汉族人群与欧美人群银屑病易感基因的遗传异质性研究

发布时间：2017-05-15 20:06

  本文关键词：汉族人群与欧美人群银屑病易感基因的遗传异质性研究，，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：研究背景:银屑病(Psoriais,Ps)是一种常见的慢性炎症性皮肤病,影响世界人口的0.1%~5%,因种族不同患病率差异很大,在我国银屑病有逐年增多的趋势。银屑病使患者的身心遭受极大的摧残,严重影响患者的生活质量。银屑病是一种复染疾病,有公认的遗传基础。全基因组连锁分析已经鉴定出12个不同的染色体基因座与银屑病相关,其中,PSORS1占高达50%的银屑病遗传易感性。然而,银屑病不同于孟德尔疾病,难以通过连锁分析来鉴别这种复杂疾病的全部易感基因。随着国际人类基因组单体型图计划(Hap Map Project)的完成和高通量基因分型技术的发展和成熟,全基因组关联研究(GWAS)迅速在全球范围内展开。这使我们有可能采用病例和对照来进行全基因组关联研究。到目前,已经有多个研究团队在多个种族的人群中进行了银屑病GWASs,包括我们团队的汉族人银屑病GWASs,发现了40多个新的银屑病易感位点,有力地推动了银屑病遗传学的发展。然而,既往报道的银屑病GWASs多针对欧美人群,除本团队外,鲜有大样本的汉族人银屑病GWASs。我们知道,欧美人群和汉族人群在遗传结构上存在较大差异,那么,这些欧美人群的银屑病易感位点是否也是汉族人群的银屑病易感位点?这些银屑病易感位点在两个人群存在怎样的异质性?对于这些,目前尚没有一个较全面的研究。而它们的最终解决,对推动汉族人银屑病易感基因的功能学研究,全面揭示银屑病的发病机制,进而为药物研发、疾病预防、诊断和个体化治疗是有帮助的。我们具有汉族人群样本资源和遗传研究方面的技术优势,这使我们能够顺利完成这个实验。目的:收集汉族人银屑病样本和健康对照样本;通过病例-对照研究,确定欧美人群的银屑病易感位点与汉族人银屑病的关系;通过对这些位点进行异质性分析,阐述这些位点在汉族人群和欧美人群之间的遗传异质性。方法:收集样本;检索文献,查找既往报道的欧美人银屑病易感位点,纳入与这些位点相关的数据以用于不同位点的遗传异质性分析。采用外显子芯片(illumina Human Exome Bead Chip)方法,获取芯片覆盖到的SNPs的基因分型数据。运用Sequenom Mass ARRAY技术(Sequenom平台),获取芯片未覆盖到的SNPs的基因分型数据。使用Plink 1.07软件包进行统计学分析,计算各个SNP的等位基因在病例-对照间的差异性P值。应用Bonferroni校正法对检验水准进行校整。采用Stata软件对各个SNP位点在汉族人群和欧美人群的异质性进行分析。结果:1.共纳入汉族人样本22,860份,病例和对照的年龄以及生活地域都经过严格匹配;通过文献筛选,纳入32个欧美人银屑病易感位点(SNPs)。2.外显子芯片实验(11,610病例vs.11,250对照),得到11个SNPs的基因分型数据,经过质量控制和统计学分析,6个SNPs(位于4个基因区域)达到全基因组关联研究水平(P5×10-08),即IFNLR1(rs4649203,P=2.55×10-08,OR=0.86(95%CI=0.82~0.91))、LCE3D-LCE3E(rs4112788,2.97×10-27,0.76(0.72~0.80))、IL12B(rs2082412,1.38×10-14,0.82(0.78~0.86);rs2546890,6.56×10-14,1.21(1.15~1.27);rs6887695,7.02×10-14,0.82(0.78~0.87))、HLA-B(rs3134792,3.99×10-26,0.54(0.49~0.61))。其余5个SNPs,即B3GNT2(rs10865331)、REL(rs702873)、ERAP1(rs27044)、RPL3P2(rs12191877)和WASF5P(rs10484554)未能达到全基因组关联研究水平(P5×10-08)。