基于保守序列挖掘的乙型肝炎病毒进化研究

发布时间：2017-08-30 21:43

  本文关键词：基于保守序列挖掘的乙型肝炎病毒进化研究

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【摘要】：乙型肝炎是一种十分严重的全球性传染疾病,乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)是导致乙型肝炎的直接原因。而HBV突变是乙肝病毒进化过程中的一个重要部分,近几年,国内外针对HBV突变进行了广泛研究。但是,对乙肝病毒序列中保守序列的研究为仍处于起步阶段。本文首先采用MEME(Multiple EM for motif elicitation)算法挖掘HBV基序(生物序列中的保守序列片段,即Motif),并提出了一种新的度量标准保守指数(Conserved index,CI),然后对HBV序列进行系统发育分析,最后对构建的系统发育树进行可靠性评价。结果表明,新的度量标准CI可以有效地利用MEME方法挖掘出多个保守序列,进行HBV序列的系统发育树构建,进而分析HBV序列之间的进化关系,并可以找出样本可能的祖先序列。本文的实验方法对HBV大数据集分析方法的研究有积极地启示作用。
【作者单位】： 昆明理工大学信息工程与自动化学院生物医学工程研究所;
【关键词】： 基序挖掘 乙型肝炎病毒 系统发育树 保守指数 可靠性评价
【基金】：国家自然科学基金(No.11265007) 云南省基础应用研究基金(No.2009Zc049M) 云南省教育厅科学研究基金(No.2012Y551)
【分类号】：R373
【正文快照】： 乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)是一种部分单链的环状双链小DNA病毒,属于嗜肝DNA病毒家族。HBV易发生突变,其原因尚未被完全解释。一些学者指出,HBV突变与病毒自身特性、宿主免疫系统、遗传和实验方法等因素有紧密联系[1-3]。近几年来,HBV病毒学和免疫学特征已经得到了

【共引文献】

中国期刊全文数据库 前10条

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中国博士学位论文全文数据库 前3条

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2 杨s，

本文编号：761661