基于泛基因组水平的痤疮丙酸杆菌的致病性和红霉素耐药性研究

发布时间：2021-11-21 22:25

　　目的:痤疮丙酸杆菌（C.acnes）是人体皮肤表面的主要共生菌,具有维持皮肤稳态和调节皮肤免疫系统的作用,同时,该菌被认为是寻常痤疮的主要致病菌,且该菌的异位定植可引发严重疾病。C.acnes存在多亚型菌株共生的问题,对于研究不同亚型致病性造成困难。目前,C.acnes基因组水平的研究在国内仍属空白。本研究采取从单个样本中分离多株C.acnes菌株的方法,用于解决多亚型共生的问题,并首次对中国人群来源的多株C.acnes菌株进行全基因组测序、组装和注释,获得了中国人群来源C.acnes的全基因组信息。通过泛基因组学等生物信息学分析方法,解析我国人群来源的C.acnes菌株的进化关系和基因组特点,并探讨中国人群来源的C.acnes的致病性、耐药性和基因型之间的关系,旨在为维护我国人群的皮肤健康以及C.acnes引发疾病的防治提供理论依据。方法:从每个痤疮病人和健康志愿者面部擦拭样本的厌氧培养物中,分离2-6株C.acnes菌株;对分离得到的菌株进行全基因组测序;使用FastQC和NGS QC Toolkit对测序数据进行质量控制;使用SOAPdenovo、velvet和spades完成C... 

【文章来源】：中国医科大学辽宁省

【文章页数】：92 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

棉拭子细菌培养图

图 2 单菌落划线分离图 A-F 为本研究中的部分 C. acnes 菌株的单菌落划线培养图，分离 C. acnes 采用血琼脂平板划线法，每个平板均划线三个区域。3.2 测序数据的质控、拼接、注释、评价3.2.1 测序数据质量评估通过 fastQC 对测序结果进行可视化作图，评估测序质量。测序数据经过解压后总数据量 11.5G，平均质量 30，测序质量良好（图 3，图 4）。单碱基质量图中红线表示该位置碱基测序质量的平均值，通常认为该值大于 2即可用于后续的基因组拼接。

测序原始数据单碱基质量分布

【参考文献】：
期刊论文
[1]伍德灯在皮肤科的应用[J]. 邹觉,顾恒,邵长庚.  国外医学.皮肤性病学分册. 2001(01)



本文编号：3510365