3.Sequenom基因分型实验(8,110病例vs.8,373对照),获得21个SNPs的基因分型数据,经过质量控制后去除rs6677595(位于LCE3B-LCE3A)和rs963986(位于PTRF),9个SNPs(8个基因区域)达到验证实验的显著水平(P2.38×10-03),即IFNLR1(rs7552167,6.14×10-13,0.83(0.79~0.87))、RUNX3(rs7536201,2.91×10-07,0.88(0.84~0.92))、IL13(rs1295685,3.46×10-05,0.90(0.86~0.95))、TNIP1(rs2233278,5.86×10-23,1.46(1.36~1.58))、IL12B(rs3212227,6.457×10-19,0.82(0.79~0.86))、EXOC2(rs9504361,1.40×10-06,0.88(0.84~0.93))、POLI(rs545979,1.41×10-03,1.21(1.08~1.37))、SPATA2-RNF114(rs495337,4.65×10-04,0.92(0.88~0.97);rs1056198,1.32×10-03,0.93(0.89~0.97))。另外,10个位点包括IL23R(rs9988642)、1p36.23(rs11121129)、2p16.1(rs62149416)、TRAF3IP2(rs13210247)、TNFAIP3(rs582757)、TAGAP(rs2451258)、9q31.2(rs10979182)、ZC3H12C(rs4561177)、ETS1(rs3802826)和NOS2(rs28998802)在汉族人群病例-对照研究中没有达到显著水平(P≥2.38×10-03)。4.遗传异质性分析揭示4个与汉族人银屑病相关的基因/位点IFNLR1(rs7552167)、RUNX3(rs7536201)、EXOC2(rs9504361)、POLI(rs545979)没有显著的人群异质性(I2≤50%,H1.2);5个与汉族人银屑病相关的基因/位点IFNLR1(rs4649203)、IL13(rs1295685)、TNIP1(rs2233278)、IL12B(rs2082412、rs6887695、rs3212227)、SPATA2-RNF114(rs495337、rs1056198)受人群异质性影响明显(I250%,H1.5)。有趣的是,基因IL12B的一个等位基因rs2546890-A对欧美人群是一种保护因素(OR=0.65,P=1.29×10-20),而对汉族人群却是一种危险因素(OR=1.21,P=6.56×10-14)。另外,14个基因/位点IL23R(rs9988642)、TAGAP(rs2451258)、NOS2(rs28998802)、1p36.23(rs11121129)、B3GNT2(rs10865331)、REL(rs702873)、2p16.1(rs62149416)、RPL3P2(rs12191877)、WASF5P(rs10484554)、TRAF3IP2(rs13210247)、TNFAIP3(rs582757)、9q31.2(rs10979182)、ZC3H12C(rs4561177)、ETS1(rs3802826)与汉族人银屑病无明显相关,然而,这些位点存在人群异质性,需要多中心大样本研究进一步验证。结论:本研究证实既往报道的15个SNPs与汉族人银屑病明显相关,其分别位于10个基因区域,即IFNLR1、LCE3D-LCE3E、HLA-B、RUNX3、IL13、TNIP1、IL12B、EXOC2、POLI和SPATA2-RNF114。遗传异质性研究揭示,虽然这8个基因(IFNLR1、RUNX3、EXOC2、POLI、IL13、TNIP1、IL12B、SPATA2-RNF114)区域的13个SNPs与汉族人群和欧美人群银屑病都相关,但是它们在两个人群之间存在不同程度的遗传异质性。另外,我们发现基因IL12B的一个等位基因rs2546890-A对欧美人群是一种保护因素,而对汉族人群是一种危险因素。除此之外,我们的研究发现14个基因/位点(IL23R、TAGAP、NOS2、1p36.23、B3GNT2、REL、2p16.1、RPL3P2、WASF5P、TRAF3IP2、TNFAIP3、RPL31P43、ZC3H12C、ETS1)与汉族人群银屑病没有明显的相关性,这些基因/位点存在人群异质性,仍待多中心大样本研究去证实,这给后续研究提供了机遇和挑战。
【关键词】：银屑病 遗传异质性 全基因组关联分析
【学位授予单位】：安徽医科大学
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R758.63
【目录】：

