基于简化基因组测序的糜子驯化与传播研究

发布时间：2023-05-06 04:03

　　糜子(Panicum miliaceum L.)是世界上最古老的作物之一,被广泛种植于亚洲、欧洲和美洲的半干旱地区,野糜子(Panicum ruderale(Kitag.)Chang comb.Nov.或Panicum miliaceum subsp.ruderale(Kitag)Tzvel)是栽培糜子的一种伴生杂草,同样分布于糜子各栽培区。本研究利用简化基因组测序(Reduced representation genome sequencing,RRGS)中的特异性位点扩增片段测序(Specific locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)技术开发了大量的单核苷酸多态性(SNP)位点,对遍布欧亚大陆的栽培糜子和中国的野糜子进行群体遗传分析,从而揭示野糜子和栽培糜子之间的遗传关系,探讨栽培糜子的驯化与传播问题。本研究的主要内容和结果如下:(1)Admixture分析结果表明:当k=5时,所有的野糜子和栽培糜子被归于Group I、Group II-A、Group II-B、Group III-A、Group III-B,其中Group ...

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第1章 前言
    1.1 作物的起源驯化研究进展
        1.1.1 作物的起源驯化
        1.1.2 主要作物起源驯化研究进展
    1.2 糜子的概述和遗传多样性的研究进展
        1.2.1 糜子的概述
        1.2.2 糜子的遗传多样性的研究进展
        1.2.3 糜子起源驯化研究进展
    1.3 简化基因组测序技术的应用
        1.3.1 简化基因组测序技术原理
        1.3.2 SLAF-seq技术简介
        1.3.3 SLAF-seq技术的应用
    1.4 研究的目的意义和技术路线
第2章 材料与方法
    2.1 实验材料
        2.1.1 实验样本
        2.1.2 样本培养
        2.1.3 实验设备
    2.2 实验方法
        2.2.1 基因组DNA的提取和质量检测
        2.2.2 酶切建库及测序
        2.2.3 测序质量值分布与建库评估
        2.2.4 数据的统计和分析
第3章 结果与讨论
    3.1 实验结果
        3.1.1 建库评估
        3.1.2 测序数据统计与评估
        3.1.3 SLAF标签和SNP标记的开发
        3.1.4 群体结构分析
        3.1.5 系统发育分析
        3.1.6 主成分分析
        3.1.7 遗传多样性和遗传分化分析
        3.1.8 选择性清除分析
    3.2 讨论
        3.2.1 野糜子与栽培糜子的遗传关系
        3.2.2 野糜子中的野生型与野化型
        3.2.3 栽培糜子的驯化
        3.2.4 栽培糜子的传播路线
第4章 结论与展望
    4.1 结论
    4.2 展望
参考文献
作者简介
致谢



本文编号：3808990