鹦鹉热嗜衣原体急性感染与持续性感染差异表达基因筛选

发布时间：2017-04-20 01:06

  本文关键词：鹦鹉热嗜衣原体急性感染与持续性感染差异表达基因筛选，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：[目的]基因芯片检测鹦鹉热嗜衣原体(Chlamydophila psittaci,Cps)急性感染与持续性感染的差异表达基因,筛选与Cps 6BC持续性感染有关的关键基因,探讨Cps持续性感染发生的可能分子机制。[方法]1.Cps 6BC诱导细胞的急性感染:用Cps 6BC标准株感染He La细胞,培养2h后从培养箱中取出,吸弃感染液,更换为DMEM+10%FBS,37℃培养。2.Cps 6BC诱导细胞的持续性感染:用Cps 6BC标准株感染He La细胞,并在感染液中加入35ng/m L rh IFN-γ,培养2h后从培养箱中取出,吸弃感染液,更换为含35ng/m L rh IFN-γ的衣原体生长培养基,37℃培养。3.分别收集6、12、24、36、48、60h Cps 6BC急性感染与持续性感染的He La细胞,提取Cps RNA后,采用Agilent 8×15K Cps全基因组表达谱芯片检测、比较分析急性感染与持续性感染中Cps的差异表达基因,然后用Absolute Fold change≥2为显著上调,Fold change≤0.5为显著下调,同时Flag标记为Detected的标准进行差异基因筛选,运用GO分类、KEGG代谢通路及DAVID在线软件对差异基因进行功能聚类及通路分析,并通过Realtime-PCR确证部分差异基因。[结果]通过比较Cps急性感染与持续性感染,发现在12~60h共有持续性感染差异表达基因287个,包括74个表达上调基因,以及213个表达下调基因,GO分类的BP分析显示,21个持续性感染表达上调基因参与1个与翻译相关的BP分类“translation”,EASE score为3.58E-09,58个持续性感染表达下调基因参与8个BP分类,其中能量代谢相关的“oxidation reduction”、参与氨基酸合成及代谢的“tetrapyrrole biosynthetic process”、“tetrapyrrole metabolic process”EASE Score最低,小于0.03。57个持续性感染表达上调基因参与4个MF分类,“structural molecule activity”、“structure constituent of ribosome”、“r RNA binding”ESAE Score较低,小于9.6E-6。41个持续性感染表达下调基因参与8个MF分类,主要涉及核苷酸及无机离子转运等,其中“nucleotidyl transferase activity”、“sodium ion binding”、“oxidoreductase activity”的EASE Score最低,小于0.03。利用KEGG pathway分析显示,当EASE Score0.1时,有18个持续性感染表达上调基因参与了1条“KEGG-pathway”;38个持续性感染表达下调基因参与了5条“KEGG-pathway”。将持续性感染差异表达基因涉及的生物学功能进行“Functional Annotation Clustering”分析,结果显示持续性感染表达上调基因涉及的生物学功能分类聚成4个集合,其中Enrichment Score最高的功能集合与r RNA的合成相关。持续性感染表达下调基因涉及的生物学功能分类聚成23个集合,其中Enrichment Score最高的功能集合与某些生物合成及代谢相关。Real time-PCR检测目的基因CPSIT_0739(6h)、CPSIT_0043(12h)、CPSIT_0531(36h)、CPSIT_0555(48h)的m RNA表达水平,结果均与芯片结果相同。[结论]1.构建了Cps急性感染与持续性感染差异基因表达谱;2.通过Agilent Cps全基因组表达谱芯片共筛选出12~60h持续性感染差异表达基因287个,其中表达上调基因74个,表达下调基因213个,结合其他人工构建体外持续性感染模型,这些基因可能成为持续性感染标志性基因。
【关键词】：鹦鹉热嗜衣原体 持续性感染 基因芯片 基因表达
【学位授予单位】：南华大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R392.11
【目录】：

• 摘要4-7
• Abstract7-12
• 第1章 绪论12-14
• 第2章 实验材料14-18
• 2.1 菌株和细胞株14
• 2.2 主要实验材料14-15
• 2.3 主要仪器和设备15-16
• 2.4 芯片及配套设备16-18
• 第3章 实验方法18-28
• 3.1 细胞培养及传代18
• 3.2 Cps 6BC感染浓度的确定18-19
• 3.3 Cps 6BC对宿主细胞急性感染与持续性感染模型的建立--83.4 抽提感染细胞样品总RNA19-21
• 3.5 分离Cps 6BC的RNA21-23
• 3.6 RNA的完整性以及纯度、浓度的检测23-24
• 3.7 基因芯片检测及分析24-25
• 3.8 部分差异表达基因mRNA水平的验证25-28
• 第4章 实验结果28-44
• 4.1 感染浓度的确定28
• 4.2 不同浓度rh IFN-γ处理对Cps 6BC感染能力的影响28-29
• 4.3 基因芯片分析检测结果29-31
• 4.4 差异表达基因生物信息学分析31-42
• 4.5 部分差异表达基因mRNA水平的验证42-44
• 第5章 讨论44-48
• 第6章 结论48-50
• 参考文献50-54
• 文献综述54-64
• 参考文献60-64
• 附表64-76
• 发表的论文与参与课题76-78
• 本研究受以下基金赞助78-80
• 致谢80

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