志贺菌中成簇的规律间隔短回文重复序列与毒力基因和耐药基因的关系

发布时间：2020-11-09 05:30

　　 目的探索志贺菌中成簇的规律间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)与毒力基因和耐药基因的关系。方法从GenBank数据库中获得志贺菌的基因组、毒力基因和耐药基因的序列,通过多序列比对等方法获得志贺菌中CRISPR1、CRISPR2和CRISPR-Q1的分布情况、重复序列和间隔序列信息,通过BLAST方法获得毒力基因和耐药基因在志贺菌中的分布情况,SPSS 21.0软件分析CRISPR与毒力基因和耐药基因的关系。结果志贺菌中的CRISPR1和CRISPR2在不同菌株中的间隔序列差别较大,CRISPRQ1分布更为广泛(超过99%)。毒力基因在志贺菌中分布比较广泛(均超过56%),耐药基因中的blaOXA-1、camr、Sul2、tetB分布也比较广(超过50%)。CRISPR1/CRISPR2与是否携带9种毒力基因、4种耐药基因有关(P0.05),CRISPR-Q1与是否携带3种毒力基因、4种耐药基因有关(P0.05)。CRISPR1/CRISPR2和CRISPR-Q1均与志贺菌中存在的毒力基因和耐药基因的个数间有统计学关联(P0.05)。CRISPR1/CRISPR2与CRISPR-Q1的间隔序列数目之间存在统计学关联(χ2=61.6,P0.001)。结论志贺菌中不同CRISPR的分布差异比较大,存在的间隔序列数目不等;志贺菌CRISPR与部分毒力基因和耐药基因之间存在负相关;CRISPR1/CRISPR2与CRISPR-Q1的间隔序列数目存在正相关。
【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 数据来源
    1.2 CRISPR的识别与提取
    1.3 毒力基因和耐药基因的选取
    1.4 统计学分析
2 结果
    2.1 志贺菌CRISPR1、CRISPR2和CRISPR-Q1的分布
    2.2 毒力基因和耐药基因的分布
    2.3 CRISPR1/CRISPR2和CRISPR-Q1与毒力基因和耐药基因的关系
    2.5 志贺菌CRISPR-Q1中间隔序列数目与CRISPR1/CRISPR2的关系
3 讨论

【参考文献】

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【共引文献】

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【二级参考文献】

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本文编号：2875962