肠道病毒71型分子流行动态和手足口病流行病学研究
发布时间：2022-10-19 11:33
手足口病（Hand,foot,and mouth disease,HFMD）是一种常见于5岁以下婴幼儿和儿童的急性传染性疾病,少数患儿并发病毒性脑炎、脑干脑炎、肺水肿、急性弛缓性麻痹等重症甚至死亡。过去的二十年里,HFMD在世界范围内,特别是亚太平洋地区频频暴发,已成为亚太地区重要公共卫生问题之一。二十余种肠道病毒（Enterovirus,EV）可引起HFMD,其中EV-A组的EV-A71、CV-A16、CV-A6、CV-A10等为引起暴发和流行的主要病原。EV-A71感染易导致重症和死亡,为HFMD疫苗研发的首个目标。单价EV-A71灭活疫苗于2015年12月在我国大陆获批,并逐渐推广应用。本研究的第一部分内容为基于Genbank中收录的世界范围历年EV-A71序列建立数据库,应用基于聚类的贝叶斯方法、系统地理发生学方法和群体动态分析方法,对世界和我国大陆地区EV-A71的演化和时空动态进行分析。结果发现欧洲为历史上世界EV-A71流行的核心输出地,显著输出路径迁移率总和为5.89transition/年,东亚对EV-A71的流行和演化起到枢纽作用;而我国大陆地区核心输出地为华东地区...
【文章页数】：176 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
附件
缩略词表
摘要
Abstract
第一章 肠道病毒71型分子流行动态研究
1.前言
1.1 EV-A71结构和功能位点
1.1.1 EV-A71结构概述
1.1.2 EV-A71中和表位
1.1.3 EV-A71毒力位点
1.1.4 EV-A71抗原位点
1.1.5 2A蛋白
1.2 群体动态推断
1.3 系统地理发生学
1.4 适应性进化及选择压力分析
1.5 本研究目的和意义
2.材料和方法
2.1 分析材料
2.1.1 EV-A71序列的获取和筛选
2.1.2 分析设备
2.1.3 主要分析软件
2.2 分析方法
2.2.1 核苷酸序列替换饱和检验
2.2.2 构建系统发育树
2.2.3 贝叶斯进化起源分析
2.2.4 系统地理发生学分析
2.2.5 群体动态推断
2.2.6 基因选择压力和位点差异分析
2.2.7 重组分析
3.结果
3.1 数据筛选结果
3.2 系统发育结果
3.2.1 世界范围EV-A71系统发育树
3.2.2 世界范围EV-A71的传播和演化
3.2.3 我国大陆EV-A71的传播和演化
3.3 群体动态结果
3.3.1 EV-A71历史动态
3.3.2 2015 年后流行的基因亚型的历史动态
3.4 选择压力分析和关键位点变异结果
3.4.1 2015 年后流行株各基因选择压力分析
3.4.2 2A-102位点分析
3.4.3 2015 年后流行株关键位点变异情况
3.5 重组分析结果
4.讨论
5.小结
第二章 EV-A71 疫苗应用后HFMD流行病学研究
1 前言
1.1 我国大陆HFMD流行病学研究现状
1.1.1 病原构成特征
1.1.2 分子流行病学特征
1.1.3 血清流行病学进展
1.2 疫苗研发策略
1.3 本研究的目的和意义
1.4 技术路线
2 材料和方法
2.1 实验材料
2.1.1 样本来源
2.1.2 细胞和毒株
2.1.3 试剂和耗材
2.1.4 仪器设备
2.1.5 主要试剂配制
2.2 方法
2.2.1.HFMD病例标本核酸检测
2.2.2.血清学检测
3 结果
3.1 HFMD病原谱
3.1.1 HFMD病原谱
3.2 2018 ~2019年广东和江苏HFMD主要病原的分子流行病学
3.2.1 EV-A71分子流行病学
3.2.2 CV-A16分子流行病学
3.2.3 CV-A6分子流行病学
3.2.4 CV-A10分子流行病学
3.3 EV血清流行病学调查结果
3.3.1 血清流调样本分布情况
3.3.2 HFMD主要病原中和抗体阳性率和GMT
3.3.3 中和抗体阳性率和GMT的月龄分布特征
3.3.4 阳春7种病原中和抗体检测结果
