肺癌患者呼吸道菌群结构及代谢组特征分析与比较研究

发布时间：2021-08-05 19:35

　　背景:肺癌在全球是一种高发病率、高病死率及高负担的肿瘤性疾病,到目前肺癌的总体生存率仍然很低,由于确诊较晚和对治疗反应差,在过去的50年里肺癌的生存率几乎没有改善。随着人们在靶向和免疫治疗方面取得了重大进展,需要我们对肺癌的局部环境有更深入的了解以改善肺癌个体化的诊断和治疗。人体共生的微生物组通过多种途径使人体获得营养或产生疾病易感性,目前我们已经发现在许多系统性疾病中如:糖尿病、肥胖、慢性胃炎和结直肠癌,人体与微生物之间的共生平衡是被打破的。新的研究证据表明,微生物群的生态失衡可能通过多个通路（如通过影响代谢,炎症或免疫途径等）影响癌的发生、发展。流行病学证据表明,反复接触抗生素与肺癌风险增加之间存在关系,但是肺部微生物菌群对肺癌的作用尚不清楚。既往认为健康的肺基本上是无菌的,但现在的研究表明肺部存在微生物群落,并且肺部菌群在呼吸系统疾病包括哮喘、慢性阻塞性肺病（COPD）和囊性纤维化中发生了改变。肺部菌群是否会影响肺癌的发生发展,目前已有一些相关研究进行了初步探索。有流行病学研究提示结核分支杆菌是肺癌重要的风险因素,也有研究显示肺癌患者肺部菌群结构发生了重要改变,如某些菌属或菌门丰... 

【文章来源】：中国人民解放军海军军医大学上海市 211工程院校

【文章页数】：175 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

-1采样部位：咽拭子为，灌洗液为（四）实验室检测方法

图 1-1-2 测序原理五）生物信息学分析与统计分析、原始测序数据的筛查、处理和质量控制1）Illumina MiSeq 平台原始双端测序数据的处理用 FLASH 软件（v1.2.7），对通过质量初筛的双端序列根据重叠碱，根据每个样本所对应的 Index 信息，将连接后的序列识别分配入对得每个样本的有效序列。2）剔除疑问序列及高质量序列统计先运用 QIIME 软件（v1.8.0）识别疑问序列。随后，通过 Qiime 软件SEARCH(v5.2.236)检查并剔除嵌合体序列。、OTU 划分和分类地位鉴定1）OTU 划分

肺癌患者呼吸道菌群结构及代谢组特）咽部菌群结构特征分析数据优化统计 35 例咽拭子样本通过 Illumina 平台进行 Paired-End 测序lap 关系拼接成长 Reads，之后进行质控，得到 Clean Read序列进行测序，测序为 V3-V4 区；通过 Pandaseq 软件利到的成对 Reads 拼接成一条序列，得到高变区的长 Reads本得到 Clean Reads 为 2087041 条，平均 59630 条/例bP,平均 25120606bP/例（表 1-2-1）。平均读长为 421,约 40bP 之间（图 1-2-1）。

【参考文献】：
期刊论文
[1]流感病毒感染对小鼠肠道菌群的影响及桑叶的调节作用[J]. 刘骏,王辉,孙经梦,邹宇晓.  中国微生态学杂志. 2013(09)
[2]革兰阳性菌肽聚糖对人嗜碱性粒细胞中TLR3、TLR9 mRNA的上调作用[J]. 侯一峰,何韶衡.  汕头大学医学院学报. 2005(02)



本文编号：3324336