界范围内发病率和致死率最高的癌症之一,近半数的胃癌发生于东亚地区,尤其是中国、韩国、日本及蒙古国。根据全国肿瘤登记中心（National Central Cancer Registry,NCCR）2018年的最新统计数据显示,胃癌已高居我国所有癌症中发病和死亡率第三位。尤其在中国的西北地区,胃癌的发病率已超过肺癌高居第一,死亡率也与肺癌基本持平。国内外已投入大量的人力、物力和财力进行研究,虽然在临床诊断、治疗及预防等方面已经有所进展,但现阶段胃癌早期干预的高质量方法不多,并且晚期诊疗的成本效益比不高。胃癌不仅给患者带来了巨大的伤痛,也给医疗系统带来了沉重的负担。因此,全面掌握胃癌的调控机制,对胃癌诊治有着极为重要的意义。长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）是一类长度大于200个核苷酸（nt）,并且缺少蛋白质编码能力的RNA序列。lncRNA的调控功能极其复杂,可以通过与多种生物分子相互作用,参与表观遗传修饰、转录调控、RNA编辑以及蛋白翻译调控等。lncRNA在肿瘤的增殖、转移等生命活动中发挥着关键的调控作用,能够敏感地参与肿瘤发生发展的各个... 

【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：104 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
abstract
第一章 绪论
    1.1 研究的目的及意义
    1.2 本文研究内容
        1.2.1 胃癌ceRNA调控网络的构建及功能挖掘
        1.2.2 LINC00941 在胃癌中的功能预测及实验验证
    1.3 本文的结构
第二章 生物数据来源及相关方法介绍
    2.1 本文相关生物数据库
        2.1.1 TCGA数据库
        2.1.2 GENCODE数据库
        2.1.3 miRBase数据库
        2.1.4 GO数据库
        2.1.5 KEGG数据库
        2.1.6 miRNA靶基因预测数据库
    2.2 本文主要使用的计算方法介绍
        2.2.1 差异表达基因统计检验方法
        2.2.2 相关性系数计算方法
        2.2.3 生存分析
        2.2.4 基因功能富集分析算法
        2.2.5 介数中心性计算
    2.3 本文主要使用的生物实验方法介绍
        2.3.1 qRT-PCR和 Western blot实验
        2.3.2 CCK-8 和平板克隆实验
        2.3.3 细胞迁移和侵袭实验
        2.3.4 裸鼠成瘤实验
第三章 胃癌ceRNA调控网络的构建及功能挖掘
    3.1 研究背景
    3.2 研究方法
        3.2.1 胃癌数据的来源及处理流程
        3.2.2 识别胃癌中差异表达的lncRNA、mi RNA和 m RNA
        3.2.3 miRNA靶基因的预测
        3.2.4 识别潜在的ceRNA triple
        3.2.5 胃癌ceRNA调控网络的建立及网络拓扑分析
        3.2.6 胃癌ceRNA调控网络的基因功能富集分析
        3.2.7 胃癌组织样本及胃癌细胞的获取
        3.2.8 RNA提取及qRT-PCR检测基因表达水平
        3.2.9 设计siRNA对基因进行干扰
        3.2.10 CCK-8 和平板克隆实验
    3.3 研究结果
        3.3.1 挖掘胃癌中显著差异表达的lncRNA、mi RNA和 m RNA
        3.3.2 胃癌ceRNA调控网络的构建及功能分析
        3.3.3 胃癌ceRNA调控网络的拓扑分析
        3.3.4 基于核心lncRNA的 ceRNA调控网络的构建及功能富集分析
        3.3.5 生物实验验证DLEU2和DDX11-AS1 在胃癌中的调控功能
    3.4 本章小结
第四章 LINC00941 在胃癌中的功能预测及实验验证
    4.1 研究背景
    4.2 研究方法
        4.2.1 胃癌数据的来源及处理流程
        4.2.2 挖掘癌症、转移、生存显著相关的lncRNA
        4.2.3 基于lncRNA基因共表达网络的构建及功能富集分析
        4.2.4 细胞的培养、提取及qRT-PCR
        4.2.5 细胞转染
        4.2.6 CCK-8、平板克隆、细胞迁移和侵袭实验
        4.2.7 蛋白质提取和蛋白质印迹法实验
        4.2.8 裸鼠成瘤实验
    4.3 研究结果
        4.3.1 LINC00941 是潜在的胃癌诊断和预后标志物
        4.3.2 基于LINC00941 表达的胃癌患者临床病理特征分析
        4.3.3 LINC00941 共表达网络的构建和功能分析
        4.3.4 生物实验验证LINC00941 在胃癌中的调控功能
    4.4 本章小结
第五章 总结与展望
    5.1 全文工作总结
    5.2 本文的创新点
    5.3 未来工作展望
参考文献
作者简介及在学期间所取得的科研成果
    1.作者简介
    2.攻读博士学位期间发表的学术论文
        2.1 本文相关学术论文
        2.2 其他学术论文
    3.攻读博士学位期间参与的科研项目
致谢



本文编号：3169169