基于全基因组单核苷酸多态性的遗传力估计的方法研究

发布时间：2017-08-20 13:40

  本文关键词：基于全基因组单核苷酸多态性的遗传力估计的方法研究

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【摘要】：随着对基因领域的深入研究和不断探索,人类对复杂性状和常见病的研究逐步深入到了全基因组的研究中.而单核苷酸多态性SNP在这些研究中起到了重要的作用.SNP是可遗传变异中最常见的一种,并且它广泛地分布在某些群体、个体全基因组DNA中,大约每1000个碱基出现一个SNP.正是由于SNP的分布广泛、遗传相对稳定、对基因的表达水平或蛋白质结构有很大影响的性质,对于全基因组SNP的研究已经应用到生物学、遗传学等诸多领域.一直以来,像糖尿病、高血压、冠心病等复杂疾病一直困扰着我们.由于99%的人类基因与老鼠非常相似,所以科学家用老鼠的实验去研究影响复杂疾病的性状.本文主要对和复杂疾病(糖尿病、高血压、冠心病)相关的四个性状进行遗传力大小的估计,用288只NMRI老鼠的真实性状表型值和SNP基因型,通过线性混合模型,应用方差分析估计的方法对HDL、CHL、TRI、GLU这四个性状进行遗传力估计.并用逐步回归和次等位基因频率MAF进一步对染色体和SNP位点筛选.结果表明,通过逐步回归和MAF变量筛选,对遗传力估计结果的贡献最大的致病位点的基因频率范围和MAF0.1的SNP是一致的.
【关键词】：单核苷酸多态性 线性混合模型 方差分析估计 逐步回归 遗传力估计
【学位授予单位】：黑龙江大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R394
【目录】：

• 中文摘要3-4
• Abstract4-7
• 符号说明7-8
• 第1章 绪论8-14
• 1.1 背景介绍8-10
• 1.2 国内外研究概况10-13
• 1.2.1 国外发展现状11
• 1.2.2 国内发展现状11-12
• 1.2.3 论文研究的目的和意义12-13
• 1.3 本文的创新点13-14
• 第2章 预备知识14-19
• 2.1 遗传学的相关理论基础14-16
• 2.1.1 染色体、等位基因、基因型、表型14
• 2.1.2 连锁不平衡(LD)14-15
• 2.1.3 单核苷酸多态性(SNP)15-16
• 2.2 遗传力16-18
• 2.2.1 遗传方差的定义16-17
• 2.2.2 遗传力的定义17-18
• 2.3 本章小结18-19
• 第3章 遗传力估计的方法19-28
• 3.1 线性混合模型19-23
• 3.1.1 线性混合模型的介绍19-20
• 3.1.2 线性混合模型在遗传力估计上的应用20-23
• 3.2 方差分析估计23-27
• 3.2.1 矩阵的QR分解24-25
• 3.2.2 方差分析法AN OV A进行遗传力估计25-27
• 3.3 本章小结27-28
• 第4章 老鼠的四个性状的遗传力估计28-31
• 4.1 数据资料28-29
• 4.2 结果29-30
• 4.3 本章小结30-31
• 第5章 变量筛选31-39
• 5.1 逐步回归法筛选变量31-35
• 5.1.1 显著性检验31-32
• 5.1.2 逐步回归的结果32-35
• 5.2 最小等位基因(MAF)阈值筛选35-38
• 5.3 本章小结38-39
• 结论39-41
• 参考文献41-46
• 致谢46

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6 徐t，

本文编号：706976