不可分型流感嗜血杆菌外膜蛋白P6的生物信息学分析

发布时间：2022-02-08 17:42

　　目的克隆不可分型流感嗜血杆菌ATCC49247外膜蛋白P6基因,并对其编码蛋白进行分析。方法以标准菌株ATCC49247NTHI DNA为模板,PCR扩增P6目的基因,构建重组质粒pGEX-6P2/P6并测序,利用生物信息软件和GenBank数据库对编码外膜蛋白P6进行同源性分析,预测其主要理化性质、结构功能、B细胞抗原表位和T细胞抗原表位。结果 ATCC49247 P6基因核苷酸序列长度为462 bp,与不可分型流感嗜血杆菌外膜蛋白P6基因核苷酸同源性为99.17%～100%,编码蛋白氨基酸同源性为96.18%～100%。编码蛋白含有153个氨基酸,相对分子质量为16.137 94×10³,等电点6.09,为亲水性蛋白;该蛋白含有信号肽和3个结构域,无跨膜结构域;综合蛋白质的二级结构、亲疏水性、柔性、表面可及性和抗原指数预测该蛋白含有6个优势B细胞抗原表位,有7个CTL细胞抗原表位及16个Th细胞抗原表位。结论成功克隆外膜蛋白P6基因,生物信息学方法预测分析ATCC49247外膜蛋白P6高度保守,免疫原性强,可作为流感嗜血杆菌候选疫苗和疫苗载体。 

【文章来源】：中国病原生物学杂志. 2019,14(03)北大核心CSCD

【文章页数】：7 页

【文章目录】：
材料与方法
    1 材料
        1.1 菌株和质粒
        1.2 试剂
    2 方法
        2.1 外膜蛋白P6重组质粒的构建和鉴定
        2.2 外膜蛋白P6的生物信息学分析
            2.2.1 氨基酸序列预测
            2.2.2 同源性分析
            2.2.3 基本性质及结构预测
            2.2.4 抗原表位预测
结 果
    1 外膜蛋白P6基因PCR扩增及重组质粒构建
    2 基因测序
    3 外膜蛋白P6基因编码蛋白生物学特征
        3.1 氨基酸序列推导
        3.2 同源性分析
        3.3 理化性质
        3.4 亲疏水性分析
        3.5 结构域与信号肽预测
        3.6 跨膜结构域预测
        3.7 翻译后修饰位点
        3.8 二级结构预测
        3.9 三级结构预测
        3.10 亲疏水性、表面可及性、抗原指数和柔性预测
        3.11 B抗原表位预测
        3.12 T细胞抗原表位预测
讨 论


【参考文献】：
期刊论文
[1]结核分枝杆菌BfrB蛋白的生物信息学分析[J]. 袁秋露,付玉荣,伊正君.  中国病原生物学杂志. 2018(02)
[2]弓形虫Toxofilin蛋白基因克隆和生物信息学分析[J]. 王利磊,杨琰琰,王洪法,刘源璟,刘功振.  中国病原生物学杂志. 2017(08)
[3]弓形虫棒状体蛋白2家族成员研究进展[J]. 张贤,甘小凤,程正阳,余莉.  中国病原生物学杂志. 2015(06)
[4]2009-2013年重庆地区儿童感染流感嗜血杆菌的耐药性及血清型分析[J]. 景春梅,王偲.  第三军医大学学报. 2014(23)
[5]昆明地区儿童下呼吸道感染流感嗜血杆菌分离株的耐药性和血清分型研究[J]. 胡莹,夏晓玲,黄海林,单斌,李丰良,黄云昆,刘晓莉.  实验与检验医学. 2013(02)
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本文编号：3615475