解淀粉芽胞杆菌WS-8中LanM基因的克隆及生物信息学分析

发布时间：2021-06-21 05:16

　　克隆解淀粉芽胞杆菌WS-8 （Bacillus amyloliquefaciens WS-8）中的第二类羊毛硫肽合成酶LanM基因,并对LanM编码蛋白的理化性质及结构特征进行分析。设计LanM基因（登录号:APQ49580.1）扩增引物,提取解淀粉芽胞杆菌WS-8基因组DNA,以其作为模板进行PCR扩增。综合多种软件预测和分析LanM编码蛋白的理化性质、结构域和二级结构等。采用邻位连接法（Neighbor-Joining, NJ）构建系统发育树来分析LanM所编码蛋白与同源蛋白的亲缘关系,以及各蛋白结构域的亲缘关系。PCR扩增出的目的条带约为2 840 bp,通过测序鉴定,序列信息与基因组数据一致。LanM基因编码961个氨基酸,等电点为6.07,相对分子质量为111.485 1 kD。LanM编码的蛋白属于亲水性蛋白,无信号肽。该蛋白含有LANC_like结构域,其二级结构主要由螺旋结构和环状结构组成。系统发育树的分析结果表明LANC_like结构域和LanM同源蛋白的亲缘关系一致。解淀粉芽胞杆菌WS-8中存在第二类羊毛硫肽合成酶LanM基因... 

【文章来源】：基因组学与应用生物学. 2019,38(02)北大核心CSCD

【文章页数】：6 页

【文章目录】：
1 结果与分析
    1.1 第二类羊毛硫肽合成酶基因LanM的克隆
    1.2 第二类羊毛硫肽合成酶LanM的理化性质预测分析
    1.3 第二类羊毛硫肽合成酶LanM的二级结构及结构域预测
    1.4 第二类羊毛硫肽合成酶LanM及其结构域的亲缘关系分析
    1.5 第二类羊毛硫肽合成酶LanM的三级结构预测
2 讨论
3 材料与方法
    3.1 材料与试剂
    3.2 第二类羊毛硫肽合成酶基因LanM的克隆
    3.3 预测分析第二类羊毛硫肽合成酶LanM的理化性质
    3.4 第二类羊毛硫肽合成酶LanM的二级结构及结构域预测
    3.5 第二类羊毛硫肽合成酶LanM及其结构域的亲缘关系分析
    3.6 第二类羊毛硫肽合成酶LanM的三级结构预测
作者贡献


【参考文献】：
期刊论文
[1]推定第四类羊毛硫素合成酶生物信息学分析[J]. 胡彦婷,安丽康,尹淑丽,程辉彩,张根伟,张丽萍,刘洪伟.  微生物学通报. 2016(11)
[2]羊毛硫肽类化合物（Lanthipeptide）生物合成新进展[J]. 莫天录,薛林贵,张琪.  微生物学报. 2016(03)
[3]部分模式真菌中Prp5蛋白生物信息学分析[J]. 赵东磊,李金玉,方淑梅,韦江司,王伟,梁喜龙.  微生物学通报. 2015(08)
[4]羊毛硫细菌素bovicin HJ50修饰酶BovM双功能域单独催化活性鉴定[J]. 马宏初,高涌,赵方圆,钟瑾.  微生物学报. 2015(01)
[5]马铃薯晚疫病菌全基因组分泌蛋白的初步分析[J]. 周晓罡,侯思名,陈铎文,陶南,丁玉梅,孙茂林,张绍松.  遗传. 2011(07)



本文编号：3240053