中华鳖SNPs的筛选及生长性状的关联分析

发布时间：2018-12-18 04:00

【摘要】：中华鳖(Pelodiscus sinensis)的俗名为甲鱼、水鱼,隶属于龟鳖目(Tesmdinata)鳖科(Trionychidae)鳖属(Trionyx)。鳖类的养殖在本世纪初发展很快,全国年产量从1996年的3.2万吨增长到2015年的34.2万吨。但是随着养殖业的快速发展,养殖技术并没有形成良好规范。中华鳖的养殖业正在面临着种质退化、优良种苗缺乏的困境。提升中华鳖选育工作的针对性和效率成为当务之急。本实验根据中华鳖现有基因组数据,扩增了中华鳖GHRL基因和GHSR基因,测序比对极大极小个体群体筛选SNPs位点,并通过飞行时间质谱法在群体中验证获得9个与生长相关联的SNP位点。此外,本研究还通过简化基因组RAD-seq技术对26只极大极小中华鳖个体进行了分析,获得了大量分子标记。使用manhattan plot做图分析得到2个与生长相关的SNP位点。具体研究内容如下。1.中华鳖GHRL基因SNPs的筛选及生长性状的关联分析。为探究GHRL基因多态性对中华鳖生长相关性状的影响,采用直接测序法在GHRL基因上检测到14个单核苷酸多态性位点C289T、G501T、T738C、G776T、A841G、T885C、T2960C、A2987T、G3390A、A3857C、G4718A、T4820C、A4850C、T4979C。随机选取同批繁殖的120只中华鳖用飞行时间质谱法进行SNPs位点的分型,并分析与生长性状的相关性。检测结果显示,所有SNP位点均符合Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。方差分析结果显示,C289T位点的CT、CC基因型的的5项生长数据均显著高于TT基因型(P0.05)。S2位点的AB基因型的体重、背甲长、背甲宽和裙边宽4项数据均显著高于AA基因型(P0.05)。G3390T位点的AG基因型的背甲长、背甲宽2项数据显著高于AA基因型(P0.05)。G4718A位点的AG基因型的背甲长、背甲宽、裙边宽3项数据显著高于AA基因型(P0.05)。本实验在GHRL基因上获得的这些SNP位点可能影响着中华鳖的生长性状或与之紧密连锁,可为中华鳖分子辅助育种提供助力与参考。2.中华鳖GHSR基因SNPs的筛选及生长性状的关联分析。为探究GHSR基因多态性对中华鳖生长相关性状的影响,随机选取同批繁殖的200只中华鳖采用直接测序法在GHSR基因上筛选SNP位点并用一般线性模型分析与生长性状的关联性。结果显示,检测得到4个单核苷酸多态性位点G106T、A136G、A13482C和A13526T。所有SNP位点均符合Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。A13482C位点的AC基因型的体重、背甲长、背甲宽、体高和裙边宽均显著高于AA基因型。(P0.05)本实验在GHRL基因上获得的这些SNP位点可能影响着中华鳖的生长性状或与之紧密连锁,可为中华鳖分子辅助育种提供助力与参考。3.基于简化基因组测序分析中华鳖生长相关SNPs的筛选为了在全基因组层面筛选生长相关分子标记并探究其与生长的关联性。本实验挑选了15只极大个体(重量大于350g)和11只极小个体(重量小于130g)用RAD-seq技术进行测序,获得了大约6M的片段,5.88M的clean片段。使用比对软件bwa对样本进行对比,变异检测软件GATK进行群体SNP检测,并采用一般线性模型分析SNP位点与生长性状相关性。结果显示,筛查获得SNP位点8623836个,插入突变数目308378,缺失突变数目421403。rs133922和rs260217这两个位点-log10(P)≥7,可能与中华鳖的生长有非常密切的联系,需要在更大的群体中得到进一步的验证。
[Abstract]:......
【学位授予单位】：上海海洋大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2017
【分类号】：S917.4

【参考文献】

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本文编号：2385304