PVT1/miR-145-5p/STAT1轴在胃癌增殖、侵袭中的作用及其机制研究
发布时间：2021-08-04 16:56
目的通过生物信息学挖掘胃癌TCGA转录组及miRNA表达数据,利用公共在线数据库构建lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络,筛选ceRNA调控网络中的关键基因;LncRNA PVT1在胃癌细胞系及胃癌组织中表达上调,但在胃癌中的分子机制尚不清楚,本研究以lncRNA PVT1为中心,探究lncRNA PVT1在胃癌发生、发展中的分子机制。方法1.下载胃癌TCGA转录组RNA-seq、miRNA-seq数据,进行差异基因分析,联合在线数据库构建lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络,并找到关键基因及子网络。2.实时荧光定量PCR法检测lncRNA PVT1在3种胃癌细胞系和组织样本中的表达,统计分析PVT1表达与胃癌临床病理的相关性。3.采用慢病毒、质粒转染技术构建PVT1功能敲减、过表达胃癌细胞模型。通过CCK-8、Edu细胞增殖实验、划痕、Transwell侵袭实验分析敲减和过表达PVT1后对胃癌细胞增殖、迁移、侵袭细胞表型的影响。4.基于ceRNA调控网络和单因素生存分析筛选PVT1的下游miRNA及其靶基因。采用实时荧光定量PCR技术检测胃癌细胞下...
【文章来源】：兰州大学甘肃省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：99 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
内源性竞争RNA机制假说图
兰州大学博士学位论文PVT1/miR-145-5p/STAT1轴在胃癌增殖、侵袭中的作用及其机制研究61材料1.1TCGA胃癌基因表达数据下载和整理从TCGA官方网站（https://cancergenome.nih.gov/）下载转录组RNASeq数据和miRNA数据，以及样本临床信息。其中，转录组RNA-Seq数据（mRNA和lncRNA基因表达数据）包含343例胃癌组织样本和30例癌旁正常组织样本。miRNA-Seq表达数据包括410例胃癌组织标本和42例癌旁正常组织标本。同时下载胃癌患者的生存数据并整理数据。数据处理流程图见图2。图2胃癌TCGA数据分析流程图1.2TCGA胃癌临床数据下载和整理从TCGA官方网站下载胃癌患者的临床数据并整理，其中包括年龄、性别、病理诊断、组织学分级（定义为高分化[G1]，中分化[G2]，低分化[G3]），手术部位边缘状态（阴性[R0]，显微镜下阳性[R1]，肉眼观察有肿瘤残留[R2]），淋巴阳性率（定义为HE染色阳性淋巴结数/手术切除淋巴结数），肿瘤状态（有肿
兰州大学博士学位论文PVT1/miR-145-5p/STAT1轴在胃癌增殖、侵袭中的作用及其机制研究16图3TCGA胃癌组织和癌旁正常组织差异表达的lncRNA，miRNA和mRNA热图、火山图。lncRNA火山图（A）、热图（B）；miRNA火山图（C）、热图（D）；mRNA火山图（E）、热图（F）；红色表示基因表达上调，绿色表示基因表达下调。3.2胃癌LncRNA-miRNA-mRNA调控网络的构建miRcode数据库匹配245个差异LncRNA与32个差异miRNA相互作用，总计1355对LncRNA-miRNA相互作用关系。miRDB，miRTarBase，TargetScan三个数据库匹配1349对miRNA-mRNA相互作用关系（三个数据库至少匹配2个数据库），包括29个差异表达的miRNA（数据库注释的差异表达的miRNA成熟miRNA）和1349个差异表达的mRNA。将所有的LncRNA-miRNA关系对、miRNA-mRNA关系整合，构建LncRNA-miRNA-mRNA调控网络。胃癌的LncRNA-miRNA-mRNA调控网络包括245个LncRNA、32个miRNA、1349个mRNA和总共2704个相互作用关系（表3，图4）。表3胃癌LncRNA-miRNA-mRNA调控网络基因列表（LncRNA、mRNATOP50）基因类别基因名称logFCP-valueFDRLncRNALINC003927.108.74E-078.03E-06ERVMER61-16.161.64E-071.87E-06HOTAIR5.511.32E-191.62E-17AL139002.15.503.60E-073.71E-06LINC003555.162.18E-094.13E-08AL513123.14.871.26E-124.85E-11DSCR4-IT14.771.12E-057.48E-05HULC4.691.47E-071.70E-06
【参考文献】：
期刊论文
[1]Drug resistance and new therapies in colorectal cancer[J]. Kevin Van der Jeught,Han-Chen Xu,Yu-Jing Li,Xiong-Bin Lu,Guang Ji. World Journal of Gastroenterology. 2018(34)
[2]Molecular mechanisms of chemoresistance in gastric cancer[J]. Wen-Jia Shi,Jin-Bo Gao. World Journal of Gastrointestinal Oncology. 2016(09)
