基于转录组测序的温带臭虫SSR和SNP位点分析

发布时间：2021-01-05 02:52

　　[目的]温带臭虫（Cimex lectularius）是世界性分布的吸血性寄生虫,主要靠吸食人血为生。探究温带臭虫转录组SSR和SNP分布规律,可为后期温带臭虫的SSR和SNP分子标记开发、遗传多样性分析以及遗传图谱构建等研究奠定基础。[方法]以转录组数据为基础,利用软件msatcommander v0.8.2和SOAPsnp v1.03系统分析了SSR和SNP位点多态性和分布特征。[结果]温带臭虫转录组数据的25 468条unigene中含有4 758个SSR位点,分布在4 171unigene序列中。其中单核苷酸重复的次数最多,共有2 795个,占总数的58.74%,其次是三核苷酸重复和二核苷酸重复分别是984个（20.68%）和764个（16.06%）,四核苷酸重复有195个（4.10%）,而五、六核苷酸重复最少,仅出现20次（0.42%）。在温带臭虫的SSR位点中,共出现30个重复基元,其中优势的重复基元类型是A/T,共有2 757个,其次是AT/AT,有474个,ATT/AAT有342个。在25 468个unigene中共发现76 562个simple SNPs,其中转换类型... 

【文章来源】：山西农业大学学报(自然科学版). 2019年04期 北大核心

【文章页数】：6 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 转录组数据的获取
    1.2 温带臭虫转录组数据中SSR与SNP位点的发掘
2 结果与分析
    2.1 温带臭虫转录组SSR数量及分布特征
    2.2 温带臭虫SSR重复基元的种类及分布特征
    2.3 温带臭虫SNP特征分析
3 讨论与结论



本文编号：2957875