南海鱼类凭证标本采集及DNA条形码库构建与应用

发布时间：2018-11-04 14:36

【摘要】：南海是位于中国南部的陆缘海,西太平洋的一部分,属于印度—西太平洋海洋生物地理区系,是世界上海洋生物种质资源最为丰富的区域之一。南海蕴藏着丰富的鱼类资源,是生产供应优质动物蛋白,建设蓝色粮仓的重要区域。已有的研究调查统计显示南海鱼类有3000多种,其隶属于3个纲、35个目、236个科和822属[1-3]。鱼类的种类鉴别需要丰富的专业知识和经验,特别是形态相似的近缘种,更是从形态上难以区分。近年来发展起来的DNA条形码技术为鱼类物种鉴别提供了一种快速有效的方法,而建立完善的DNA条形码数据库是利用DNA条形码技术进行鱼类、鱼卵和仔稚鱼鉴定的基础。因此,在国家基础性工作专项的支持下,本研究开展了南海鱼类凭证标本的收集保存和DNA条形码数据库构建工作,并利用建立的DNA条形码技术开展了鱼卵种类鉴别研究,取得的主要结果如下:1.南海鱼类凭证标本收集保存和DNA条形码数据库构建。采集和保存了 518个样品,通过形态鉴定隶属于26目,91科,152属,219种。将518个样品分别提取基因组DNA,利用鱼类线粒体COI基因通用引物,扩增样品的线粒体COI基因,并进行测序分析,其中419个样品获得了有效的COI序列信息,经与BOLD数据库比对分析,其中407个样品COI条形码信息在在BOLD数据库中有相应条形码序列,分别属于19目,73科,123属,164种,每个鱼类物种包含1～8个个体数,平均每个物种有2.48个个体,包含2个及2个以上个体的有93种;其余12个样品隶属于5个种,在BOLD数据库中没有相应的条形码序列。利用419个样品COI序列进行聚类分析,结果表明未出现碱基的插入和缺失,419条序列的平均碱基组成分别为T:29.7%,C:28.3%,A:23.3%和G:18.3%,其中A+T平均含量(53.0%)明显高于G+C平均含量(46.6%),表现出AT碱基偏倚性。密码子第三位点GC含量最高(48.5%),第一位点次之(46.5%),第二位点最低(43.8%)。三个密码子A+T含量的差异不大,第一密码子位点的A+T平均含量最大为53.4%。利用MEGA5.0软件的K2P模型计算遗传距离,种内遗传距离与种间遗传距离的变化范围分别为0.0000-0.0208 (平均值 0.0027)和 0.0012-0.4812 (平均值 0.2298),种间遗传距离为种内距离的85倍,土佐湾楔花洦，

本文编号：2310116