基于RNA-Seq的羊种布鲁氏菌新转录本与非编码RNA鉴定

发布时间：2018-02-27 04:29

  本文关键词： 布鲁氏菌 RNA-Seq 转录组 sRNA　出处：《中国人兽共患病学报》2015年03期 　论文类型：期刊论文

【摘要】：目的对羊种布鲁氏菌的转录本进行测序,鉴定基因组中新的转录本和非编码RNA。方法提取羊布鲁氏菌的总RNA,去除rRNA后连接接头逆转录成cDNA,PCR扩增后进行测序,以羊布鲁氏菌16M的基因组序列为参照对测序得到的reads进行比对作图,通过生物信息学方法进行新转录本和非编码RNA的鉴定。结果测序数据分析显示,reads在基因组上覆盖度较好。与现有注释基因相比,有773个基因的5′或3′端在基因组的原有位置基础上发生了延伸,并发现了16个新的转录本。根据测序结果,共鉴定出241条候选的非编码RNA(sRNA),进一步的RT-PCR验证结果显示,预测的sRNA在体外条件下有表达。结论布鲁氏菌基因组中存在除了预测以外的新的转录本,布鲁氏菌中存在非编码RNA且在不同条件下有差异表达。
[Abstract]:Objective to sequence the transcripts of Brucella ovis and identify new transcripts and non-coding RNAs from the genome. Methods the total RNAs of Brucella were extracted, and the ligation of Brucella was amplified by reverse transcription into cDNA-PCR and sequenced. The reads obtained by sequencing was compared with the genomic sequence of Brucella ovis 16m as a reference. New transcripts and non-coding RNA were identified by bioinformatics methods. Results sequencing data analysis showed that RNA had a better coverage on the genome. The 5'or 3'ends of 773 genes were extended on the basis of the original position of the genome and 16 new transcripts were found. According to the sequencing results, a total of 241 candidate noncoding RNAs were identified. Conclusion there are new transcripts in the genome of Brucella, and there are non-coding RNA in Brucella and different expression in different conditions.
【作者单位】： 军事医学科学院疾病预防控制所;空军司令部门诊部;武警总医院检验科;
【基金】：国家自然科学基金(81171530) 北京市科技新星资助项目(Z131102000413062) 北京市自然基金项目(6122030)~~
【分类号】：R516.7

【参考文献】

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【共引文献】

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本文编号：1541136