[3]Carcinoma of the stomach: A review of epidemiology, pathogenesis, molecular genetics and chemoprevention[J]. Siddavaram Nagini. World Journal of Gastrointestinal Oncology. 2012(07)
[4]甘肃省武威市儿童和青少年幽门螺杆菌感染状况及菌株特点[J]. 张俐花,周永宁,张志镒,张富花,李高忠,李强,吴正奇,任宝龙,邹绍静,王娟霞. 中华医学杂志. 2009 (38)
本文编号：3322066
【文章来源】：兰州大学甘肃省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：99 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
内源性竞争RNA机制假说图
兰州大学博士学位论文PVT1/miR-145-5p/STAT1轴在胃癌增殖、侵袭中的作用及其机制研究61材料1.1TCGA胃癌基因表达数据下载和整理从TCGA官方网站（https://cancergenome.nih.gov/）下载转录组RNASeq数据和miRNA数据，以及样本临床信息。其中，转录组RNA-Seq数据（mRNA和lncRNA基因表达数据）包含343例胃癌组织样本和30例癌旁正常组织样本。miRNA-Seq表达数据包括410例胃癌组织标本和42例癌旁正常组织标本。同时下载胃癌患者的生存数据并整理数据。数据处理流程图见图2。图2胃癌TCGA数据分析流程图1.2TCGA胃癌临床数据下载和整理从TCGA官方网站下载胃癌患者的临床数据并整理，其中包括年龄、性别、病理诊断、组织学分级（定义为高分化[G1]，中分化[G2]，低分化[G3]），手术部位边缘状态（阴性[R0]，显微镜下阳性[R1]，肉眼观察有肿瘤残留[R2]），淋巴阳性率（定义为HE染色阳性淋巴结数/手术切除淋巴结数），肿瘤状态（有肿
兰州大学博士学位论文PVT1/miR-145-5p/STAT1轴在胃癌增殖、侵袭中的作用及其机制研究16图3TCGA胃癌组织和癌旁正常组织差异表达的lncRNA，miRNA和mRNA热图、火山图。lncRNA火山图（A）、热图（B）；miRNA火山图（C）、热图（D）；mRNA火山图（E）、热图（F）；红色表示基因表达上调，绿色表示基因表达下调。3.2胃癌LncRNA-miRNA-mRNA调控网络的构建miRcode数据库匹配245个差异LncRNA与32个差异miRNA相互作用，总计1355对LncRNA-miRNA相互作用关系。miRDB，miRTarBase，TargetScan三个数据库匹配1349对miRNA-mRNA相互作用关系（三个数据库至少匹配2个数据库），包括29个差异表达的miRNA（数据库注释的差异表达的miRNA成熟miRNA）和1349个差异表达的mRNA。将所有的LncRNA-miRNA关系对、miRNA-mRNA关系整合，构建LncRNA-miRNA-mRNA调控网络。胃癌的LncRNA-miRNA-mRNA调控网络包括245个LncRNA、32个miRNA、1349个mRNA和总共2704个相互作用关系（表3，图4）。表3胃癌LncRNA-miRNA-mRNA调控网络基因列表（LncRNA、mRNATOP50）基因类别基因名称logFCP-valueFDRLncRNALINC003927.108.74E-078.03E-06ERVMER61-16.161.64E-071.87E-06HOTAIR5.511.32E-191.62E-17AL139002.15.503.60E-073.71E-06LINC003555.162.18E-094.13E-08AL513123.14.871.26E-124.85E-11DSCR4-IT14.771.12E-057.48E-05HULC4.691.47E-071.70E-06
【参考文献】：
期刊论文
[1]Drug resistance and new therapies in colorectal cancer[J]. Kevin Van der Jeught,Han-Chen Xu,Yu-Jing Li,Xiong-Bin Lu,Guang Ji. World Journal of Gastroenterology. 2018(34)
[2]Molecular mechanisms of chemoresistance in gastric cancer[J]. Wen-Jia Shi,Jin-Bo Gao. World Journal of Gastrointestinal Oncology. 2016(09)
[3]Carcinoma of the stomach: A review of epidemiology, pathogenesis, molecular genetics and chemoprevention[J]. Siddavaram Nagini. World Journal of Gastrointestinal Oncology. 2012(07)
[4]甘肃省武威市儿童和青少年幽门螺杆菌感染状况及菌株特点[J]. 张俐花,周永宁,张志镒,张富花,李高忠,李强,吴正奇,任宝龙,邹绍静,王娟霞. 中华医学杂志. 2009 (38)
本文编号：3322066
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