• 英文缩略表6-8
• 中文摘要8-12
• 英文摘要12-17
• 1 引言17-22
• 2 材料与方法22-52
• 2.1 研究对象22
• 2.2 调查表设计22-23
• 2.3 资料的质量控制23
• 2.4 实验试剂和耗材23-26
• 2.4.1 DNA萃取试剂和耗材23-24
• 2.4.2 电泳试剂和耗材24
• 2.4.3 DNA溶液浓度标准化试剂和耗材24
• 2.4.4 Sequenom平台试剂和耗材24-25
• 2.4.5 外显子芯片检测试剂和耗材25-26
• 2.5 实验仪器26-28
• 2.5.1 DNA 萃取仪器26-27
• 2.5.2 电泳器材27
• 2.5.3 DNA浓度检测器材27
• 2.5.4 基因分型器材27-28
• 2.6 实验方法28-47
• 2.6.1 样本收集28
• 2.6.2 DNA萃取28-29
• 2.6.3 DNA电泳29-31
• 2.6.4 DNA浓度标准化31-32
• 2.6.5 外显子芯片实验32-38
• 2.6.6 Sequenom基因分型实验38-46
• 2.6.7 统计分析46-47
• 2.7 数据库及链接47-49
• 2.8 统计学方法49-52
• 2.8.1 Plink软件绍49-50
• 2.8.2 数据的吻合度检验50
• 2.8.3 效能（Power）计算50-51
• 2.8.4 异质性分析51-52
• 3 结果52-67
• 3.1 研究对象的基本特征52-58
• 3.1.1 外显子芯片实验52-53
• 3.1.2 Sequenom平台验证实验53-58
• 3.2 验证结果58-60
• 3.2.1 外显子芯片实验结果58
• 3.2.2 Sequnom平台验证实验结果58-59
• 3.2.3 同一位点的连锁情况59-60
• 3.3 银屑病易感位点的遗传异质性分析60-61
• 3.3.1 趋势分析（++或-+）60
• 3.3.2 研究间的异质性分析(I2和H指标)60-61
• 3.4 人群特有基因/位点61-67
• 4 讨论67-83
• 5 结论83-85
• 6 参考文献85-98
• 附录98-100
• 致谢100-102
• 综述102-117
• 参考文献109-117

【共引文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 赵倩;孙悦;石玉;魏波;邹美香;孙铁民;李yN亮;;磷酸二酯酶-4抑制剂阿普司特[J];现代药物与临床;2014年04期

2 楼莹;王绪国;胡晋红;;同时治疗银屑病及银屑病型关节炎的生物及小分子药物研究进展[J];第二军医大学学报;2015年05期

3 陈维文;周冬梅;王萍;孙丽蕴;白彦萍;黄尧洲;史飞;贾力;涂平;张广中;张苍;邓丙戌;王莒生;;“辨血为主,从血论治”规范化方药辨证治疗寻常型银屑病研究[J];中华中医药杂志;2015年10期

4 吴玮;范瑞强;晏卉;伍慧媚;姚丹霓;;利用MALDI-TOF-MS技术初步探讨不同中医证型的银屑病外周血T淋巴细胞膜蛋白[J];皮肤性病诊疗学杂志;2014年05期

5 Maddalena Zippi;Roberta Pica;Daniela De Nitto;Paolo Paoluzi;;Biological therapy for dermatological manifestations of inflammatory bowel disease[J];World Journal of Clinical Cases;2013年02期

6 邓晓红;蒋苹;吴卫红;骆云霄;;81例住院银屑病患者伴发疾病的临床分析[J];中国麻风皮肤病杂志;2014年09期

7 杨婧;黄振明;李润祥;朱慧兰;;反向性银屑病1例[J];中国麻风皮肤病杂志;2013年04期

8 段继惠;穆红;唐志琴;张国s

本文编号：368714