3.3.5 抗体水平高低分布情况
3.3.6 多种EV感染
3.4 EV-A71疫苗免疫原性和交叉中和
4 讨论
5 小结
第三章 总结与展望
1 总结
2 下一步计划
3 创新点
4 展望
参考文献
综述
参考文献
在读期间论文发表情况
附录
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]2017～2018年福建省0～5岁儿童出生队列肠道病毒71型疫苗接种率分析[J]. 潘伟毅,赵志远,陈俊磊. 中国生物制品学杂志. 2020(03)
[2]2017～2018年河北省重症手足口病的主要致病病原体为柯萨奇病毒A组6型[J]. 肖金波,于秋丽,张勇,宋洋,张曼,路环环,韩振志,刘莹莹,冀天娇,严冬梅,祝双利,许文波,李琦. 病毒学报. 2020(02)
[3]National Epidemiology and Evolutionary History of Four Hand, Foot and Mouth Disease-Related Enteroviruses in China from 2008 to 2016[J]. Xuemin Fu,Zhenzhou Wan,Yanpeng Li,Yihong Hu,Xia Jin,Chiyu Zhang. Virologica Sinica. 2020(01)
[4]多价手足口病疫苗：现实与梦想[J]. 卞莲莲,刘思远,姜崴,毛群颖,高帆,杨晓明,梁争论. 中国生物制品学杂志. 2020(01)
[5]无锡市手足口病流行特征和病原学分析[J]. 魏崇崇,施超,葛桂芝. 预防医学. 2019(11)
[6]济南市2012～2017年手足口病肠道病毒谱变化及流行特征[J]. 关恒云,王春荣,刘岚铮,杨国樑,赵怀龙,孙洁,成洪旗. 山东大学学报(医学版). 2019(11)
[7]2014-2018年陕西榆林地区手足口病流行病学特征及病原学分析[J]. 亢相逢,高涛. 陕西医学杂志. 2019(10)
[8]2009-2018年绵竹市手足口病流行病学特征分析[J]. 段丽华,鲜洪,杨九洲,韦连玉. 职业卫生与病伤. 2019(04)
[9]肠道病毒71型灭活疫苗（Vero细胞）的研制策略[J]. 李秀玲,鲁卫卫,张中洋,郝春生,郭会杰,张云涛,沈心亮. 中国病毒病杂志. 2018(06)
[10]我国婴幼儿人群中6种肠道病毒血清流行病学研究[J]. 高帆,胡亚林,孙世洋,付莹,卞莲莲,苏瑶,吴星,朱凤才,毛群颖,梁争论. 中国病毒病杂志. 2018(06)
本文编号：3693290
【文章页数】：176 页
【学位级别】：博士
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摘要
Abstract
第一章 肠道病毒71型分子流行动态研究
1.前言
1.1 EV-A71结构和功能位点
1.1.1 EV-A71结构概述
1.1.2 EV-A71中和表位
1.1.3 EV-A71毒力位点
1.1.4 EV-A71抗原位点
1.1.5 2A蛋白
1.2 群体动态推断
1.3 系统地理发生学
1.4 适应性进化及选择压力分析
1.5 本研究目的和意义
2.材料和方法
2.1 分析材料
2.1.1 EV-A71序列的获取和筛选
2.1.2 分析设备
2.1.3 主要分析软件
2.2 分析方法
2.2.1 核苷酸序列替换饱和检验
2.2.2 构建系统发育树
2.2.3 贝叶斯进化起源分析
2.2.4 系统地理发生学分析
2.2.5 群体动态推断
2.2.6 基因选择压力和位点差异分析
2.2.7 重组分析
3.结果
3.1 数据筛选结果
3.2 系统发育结果
3.2.1 世界范围EV-A71系统发育树
3.2.2 世界范围EV-A71的传播和演化
3.2.3 我国大陆EV-A71的传播和演化
3.3 群体动态结果
3.3.1 EV-A71历史动态
3.3.2 2015 年后流行的基因亚型的历史动态
3.4 选择压力分析和关键位点变异结果
