汉族人群原发性胆汁性胆管炎的全基因组关联研究

发布时间：2024-03-09 03:46

　　目的明确汉族人群原发性胆汁性胆管炎(PBC)的易感基因,比较汉族人群与其他种群间PBC易感基因的异同点,了解PBC发病的分子遗传机制。方法采用Human Omni Zhong Hua-8 beadchip基因芯片对汉族人群1127例PBC患者和4074例对照者进行全基因组关联研究(GWAS),采用Sequenom Mass Array平台对验证阶段的907例PBC患者和2127例对照者进行基因分型,最终的合并分析包括2029例PBC患者和6163例对照者。采用Leica全自动免疫组化系统对PBC患者的肝活检组织切片进行IL21/IL21R免疫组化分析。结果在初筛阶段,在HLA区域和8个非HLA区域的CD58、STAT4、CD28-CTLA4-ICOS、CD80、TNSF15、CXCR5、IL-21R、ARID3A分别有179个和39个SNP的P值达到GWAS显著性水平,从中选择HLA区域的2个SNP和24个非HLA位点的32个SNP进行验证分析,验证分析结果证实位于HLA区域的HLA-DRA基因的变异位点rs9268644与PBC的相关性最为显著,位于非HLA区域的TNFSF15、17...

【文章页数】：129 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

图3-1本研究PBC患者和对照人群的地理分布

研究对象均来自中国东部地区,民族自称为汉族(见图3-1)。依据我们的对照者和PBC患者入选标准和研究阶段质量控制标准(见2.8.1和2.8.2),共纳入6163例对照者,其中男性2880例,女性3283例,男女对照者比例接近1:1;共纳入2029例PBC患者,其中男性290例,女....

图3-2部分样本基因组DNA凝胶电泳检测图

对利用高盐法所提取的所有基因组DNA在Nanodrop紫外分光光度计进行纯度检测,OD260/280比值为1.8-2.0。基因组DNA经0.8%的琼脂糖凝胶电泳检测,图3-2展示部分样本的结果,显示合格样本均为单一的大片段。3.初筛阶段样本质量和SNP分型数据分析结果

图3-3PBC患者和对照者PCA分析

本研究是首次利用汉族人群的GWAS研究数据,在全基因组范围内搜寻汉族人群PBC易感基因/位点。结果显示,在HLA区域有179个SNP及在8个非HLA区域(CD58、STAT4、CD28-CTLA4-ICOS、CD80、TNSF15、CXCR5、IL-21R、ARID3A)有39个....

图3-4汉族人群PBC全基因组关联分析统计的Q-Q分析图

图3-3PBC患者和对照者PCA分析图3-5汉族人群GWAS研究曼哈顿图

本文编号：3922850