肿瘤相关可变剪接在线分析工具的建立和结直肠癌肝转移驱动突变的筛选分析研究
发布时间：2021-06-26 20:02
随着二代测序技术的快速发展,以及测序成本的不断下降,二代测序越来越多地在肿瘤研究中被使用。生物信息学借助数学、信息学和计算机科学来研究生物学问题。面对肿瘤研究中海量的二代测序数据,需要使用生物信息学对其进行分析与解读。我们利用生物信息学,分别对基因组和转录组二代测序结果进行深入分析。利用创新的生物信息学工具与分析方法,从基因组和转录组二代测序结果中解读出更深层次的信息。第一部分:肿瘤相关可变剪接在线分析工具的建立研究背景和目的:异常可变剪接是肿瘤发生发展的重要分子事件。虽然TCGA（The Cancer Genome Atlas）项目产出了大量的二代测序组学数据。但仍缺乏针对TCGA可变剪接开发的相关工具,使研究者能便捷地利用TCGA测序数据和临床信息来研究肿瘤可变剪接。本部分研究通过开发相关工具使TCGA中的肿瘤相关可变剪接信息能够更加充分地被利用,并且使可变剪接与临床变量的关系更直观地被解读。结果:基于云计算平台和网页数据可视化技术,我们开发了 TSVdb（TCGA Splicing Variant database）在线分析工具,用于在线探索TCGA中33种肿瘤的基因可变剪接与患...
【文章来源】：浙江大学浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：164 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
外显子读段和跨外显子读段
图４．１是ＴＳＶｄｂ的主界面，主界面的顶端是６个按钮组成的导航栏。导航栏中??的“Ｔｕｔｏｒｉａｌ”和“Ｒｅｎｅｗ”按钮分别是工具说明页面和页面刷新的链接。在“Ｔｕｔｏｒｉａｌ”和??“Ｒｅｎｅｗ“之间从左到右４个按钮分别显示当前选择的肿瘤类别、基因名、可变剪接??数据类型和临床参数，可以通过单击它们重设相关参数。??导航栏的下方是图例，图例分为两部分，图例的左半部分是ＲＮＡ测序结果数??据和转录本结构注释，图例右半部分用于注释图例下方的临床数据。??在图例下方是临床分组信息，用不同的颜色来区分各组。例图中临床参数为肿??瘤类型，分为正常组织、原发肿瘤组织、复发肿瘤组织和转移组织４组。通过鼠标??悬停在特定的临床分组色块上方，会出现辅助线帮助用户判断对应下方样本的临??床分组。??１１??
■?■■??图４．２外显子利用率归一化和降嗓??使用ＲＡＣ１基因在结肠腺癌中作为例子（图４．２）。临床分组注释中蓝色和橙色??分别代表正常和肿瘤组织。在图Ａ中可以看到，在对基因表达量进行矫正之前，??可变外显子（倒数第四行）的表达量和兄４Ｃ７基因表达量相关。通过矫正表达量的??影响，图Ｂ中／？＾Ｃ７可变外显子利用率不受基因表达量影响。由于显示外显子利??用率折线图的行高一定，极端值会影响显示比例，使正常数值在折线图中显示高度??过低从而难以分辨组间差异。最后一步降噪后兄４Ｃ７外显子利用率变得平滑（图??Ｃ），更有利于显示Ｚ＾ＣＶ可变外显子利用率在胂瘤和正常组织间的差异。??１４??
【参考文献】：
期刊论文
[1]中国居民2015年恶性肿瘤死亡率流行病学特征分析[J]. 兰蓝,赵飞,蔡玥,武瑞仙,孟群. 中华流行病学杂志. 2018 (01)
[2]Current practices and guidelines for clinical next-generation sequencing oncology testing[J]. Samuel P.Strom. Cancer Biology & Medicine. 2016(01)
[3]Early diagnosis for colorectal cancer in China[J]. Ya-Li Zhang Zhen-Su Zhang Ba-Ping Wu Dian-Yuan Zhou PLA Institute for Digestive Diseases,Nanfang Hospital,The First Medical University of PLA,Guangzhou 510515,Guangdong Province,China. World Journal of Gastroenterology. 2002(01)
本文编号：3251992
【文章来源】：浙江大学浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：164 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
外显子读段和跨外显子读段
图４．１是ＴＳＶｄｂ的主界面，主界面的顶端是６个按钮组成的导航栏。导航栏中??的“Ｔｕｔｏｒｉａｌ”和“Ｒｅｎｅｗ”按钮分别是工具说明页面和页面刷新的链接。在“Ｔｕｔｏｒｉａｌ”和??“Ｒｅｎｅｗ“之间从左到右４个按钮分别显示当前选择的肿瘤类别、基因名、可变剪接??数据类型和临床参数，可以通过单击它们重设相关参数。??导航栏的下方是图例，图例分为两部分，图例的左半部分是ＲＮＡ测序结果数??据和转录本结构注释，图例右半部分用于注释图例下方的临床数据。??在图例下方是临床分组信息，用不同的颜色来区分各组。例图中临床参数为肿??瘤类型，分为正常组织、原发肿瘤组织、复发肿瘤组织和转移组织４组。通过鼠标??悬停在特定的临床分组色块上方，会出现辅助线帮助用户判断对应下方样本的临??床分组。??１１??
■?■■??图４．２外显子利用率归一化和降嗓??使用ＲＡＣ１基因在结肠腺癌中作为例子（图４．２）。临床分组注释中蓝色和橙色??分别代表正常和肿瘤组织。在图Ａ中可以看到，在对基因表达量进行矫正之前，??可变外显子（倒数第四行）的表达量和兄４Ｃ７基因表达量相关。通过矫正表达量的??影响，图Ｂ中／？＾Ｃ７可变外显子利用率不受基因表达量影响。由于显示外显子利??用率折线图的行高一定，极端值会影响显示比例，使正常数值在折线图中显示高度??过低从而难以分辨组间差异。最后一步降噪后兄４Ｃ７外显子利用率变得平滑（图??Ｃ），更有利于显示Ｚ＾ＣＶ可变外显子利用率在胂瘤和正常组织间的差异。??１４??
【参考文献】：
期刊论文
[1]中国居民2015年恶性肿瘤死亡率流行病学特征分析[J]. 兰蓝,赵飞,蔡玥,武瑞仙,孟群. 中华流行病学杂志. 2018 (01)
[2]Current practices and guidelines for clinical next-generation sequencing oncology testing[J]. Samuel P.Strom. Cancer Biology & Medicine. 2016(01)
[3]Early diagnosis for colorectal cancer in China[J]. Ya-Li Zhang Zhen-Su Zhang Ba-Ping Wu Dian-Yuan Zhou PLA Institute for Digestive Diseases,Nanfang Hospital,The First Medical University of PLA,Guangzhou 510515,Guangdong Province,China. World Journal of Gastroenterology. 2002(01)
本文编号：3251992
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