艾滋病相关性弥漫性大B细胞淋巴瘤组织中miRNA表达谱的初步研究

发布时间：2017-03-26 14:08

  本文关键词：艾滋病相关性弥漫性大B细胞淋巴瘤组织中miRNA表达谱的初步研究，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：研究背景:艾滋病相关性淋巴瘤(Acquired immune deficiency syndrome-related lymphoma,ARL)本质为免疫细胞发生恶变,与艾滋病具有相同的免疫功能缺陷发病基础,是最常见的艾滋病(acquired immunodeficiency syndrome,AIDS)相关恶性肿瘤之一。AIDS相关性弥漫大B细胞淋巴瘤(AIDS related diffuse large B-cell lymphoma,AIDS-DLBCL)是一组与HIV感染有关的异质性肿瘤。病变可发生于淋巴结和结外器官,临床过程也更具有侵袭性且预后不良。目前,ARL的发病机制尚未完全阐明。micro RNA(mi RNA)是一类长度为18-23个碱基的内源性非编码小分子RNA,在转录后水平通过促进靶m RNA降解或抑制翻译过程而发挥负调控基因表达的作用。mi RNA在多种肿瘤发生、发展的过程中发挥着癌基因或抑癌基因的作用,其差异表达可作为肿瘤诊断和预后的指标及治疗的新靶点。近年来,有关AIDS-DLBCL的研究不多,因此人们对AIDS-DLBCL的发病机制、诊断、治疗和预后的认识都很有限。因此,本研究目的旨在分析AIDS-DLBCL肿瘤组织中mi RNA的表达情况,并对其差异性较大的mi RNA进行靶基因预测,为研究淋巴瘤发病机制及其诊断治疗提供依据。研究目的1、应用Exiqon公司的mi RCURYTM LNA mi RNA芯片,筛选与获得性免疫缺陷病毒(HIV)感染/艾滋病相关性的弥漫性大B细胞淋巴瘤(AIDS-DLBCL)及非AIDS相关性的弥漫性大B细胞淋巴瘤(non-AIDS-DLBCL)中的差异表达mi RNA,以建立起可靠的AIDS-DLBCL的mi RNA表达谱。2、利用mi RNA靶基因预测软件,分析AIDS-DLBCL中异常表达的mi RNA的靶基因,揭示mi RNA与靶m RNA的调控关系。3、本课题期望为研究淋巴瘤发病机制及其治疗诊断提供依据。材料和方法1、AIDS-DLBCL中mi RNA表达谱的检测:选取自2010年12月至2013年2月云南省多家医院确诊的艾滋病相关性弥漫性大B细胞淋巴瘤6例以及云南省大理学院附属医院诊断的非艾滋病相关性弥漫性大B细胞淋巴瘤4例。10例样本均为石蜡组织,所有标本均经常规HE染色病理检查确诊。标本按照Trizol法提取其中的总RNA,经紫外分光光度计检测RNA浓度和纯度,琼脂糖凝胶电泳鉴定RNA的完整性,对mi RNA进行荧光标记,制成杂交液与mi RNA芯片杂交、洗片,对mi RNA芯片进行扫描及数据分析,获得艾滋病相关性弥漫大B细胞淋巴瘤的mi RNA表达谱。2、AIDS-DLBCL中差异表达mi RNA的靶基因预测:应用三种生物信息学软件(Mi Randa、mi RBase、Target Scan)进行差异表达mi RNA的靶基因预测,找出mi RNA可能的作用靶点,并进一步利用Gene Ontology(GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)数据库分析其靶基因的生物学功能。结果：一、AIDS-DLBCL mi RNA表达谱的建立:1、从6例AIDS-DLBCL、4例non-AIDS-DLBCL组织中提取的总RNA的浓度、纯度经检测均符合要求,总RNA的A260/280值在1.8-2.1之间,A260/230均大于1.8。琼脂糖凝胶电泳结果显示样本28S、18S r RNA两条带清晰,未见明显DNA和蛋白质污染。2、各芯片样本杂交信号相关性散点图显示AIDS-DLBCL和non-AIDS-DLBCL两组组内样品杂交信号相关性较高,去除误差影响,体现了组内样本之间生物学性质相似;由于组织中少数mi RNA的表达发生改变,使得两种杂交信号偏移,实验组和对照组样本间相关系数约为0.98,符合标准。3、AIDS-DLBCL与non-AIDS-DLBCL中存在差异表达的mi RNA。AIDS-DLBCL中表达水平升高2倍以上的mi RNA有64个,表达水平下降2倍以上的mi RNA有44个;其中通过t检验上调的mi RNA有6个,下调的mi RNA有17个。二、艾滋病相关性弥漫性大B细胞淋巴瘤差异表达mi RNA靶基因预测通过Mi Randa、mi RBase Targets、Target Scan 3种靶点预测软件对上述23个mi RNA进行靶基因预测。为了减少假阳性率,我们只挑选至少出现在2种软件中的交集基因作为mi RNA可能的靶基因。其中4个基因被预测与AIDS-DLBCL的发生发展有关,分别是上调mi R-185-3p的靶基因ZAP70、TNFRSF13C、IGGL1和上调mi R-744-5p的靶基因CD79A。这些结果也提示我们mi R-185-3p和mi R-744-5p很可能参与调控HIV的感染和AIDS-DLBCL的进展过程,有望成为AIDS-DLBCL的分子标志物。结论:本研究筛选得到多个AIDS-DLBCL中具有特殊研究价值的mi RNA及其靶基因,推测mi R-185-3p和mi R-744-5p的上调将抑制靶基因ZAP70、TNFRSF13C、IGLL1、CD79A的表达,导致免疫缺陷,增强机体对HIV的易感性和AIDS-DLBCL的发生机率,为进一步研究差异表达的mi RNA在AIDS-DLBCL中的生物学功能及其靶基因的效应奠定了良好的基础。
【关键词】：艾滋病相关性弥漫性大 B 细胞淋巴瘤 微小RNA 靶基因
【学位授予单位】：大理学院
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R512.91;R733.1
【目录】：

