不同地区淡水鱼类肠道菌群分析及鱼类病原菌的拮抗菌筛选

发布时间：2021-12-12 06:55

　　我国以秦岭-淮河一线为中国南北分界线,湖南省长沙市望城区和山东省德州市禹城市分别属于我国南方和北方地区,生态环境和气候差异明显,而淡水鱼类的肠道菌群丰度和结构也可能存在差异。本研究分别从望城区和禹城市选取草鱼（Ctenopharyngodon idella）、鲫鱼（Carassius auratus）和鲤鱼（Cyprinus carpio）提取肠道菌群的基因组,扩增16S rRNA的V4高变区,高通量测序,进行数据分析。结果显示,山东草鱼组与湖南草鱼组的组间差异大于组内差异（R=0.307,P<0.05）,虽然6个组肠道菌群相对丰度不尽一致,但核心菌群为变形菌门（Proteobacteria）、梭杆菌门（Fusobacteria）,拟杆菌门（Bacteroidetes）和厚壁菌门（Firmicutes）,各组在属水平上的优势菌为鲸杆菌属（Cetabacterium）。对各组进行了链霉菌属（Streptomyces）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳杆菌属（Lactobacillus）、双歧杆菌属（Bifidobacterium）、气单胞菌属（Aeromonas）、弧菌属（Vib...

【文章来源】： 湖南师范大学湖南省 211工程院校

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摘要
ABSTRACT
第一章 引言
    1.1 中国常见淡水鱼类的养殖情况
    1.2 鱼类病害防控与健康养殖研究
        1.2.1 鱼类病原体
        1.2.2 病害防治措施
        1.2.3 淡水鱼类健康养殖
    1.3 鱼类肠道菌群研究概况
        1.3.1 鱼类肠道菌群研究
        1.3.2 基于16SrRNA的高通量测序技术
    1.4 链霉菌对水产养殖的潜在效益
    1.5 立题依据及意义
第二章 不同地区的淡水鱼类肠道菌群分析
    2.1 样本采集及处理
    2.2 实验方法
    2.3 结果与分析
        2.3.1 扩增产物电泳图
        2.3.2 样本质量评估及物种多样性分析
        2.3.3 属水平物种进化关系
        2.3.4 肠道微生物组成结构
        2.3.5 LEfSe分析
        2.3.6 四种有益菌和五种有害菌的分析比较
        2.3.7 物种注释
    2.4 讨论
第三章 鱼类病原菌拮抗菌株的筛选
    3.1 试验材料
        3.1.1 试验菌株及试验用鱼
        3.1.2 培养基
        3.1.3 试验仪器及试剂
    3.2 试验方法
        3.2.1 拮抗菌筛选
        3.2.2 菌株16SrRNA基因同源性分析
        3.2.3 拮抗菌的碳源利用情况
        3.2.4 淀粉水解试验
        3.2.5 形态特征观察
        3.2.6 菌株的生长曲线
        3.2.7 发酵上清液对草鱼的安全性
        3.2.8 XA1菌株对草鱼生长性能的影响
        3.2.9 发酵上清液对草鱼的保护效果
    3.3 试验结果
        3.3.1 拮抗菌的初筛
        3.3.2 拮抗菌复筛
        3.3.3 菌种鉴定
        3.3.4 碳源利用情况
        3.3.5 菌株XA1的形态特征
        3.3.6 生长曲线
        3.3.7 菌株XA1对草鱼的影响
    3.4 讨论
第四章 菌株XA1对草鱼的影响及化合物的分离
    4.1 材料和仪器
        4.1.1 试验菌株
        4.1.2 培养基
        4.1.3 主要试验仪器及试剂
    4.2 试验方法
        4.2.1 甲醇粗提物的抑菌效果
        4.2.2 甲醇粗提物的抑菌性能评价
        4.2.3 甲醇粗提物的耐热性
        4.2.4 抑菌活性物质的分离鉴定
    4.3 试验结果
        4.3.1 拮抗菌粗提物的抑菌效果
        4.3.2 粗提物的抑菌性能评价
        4.3.3 抑菌物质的热稳定性
        4.3.4 抑菌活性物质的分离
    4.4 讨论
第五章 结论与展望
    5.1 结论
    5.2 展望
参考文献
缩略词表
论文发表情况
专利发表情况
致谢
受资助的基金项目


【参考文献】：
期刊论文
[1]微生物菌群强化修复有机污染物污染环境:现状与挑战 [J]. 徐希辉,刘晓伟,蒋建东.  南京农业大学学报. 2020(01)
[2]草鱼出血病疫苗的发展历程及市场现状剖析 [J]. 吉华松,张翔,高任,欧阳征亮,陈道印,戴远棠.  江西水产科技. 2019(05)
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博士论文
[1]草鱼蛋白源抗疲劳生物活性肽的制备分离及鉴定技术研究[D]. 任娇艳.华南理工大学. 2008

硕士论文
[1]养殖斑石鲷黑身病的病原病理学及药物干预下肠道菌群结构分析[D]. 许燕.上海海洋大学. 2017
[2]芙蓉鲤鲫饲料适宜蛋白质、脂肪及淀粉含量[D]. 陈林.安徽大学. 2016
[3]三羟基异黄酮保肝解毒的作用及其对UGTs活性调控的研究[D]. 董万领.合肥工业大学. 2012



本文编号：3536210