分子动力学研究抑制剂APV与HIV-1蛋白酶的作用机制

发布时间：2019-02-12 11:54

【摘要】：采用分子动力学模拟和结合自由能计算研究了抑制剂APV与HIV-1蛋白酶的作用机制.研究结果表明范德瓦尔斯作用主控了APV与HIV-1蛋白酶的结合.采用基于残基的自由能分解方法计算了抑制剂-残基相互作用,结果表明9个残基Gly27、Ile32、Val47、Ile50、Ile84、Ala28'、Gly49'、Ile50'和Arg87'与APV产生了大于1.0 kcal/mol的强相互作用,而且证明CH-π,CH-O相互作用和极性作用是其结合的主要形式.期待该结果可以为以HIV-1蛋白酶为靶标的抗艾滋病药物设计提供理论上的指导.
[Abstract]:The interaction mechanism of inhibitor APV with HIV-1 protease was studied by molecular dynamics simulation and free energy calculation. The results showed that van der Waals interaction controlled the binding of APV and HIV-1 protease. The free energy decomposition method based on residue was used to calculate the depressant residue interaction. The results showed that 9 residues Gly27,Ile32,Val47,Ile50,Ile84,Ala28',Gly49',Ile50' and Arg87' had strong interaction with APV more than 1.0 kcal/mol. It is also proved that CH- 蟺, CH-O interaction and polarity are the main forms of its binding. The results are expected to provide theoretical guidance for the design of anti-AIDS drugs targeting HIV-1 protease.
【作者单位】： 山东建筑大学理学院;山东师范大学物理与电子科学学院;
【基金】：国家自然科学基金(11274206) 山东省自然科学基金(ZR2011HM048,ZR2013AM014) 山东建筑大学博士启动基金(XNBS1268)
【分类号】：R512.91

【参考文献】

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【共引文献】

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10 王U，

本文编号：2420418