HBsAb滴度高于10000mU/ml外周血BCR CDR3受体库的组成及特征分析

发布时间：2020-12-08 03:04

　　目的:分析HBs Ab滴度>10 000 m U/ml外周血BCR CDR3受体库的组成及特征,寻找可能的HBs Ab序列,为维持后续研究提供数据基础。方法:提取HBs Ab滴度高于10 000 m U/ml样本的PBMC总DNA,外送美国Adaptive Biotechnologies Immuno SEQ平台行Illumina Solexa高通量测序,用IMGT数据库中的High V-QUEST软件初步分析BCR CDR3受体库IGHV、IGHJ和IGHD基因亚群的分布情况、IGHV-J配对取用情况、CDR3区氨基酸长度分布及氨基酸取用情况,并与NCBI数据库中HBs Ab序列进行比对。结果:实验样本均高频取用基因亚群IGHV3、IGHV4,IGHJ4、IGHJ6,IGHD3、IGHD6;高频取用配对IGHV3-J4、IGHV3-J6。CDR3区氨基酸长度均以14及15个氨基酸长度为中线呈正态分布,高频取用的氨基酸依次为Y、G、D、A、R、S,在107、108、109、113、114位点呈现氨基酸多样性取用,在105、106、115、116、117位点上取用氨基酸保守。与NC... 

【文章来源】：中国免疫学杂志. 2015年03期 第300-303页 北大核心

【文章页数】：4 页

【部分图文】：

IGHV/D/J基因家族的分布

图1IGHV/D/J基因家族的分布Fig．1DistributionofIGHV/D/Jgenesubgroups图2IGHV-J配对取用Fig．2IGHV-Jmatching图3CDＲ3区长度分布及氨基酸取用情况Fig．3CDＲ3lengthandaminoacidsfrequency表3与NCBI数据库HBsAbH-CDＲ3比对结果Tab．3ComparisonresultsbetweenB4B5withNCBIHBsAbH-CDＲ3NCBIsequenceIDV-GENEJ-GENECDＲ3lengthV-ＲEGIONidentity(%)J-ＲEGIONidentity(%)B4totalB4uniqueB5totalB5uniqueM88318.1IGHV4-39*01IGHJ3*022292.3684.004421074M883161IGHV4-39*01IGHJ2*012291.4188.681302942M88309.1IGHV1-2*02IGHJ5*021691.6780.3963515910U66189.1IGHV3-33*01IGHJ6*031192.7186.440000AB012909.1IGHV3-30*04IGHJ4*021193.0691.670000HW259028.1IGHV1-18*01FIGHJ4*02F1092.0187.23161531916AF236816.1IGHV3-11*01FIGHJ4*03F1398.9670.8399200SUM49716679322.4与NCBI数据库中HBsAb比对结果从NCBI数据库中获得人源HBsAb序列13条，人工合成的HBsAb序列105条，B4、B5BCＲCDＲ3受体库与其比较，未发现完全相同的CDＲ3序列。通过IMGT/HighV-QUEST分析，获得7条可比对分析序列，将B4、B5BCＲCDＲ3序列与之比对，得到V基因、J基因、CDＲ3长度完全一致的总序列数为1160条，独特序列48条，见表3。3讨论生物体在长期的种系进化过程中形成一系列防御机制，包括固有免疫和适应性免疫，同时形成了多种抗原识别机制，其中B细胞特异性识别抗原和抗体形成及分泌作为适应性免疫的核心问题，一直受·302·中国免疫学杂志2015年第31卷

图1IGHV/D/J基因家族的分布Fig．1DistributionofIGHV/D/Jgenesubgroups图2IGHV-J配对取用Fig．2IGHV-Jmatching图3CDＲ3区长度分布及氨基酸取用情况Fig．3CDＲ3lengthandaminoacidsfrequency表3与NCBI数据库HBsAbH-CDＲ3比对结果Tab．3ComparisonresultsbetweenB4B5withNCBIHBsAbH-CDＲ3NCBIsequenceIDV-GENEJ-GENECDＲ3lengthV-ＲEGIONidentity(%)J-ＲEGIONidentity(%)B4totalB4uniqueB5totalB5uniqueM88318.1IGHV4-39*01IGHJ3*022292.3684.004421074M883161IGHV4-39*01IGHJ2*012291.4188.681302942M88309.1IGHV1-2*02IGHJ5*021691.6780.3963515910U66189.1IGHV3-33*01IGHJ6*031192.7186.440000AB012909.1IGHV3-30*04IGHJ4*021193.0691.670000HW259028.1IGHV1-18*01FIGHJ4*02F1092.0187.23161531916AF236816.1IGHV3-11*01FIGHJ4*03F1398.9670.8399200SUM49716679322.4与NCBI数据库中HBsAb比对结果从NCBI数据库中获得人源HBsAb序列13条，人工合成的HBsAb序列105条，B4、B5BCＲCDＲ3受体库与其比较，未发现完全相同的CDＲ3序列。通过IMGT/HighV-QUEST分析，获得7条可比对分析序列，将B4、B5BCＲCDＲ3序列与之比对，得到V基因、J基因、CDＲ3长度完全一致的总序列数为1160条，独特序列48条，见表3。3讨论生物体在长期的种系进化过程中形成一系列防御机制，包括固有免疫和适应性免疫，同时形成了多种抗原识别机制，其中B细胞特异性识别抗原和抗体形成及分泌作为适应性免疫的核心问题，一直受·302·中国免疫学杂志2015年第31卷


本文编号：2904341