第一部分：应用液体活检分析晚期食管癌免疫治疗反应和潜在生物标志物 第二部分：通过单细胞转录组测序揭示慢性粒细胞白血病在靶

发布时间：2023-02-05 16:25

　　研究背景和目的:食管癌是预后较差的癌症,由于侵袭性进展和治疗耐药性,需要临床监测和及时改进治疗方案。我们的前期研究中发现检测食管癌组织的肿瘤突变负荷（TMB）有助于预测抗PD1治疗疗效。但这类患者多为晚期,较难获得组织标本。基于循环肿瘤DNA（ctDNA）的无创活检对多种肿瘤的分子诊断、监测疗效及预测复发都显示出较好效果。在肺癌等肿瘤中,基于血ctDNA的TMB（bTMB）对预测免疫治疗疗效也显示出较好效果。但迄今为止,食管癌ctDNA研究和应用均较少。本研究旨在基于ctDNA无创活检对食管癌抗PD-1抗体治疗进行bTMB评估、预后预测及疗效监测。方法:1.应用己建立的ctDNA检测新方法（MutationCapsule）,可以对同一份ctDNA标本进行多基因大panel检测和若干热点突变的高特异性检测。基于此技术,我们使用覆盖1280个基因热点突变的大panel评估食管癌外周血ctDNA的bTMB,并以组织TMB（tTMB）为参照,验证bTMB作为食管癌免疫治疗生物标志物的可行性;2.对食管癌患者进行HLA I类基因分型,评估HLA杂合性与食管癌免疫治疗疗效和预后是否相关;3.监测c... 

【文章页数】：139 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
第一部分: 应用液体活检分析晚期食管癌免疫治疗反应和潜在生物标志物
    英文缩略词
    摘要
    ABSTRACT
    前言
    实验材料
        1. 研究对象
        2. 主要试剂盒和试剂
        3. 主要耗材和仪器设备
        4. 所用引物
    实验方法
        1. 实验流程示意图
        2. 食管癌样本收集及临床信息采集
        3. 组织DNA提取
        4. 外周血白细胞DNA提取
        5. 血浆cfDNA提取
        6. 肿瘤组织及血白细胞基因组DNA片段化
        7. 第二代高通量测序DNA文库构建
        8. 探针杂交富集及全外显子测序
        9. 血浆MC文库构建
        10. 血浆Raceseq文库构建
        11. 血浆1280panel文库杂交捕获
        12. 全外显子生物信息分析
        13. Raceseq生物信息分析
        14. 1280 panel捕获生物信息分析
        15. 突变相关新抗原肽分析
        16. HLA Ⅰ类基因分型分析
        17. 统计学分析
    实验结果
        1. 33例食管癌临床资料信息
        2. 食管癌全外显子测序数据质控
        3. 食管癌1280panel捕获数据质控
        4. 食管癌Raceseq测序数据质控
        5. 食管癌组织和血浆肿瘤突变负荷的评估
        6. 食管癌患者组织肿瘤突变负荷和血浆肿瘤突变负荷的相关性
        7. 血浆肿瘤突变负荷(bTMB)与食管癌抗PD-1治疗疗效
        8. 食管癌TMB与其他表型的关系
        9. 食管癌TMB和MANA对无进展生存期(PFS)的预测
        10. 食管癌HLA Ⅰ类基因分型对免疫治疗疗效及PFS的预测
        11. 食管癌肿瘤组织和血浆突变负荷的一致性
        12. 食管癌的疗效监测
        13. 食管癌抗PD-1抗体免疫治疗后复发后突变基因变化
    讨论
    小结
    参考文献
第二部分: 通过单细胞转录组测序揭示慢性粒细胞白血病在靶向治疗过程中的分子改变
    英文缩略词
    摘要
    ABSTRACT
    前言
    实验材料
        1. 研究对象
        2. 主要试剂
        3. 主要耗材和设备
    实验方法
        1. 实验流程示意图
        2. 样本收集及临床信息采集
        3. 外周血单核细胞(PBMC)单细胞悬液制备
        4. 细胞复苏及细胞活性测定
        5. 10X Genomics平台分选单细胞、转录组文库构建及单细胞测序
        6. 数据分析
    实验结果
        1. 4例CML患者临床资料信息
        2. 白血病细胞表现出红细胞分化的特征
        3. 与伊马替尼治疗抗性相关的祖细胞亚群的存在
        4. CML外周血的微环境及伊马替尼治疗后对免疫细胞结构的影响
    讨论
    小结
    参考文献
附录
综述
    参考文献
致谢
基金资助
发表论文



本文编号：3735298