2014年广东省登革热大流行的病原体来源及分子进化特点

发布时间：2018-06-07 13:23

  本文选题：登革热 + 登革病毒　； 参考：《中山大学学报(医学科学版)》2017年01期

【摘要】：【目的】分离培养与鉴定2014年广东省登革热暴发流行的病原体,从分子进化方向分析其来源和遗传进化特点,为登革热的监测和防控提供科学依据。【方法】在2014年登革热暴发流行期间,采集广东省不同地区登革热患者的血清标本,从中分离培养登革病毒并进行型别鉴定。采用RT-PCR和测序技术获取病毒的E基因和全基因组序列,并对其进行系统进化分析、贝叶斯进化分析和遗传变异分析。【结果】分离培养与鉴定了40株登革病毒1型(DENV-1)病毒,获得了这40株分离株的完整E基因序列和其中6株分离株的全基因组序列。E基因进化分析结果显示,40株分离株中有16株为基因Ⅰ型,24株为基因Ⅴ型。16株基因Ⅰ型毒株中有14株与2013年广州市和2013年新加坡流行的毒株高度同源,核苷酸相似度为99.6%~99.9%,另2株基因Ⅰ型毒株则与2013年马来西亚流行的毒株亲缘关系最近,核苷酸相似度为99.7%。24株基因Ⅴ型毒株均与2009年孟加拉、广州市和2013年不丹流行的毒株同源性高,核苷酸相似度为99.0%~99.9%。对6株病毒全基因组进化分析结果显示,其中5株病毒与2013年广州市和中山市流行的毒株高度同源,核苷酸相似度为99.6%~99.8%,另一株病毒则与2002年的缅甸流行株亲缘关系最近,核苷酸相似度为98.8%。对E基因的遗传变异分析结果显示,与2013年广东省的流行代表株比较,2014年广东省分离株有5个氨基酸位点发生了变异,其中3个(S88V,E203G,T275R)位于EⅡ区的毒力位点区域,1个(S305P)位于EⅢ区的毒力位点区域。【结论】2014年广东省登革热的病原体主要为DENV-1,且至少有2种基因型同时在流行;其可能来源于2013年广东省流行的毒株,也可能来源于新加坡、马来西亚、缅甸等东南亚国家的毒株,其中2013年广东省流行的毒株可能是重要来源之一,提示须加强对本地毒株及传播媒介的监测和研究,以便了解登革热是否在广东省本地化的问题;在流行过程中,病毒有些氨基酸位点已发生变异,其中有4个变异位点位于登革病毒的毒力位点区域,提示有必要对这些变异的生物学意义开展进一步研究。
[Abstract]:[objective] to isolate, culture and identify the pathogen of dengue fever outbreak in Guangdong Province in 2014, and analyze its origin and genetic evolution from the direction of molecular evolution. [methods] during the outbreak of dengue fever in 2014, serum samples of dengue patients from different areas of Guangdong Province were collected, and the dengue virus was isolated and identified. The E gene and the whole genome sequence of the virus were obtained by RT-PCR and sequencing techniques, and were analyzed by phylogenetic analysis, Bayesian evolutionary analysis and genetic variation analysis. [results] 40 strains of dengue virus type 1 (DENV-1) virus were isolated and identified. The complete E gene sequence of 40 isolates and the whole genome sequence of 6 of them were obtained. The results showed that 16 of the 40 isolates were gene type 鈪，

本文编号：1991321