朱砂根的转录组测序及与三萜皂苷合成相关基因的差异分析

发布时间：2022-02-26 13:59

　　朱砂根（Ardisia crenata sim）为紫金牛科紫金牛属植物,是我国传统的观赏药用植物,无论从观赏价值,药用保健价值还是生态用途以及经济价值都极具开发利用的潜力。药用植物功能基因组学的主要内容就是阐明药用植物生物活性成分的次生代谢过程及其调控的方式,本研究将以目前最新的测序平台（Illumina公司的HiSeq2500测序平台）为基础,利用水杨酸（SA）和茉莉酸甲酯（MJ）处理朱砂根盆栽五年生苗,得到次级代谢产物三萜皂苷含量差异较大的朱砂根,之后对其进行高通量转录组测序,并做功能基因组学方面的研究。从生物信息学的角度,以各个数据库为依托,以各种分析软件为手段,对朱砂根及其与三萜皂苷合成途径相关的基因进行更深入微观的了解,构建的文库信息以及得到的与三萜皂苷合成相关的差异基因,为后续从基因调控和转基因方面使药用成分三萜皂苷含量稳定提高,奠定坚实的基础,于朱砂根及其相近属药用价值的深度开发具有重要的作用。朱砂根转录组测序的研究,得到以下结论：1.通过对2个差异样品M1和S1（经SA和MJ处理后得到的三萜皂苷含量差异较大的两个实验材料）进行测序,共获得12.06Gb Clean Da... 

【文章来源】：四川农业大学四川省211工程院校

【文章页数】：66 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
中文摘要
Abstract
1 前言
    1.1 研究目的与意义
    1.2 文献综述
        1.2.1 朱砂根的研究现状
        1.2.2 次生代谢产物三萜皂苷的研究现状
        1.2.3 转录组测序技术
        1.2.4 生物信息学分析
2 研究材料与方法
    2.1 研究材料
    2.2 技术路线
    2.3 主要仪器与试剂
    2.4 研究方法
        2.4.1 朱砂根材料处理
        2.4.2 高效液相色谱法测朱砂根三萜皂苷含量
        2.4.3 朱砂根总RNA的提取方法
        2.4.4 转录组测序
        2.4.5 生物信息学分析
3 研究结果与分析
    3.1 朱砂根三萜皂苷含量的测定
    3.2 转录组测序结果
        3.2.1 测序数据产出统计与组装统计
        3.2.2 转录组测序文库质量评估
        3.2.3 Unigene功能注释
        3.2.4 基因结构分析
        3.2.5 基因表达量分析
        3.2.6 差异表达分析
        3.2.7 差异表达基因功能注释和富集分析
4 结论与讨论
5 展望
6 参考文献
7 致谢
8 附录


【参考文献】：
期刊论文
[1]高通量测序技术及其在农业科学研究中的应用[J]. 闫绍鹏,杨瑞华,冷淑娇,王秋玉,周容涛.  中国农学通报. 2012(30)
[2]高通量转录组测序的数据分析与基因发掘[J]. 周华,张新,刘腾云,余发新.  江西科学. 2012(05)
[3]比色法测定朱砂根中三萜类成分的含量[J]. 王志平,段姚尧,刘占云,刘岱琳.  武警后勤学院学报(医学版). 2012(03)
[4]植物激素对朱砂根愈伤组织生长的影响[J]. 何雪娇,赖钟雄.  江西农业学报. 2012(01)
[5]朱砂根愈伤组织培养及悬浮细胞系建立[J]. 邓素芳,杨旸,赖钟雄.  热带亚热带植物学报. 2012(01)
[6]朱砂根成年茎段的离体培养研究[J]. 邓素芳,杨旸,赖钟雄.  福建农业学报. 2011(03)
[7]朱砂根化学成分和药理作用研究进展[J]. 张伟,李锟,李东,祁献芳,康文艺.  中国实验方剂学杂志. 2011(11)
[8]培养基类型、碳源对朱砂根愈伤组织生长的影响[J]. 何雪娇,赖钟雄.  福建热作科技. 2010(04)
[9]五环三萜皂苷的合成途径及生物活性研究进展[J]. 廖一帆.  湖北中医学院学报. 2010(03)
[10]生物信息数据库资源及其应用[J]. 张桂荣.  河北科技师范学院学报(社会科学版). 2010(01)

博士论文
[1]基于EST数据库和转录组测序的茶树DNA分子标记开发与应用研究[D]. 王丽鸳.中国农业科学院 2011
[2]申克孢子丝菌酵母相和菌丝相cDNA消减文库的构建及差异表达基因的生物信息学分析[D]. 周汛.重庆医科大学 2010

硕士论文
[1]二化螟神经组织转录组分析与部分神经肽及神经肽受体的基因克隆[D]. 孙方达.浙江大学 2012



本文编号：3644619