基于GEO数据分析参与MERS-CoV感染致病的信号传导通路和关键分子

发布时间：2020-12-25 22:57

　　目的基于基因表达谱芯片数据,筛选和分析中东呼吸综合症病毒（Middle East respiratory syndrome coronavirus, MERS-CoV）感染人类呼吸道上皮细胞后的差异基因,确定参与致病的信号传导通路和关键分子。方法在美国国立生物技术信息中心的Gene Expression Omnibus（GEO）数据库搜选MERS-CoV病毒感染支气管上皮细胞表达谱数据,使用在线分析工具GEOR分析MERS-CoV感染支气管上皮细胞正常组和感染组各种基因的表达情况,以具有统计学意义的在表达量上升或下降2倍以上的差异基因为研究对象,使用基因功能分析注释工具DAVID对差异基因进行基因本体分析和信号传导通路分析,使用STRING构建基因间相互作用网络,利用cytoscape筛选相互作用网络的关键基因。结果对比感染与未感染组的基因表达,筛选到了差异基因1 553个,其中上调基因850个,下调基因703个。基因功能富集分析结果提示这些差异基因涉及免疫反应,炎症反应,凋亡过程,支气管纤毛形成和运动等多条信号传导通路。结论研究MERS-CoV感染肺部支气管细胞基因表达谱,发现在细胞... 

【文章来源】：中国人兽共患病学报. 2020年09期 北大核心

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【部分图文】：

MERS-CoV感染的对支气管上皮细胞基因表达的影响

KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。用于分析分子水平的信息,尤其是基因组测序和其他高通量生成的大规模分子数据,集中了解生物系统高级功能的实用工具。为了更明确的理解MERS-CoV对细胞功能的影响,分析了感染MERS-CoV病毒引起的细胞表达增加和表达下降两类基因参与的KEGG通路。结果发现:MERS-CoV感染上调的信号通路包括,甲型流感、单纯疱疹感染和麻疹感染引起的信号通路,还参与了TNF、Toll样受体、NOD样受体和Jak-STAT信号通路并且能参与细胞因子与受体相互作用以及参与胞浆DNA传感途径(图3A)。而病毒感染后细胞表达下降的分子则主要参与了糖酵解/糖异生通路、影响了细胞色素P450对药物和外源物质代谢,对药物、碳、视黄醇、谷胱甘肽、丙酮酸等多种物质的代谢,以及类固醇激素的合成(图3B)。图3 差异基因与的KEGG通路分析

差异基因与的KEGG通路分析


本文编号：2938540