3.4.1 2015 年后流行株各基因选择压力分析
3.4.2 2A-102位点分析
3.4.3 2015 年后流行株关键位点变异情况
3.5 重组分析结果
4.讨论
5.小结
第二章 EV-A71 疫苗应用后HFMD流行病学研究
1 前言
1.1 我国大陆HFMD流行病学研究现状
1.1.1 病原构成特征
1.1.2 分子流行病学特征
1.1.3 血清流行病学进展
1.2 疫苗研发策略
1.3 本研究的目的和意义
1.4 技术路线
2 材料和方法
2.1 实验材料
2.1.1 样本来源
2.1.2 细胞和毒株
2.1.3 试剂和耗材
2.1.4 仪器设备
2.1.5 主要试剂配制
2.2 方法
2.2.1.HFMD病例标本核酸检测
2.2.2.血清学检测
3 结果
3.1 HFMD病原谱
3.1.1 HFMD病原谱
3.2 2018 ~2019年广东和江苏HFMD主要病原的分子流行病学
3.2.1 EV-A71分子流行病学
3.2.2 CV-A16分子流行病学
3.2.3 CV-A6分子流行病学
3.2.4 CV-A10分子流行病学
3.3 EV血清流行病学调查结果
3.3.1 血清流调样本分布情况
3.3.2 HFMD主要病原中和抗体阳性率和GMT
3.3.3 中和抗体阳性率和GMT的月龄分布特征
3.3.4 阳春7种病原中和抗体检测结果
3.3.5 抗体水平高低分布情况
3.3.6 多种EV感染
3.4 EV-A71疫苗免疫原性和交叉中和
4 讨论
5 小结
第三章 总结与展望
1 总结
2 下一步计划
3 创新点
4 展望
参考文献
综述
参考文献
在读期间论文发表情况
附录
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]2017～2018年福建省0～5岁儿童出生队列肠道病毒71型疫苗接种率分析[J]. 潘伟毅,赵志远,陈俊磊. 中国生物制品学杂志. 2020(03)
[2]2017～2018年河北省重症手足口病的主要致病病原体为柯萨奇病毒A组6型[J]. 肖金波,于秋丽,张勇,宋洋,张曼,路环环,韩振志,刘莹莹,冀天娇,严冬梅,祝双利,许文波,李琦. 病毒学报. 2020(02)
[3]National Epidemiology and Evolutionary History of Four Hand, Foot and Mouth Disease-Related Enteroviruses in China from 2008 to 2016[J]. Xuemin Fu,Zhenzhou Wan,Yanpeng Li,Yihong Hu,Xia Jin,Chiyu Zhang. Virologica Sinica. 2020(01)
[4]多价手足口病疫苗：现实与梦想[J]. 卞莲莲,刘思远,姜崴,毛群颖,高帆,杨晓明,梁争论. 中国生物制品学杂志. 2020(01)
[5]无锡市手足口病流行特征和病原学分析[J]. 魏崇崇,施超,葛桂芝. 预防医学. 2019(11)
[6]济南市2012～2017年手足口病肠道病毒谱变化及流行特征[J]. 关恒云,王春荣,刘岚铮,杨国樑,赵怀龙,孙洁,成洪旗. 山东大学学报(医学版). 2019(11)
[7]2014-2018年陕西榆林地区手足口病流行病学特征及病原学分析[J]. 亢相逢,高涛. 陕西医学杂志. 2019(10)
[8]2009-2018年绵竹市手足口病流行病学特征分析[J]. 段丽华,鲜洪,杨九洲,韦连玉. 职业卫生与病伤. 2019(04)
[9]肠道病毒71型灭活疫苗（Vero细胞）的研制策略[J]. 李秀玲,鲁卫卫,张中洋,郝春生,郭会杰,张云涛,沈心亮. 中国病毒病杂志. 2018(06)
[10]我国婴幼儿人群中6种肠道病毒血清流行病学研究[J]. 高帆,胡亚林,孙世洋,付莹,卞莲莲,苏瑶,吴星,朱凤才,毛群颖,梁争论. 中国病毒病杂志. 2018(06)
本文编号：3693290
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