2009-2015年中国甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化分析
本文关键词: 甲型HN流感 血凝素 分子特征 进化分析 出处:《微生物学通报》2017年02期 论文类型:期刊论文
【摘要】:【目的】为了解中国地区2009-2015年甲型H1N1流感病毒流行态势,分析血凝素(Hemagglutinin,HA)基因的变异情况及其遗传进化特征。【方法】汇集国家流感中心2009-2015年流感周报的流感流行数据,分析甲型H1N1流感的流行病学特征;从全球共享禽流感数据倡议组织数据库及美国国家生物技术中心数据库下载甲型H1N1流感病毒HA基因序列,采用生物学软件进行系统进化和遗传特性的分析。【结果】2009-2015年全国共发生4次甲型H1N1流感的流行高峰。2009-2015年毒株与参考毒株A/California/07/2009(H1N1)的HA基因同源性逐年降低。遗传进化分析显示同一年份的毒株在系统进化树上基本呈现集中分布,2011年的毒株独立形成2个分支。分子特征表现为HA基因的4个抗原决定簇氨基酸位点均有变异,其中Ca区的203位、Sa区的163位和Sb区的185位氨基酸位点逐渐替换为新的氨基酸。除2010年与2012年,其他年份的毒株通过不同模型均得到正向压力选择HA氨基酸位点240。【结论】甲型H1N1流感在中国地区成为主要流行的亚型之一。HA基因与其编码的氨基酸逐年变异,未来进一步的流感监测能力还需加强。
[Abstract]:[objective] to understand the epidemic situation of influenza A (H1N1) virus in China from 2009 to 2015, to analyze the variation of hemagglutinin A gene and its genetic and evolutionary characteristics. [methods] to collect the influenza epidemic data reported by the National Influenza Center for 2009-2015. To analyze the epidemiological characteristics of influenza A (H1N1), to download the HA gene sequence of influenza A (H1N1) virus from the database of the Initiative for Global sharing of Avian Influenza data and the database of the National Center for Biotechnology of the United States. The phylogenetic and genetic characteristics were analyzed by using biological software. [results] the HA gene homology of four influenza A (H1N1) strains occurred in China from 2009-2015 to 2009-2015 decreased year by year with reference strain A / California / 07 / 2009 H1 / N _ 1. The results showed that the virus strains of the same year showed concentrated distribution in phylogenetic trees, and in 2011 the strains formed two branches independently. The molecular characteristics showed that the amino acid loci of the four antigenic determinants of HA gene were all mutated. Among them, the amino acid sites at position 203 of Ca region and 185 of SB region were gradually replaced by new amino acids, except 2010 and 2012. In other years, HA amino acid loci were obtained by different models. [conclusion] A (H1N1) influenza has become one of the most prevalent subtypes in China. The HA gene and its encoded amino acids vary year by year. Further surveillance capacity for influenza needs to be strengthened in the future.
【作者单位】: 东南大学公共卫生学院;南京市疾病预防控制中心;
【基金】:国家自然科学基金项目(No.81273143) 江苏省“六大人才高峰”第十一批高层次人才选拔培养资助项目(No.2014-WSN-40) 江苏省科技计划(省重点研发计划)资助项目(No.BE2015679)~~
【分类号】:R511.7
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,本文编号:1551264
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