• 中英文缩略词对照表4-5
• 中文摘要5-8
• Abstract8-11
• 前言11-13
• 材料与方法13-23
• 一、实验材料13
• 二、主要试剂及仪器设备13-14
• 1、主要试剂13-14
• 2、仪器设备14
• 三、实验方法14-23
• （一）肿瘤石蜡组织样本的选择14-15
• （二）石蜡组织样本处理15
• （三）总RNA提取15-16
• （四）miRNA标记：16-17
• （五）miRNA芯片杂交：17-21
• （六）芯片洗涤：21-22
• （七）miRNA芯片扫描和分析：22-23
• 结果23-41
• 一、总RNA质检结果和芯片杂交扫描图23-27
• 1. 样本质检结果23
• 2. 芯片样本杂交信号相关性扫描图及散点图23-27
• 二、miRNA基因表达谱芯片的总体情况27-29
• 三、靶基因预测29
• 四、miRNA靶基因功能的显著性分析（GO-Analysis）29-34
• 五、靶基因参与的信号转导通路分析（Pathway Analysis）34-37
• 六、mi RNA与靶基因的调控网络（miRNA-Gene-Network）37-39
• 七、miRNA靶基因功能分析的网络构建（miRNA-GO-Network）39-40
• 八、免疫缺陷相关靶基因预测40-41
• 讨论41-46
• 一、AIDS-DLBCL的miRNA表达谱分析41-42
• 二、差异表达miRNA及其靶基因的相互关系42-46
• 结论46-47
• 参考文献47-52
• 发表的文章52-53
• 文献综述一53-62
• 参考文献58-62
• 文献综述二62-72
• 参考文献68-72
• 致谢72

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前10条

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本文编号：268904