利用高通量测序筛查未知病毒的相关技术研究

发布时间：2021-07-14 18:13

　　新发传染病的快速筛查是及时发现和有效控制传染病疫情的关键步骤之，高通量测序是目前发现未知病原体的最有效的手段。市场上流程化的高通量测序是对疑似病原体的样品总核酸进行提取，对病原体及大量的背景核酸进行测序，这些背景核酸包括样品宿主的gDNA和rRNA等核酸，占用了大量的测序资源，严重影响病原体的数据量，在数据分析时还会严重干扰病原体的筛查。而且，传统的病原体高通量测序对于核酸的量和质量要求较高，很多来之不易的珍贵样品，由于样品量少浓度低质量差，难以满足常规测序要求，而被很多测序公司拒之门外。本研究旨在研究高通量测序样品的预处理方法和扩增方法，不但能对常规样品进行病原体筛查，尤其是对量少、质量差的样品依然能进行病原体筛查，并且尽可能多的获得病原体的相关信息，为后期的生物信息分析提供更好的数据。在本论文中分别对不同来源的样品进行病原体筛查，包括来自于呼吸道的咽拭子样品、来自于人体的血液样品和来自环境的虫媒标本等。本论文的主要研究内容如下：首先进行了Sanger测序和高通量测序的比较，在初步判断为腺病毒感染后，开展病毒全基因组序列分析：Sanger测序+454深度测序，比较和分析各方法的适用性... 

【文章来源】：中国人民解放军军事科学院北京市

【文章页数】：129 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
缩略词表
摘要
ABSTRACT
前言
全文技术路线
第一部分 利用高通量测序从咽拭子样品获取病原体信息
    第一章 直接从咽拭子样品中获得腺病毒全长基因组
        1 材料与方法
        2 实验结果
        3 讨论
    第二章 直接从咽拭子样品中获取禽流感全序
        1 材料与方法
        2 实验结果
        3 讨论
    第三章 直接从咽拭子样品中筛查疑似病原体
        1 材料与方法
        2 实验结果
        3 讨论
    第一部分小结
第二部分 利用高通量测序直接从血样中筛查可疑病原体
    第一章 用 MDA 技术直接从血样中获取病毒核酸序列
        1 材料与方法
        2 实验结果
        3 讨论
    第二章 用 SISPA 技术直接从血样中获取病毒核酸序列
        1 材料与方法
        2 实验结果
        3 讨论
    第三章 用锚定随机 PCR 技术直接从血样中获取病毒核酸序列
        1 材料与方法
        2 实验结果
        3 讨论
    第二部分小结
第三部分 利用高通量测序调查自然界虫媒携带的病毒
    1 材料与方法
    2 实验结果
    3 讨论
    第三部分小结
全文总结
本课题的创新点
参考文献
附录
    1、主要仪器
    2、腺病毒引物
    3、综述
        参考文献
个人简历
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]H7亚型禽流感病毒概述[J]. 朱闻斐,高荣保,王大燕,杨磊,朱云,舒跃龙.  病毒学报. 2013(03)
[2]志贺氏菌基于核酸序列恒温扩增检测方法研究[J]. 李宏,姜英辉,张健,赵丽青,雷质文,梁成珠.  检验检疫学刊. 2012(06)
[3]利用siRNA高通量测序技术筛查蚊子体内携带的RNA病毒[J]. 陈斌,龚正达,张丽云,朱大强,李存,江晓芳,安小平,米志强,范华昊,何后军,陈禹保,童贻刚,刘玮.  生物信息学. 2011(03)



本文编号：3284638