深度测序技术用于MSM人群HIV传播网络构建及分析
发布时间：2021-03-08 09:40
目的:将深度测序技术应用于了解HIV感染者之间的传播关联、构建和分析MSM人群HIV传播网络,为寻找HIV关键传播者、制定防控策略提供科学依据。方法:以云南省某市2016-2017年性伴发掘项目发现的MSM人群HIV感染者作为研究对象。采集静脉血样品,提取样品中的核酸,通过巢式PCR扩增env、gag、pol三基因区片段（长度依次为625bp、1028bp、1036bp）进行测序和基因亚型分析。分别以env、gag、pol三基因区短片段（长度依次为376bp、384bp、387bp）为目的片段,进行巢式PCR扩增,扩增产物经测序确认无误后纯化、混合构建DNA文库,进行深度测序（Hiseq平台）。分析各样品中的HIV准种群分布,对基因亚型相同的样品序列构建系统进化树、计算基因离散率并构建HIV传播网络,分析HIV传播子网络,找出传播关键点。结果:（1）本研究有38位种子感染者,其中13人未成功动员其性伴进行检测,25人成功动员或提供联系方式的性伴68人,实际接受检测68人,检测出阳性8人,其中6人为一层性伴,2人为二层性伴。在46位HIV感染者中采集45位的血液样品纳入本研究。自述发生过...
【文章来源】：中国疾病预防控制中心北京市
【文章页数】：67 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２流行病学性彳＿ｒ为关系??２．１．３抗治疗息??
ｅ？ｖ注：直接测序ｐ〇／、ｇ呢和册ｖ三基因区的编号原则为号码前加“Ｐ、Ｇ、Ｅ”，如Ｐ２即为２号样??品／？〇／基因区直接测序：Ｍｉｓｅｑ测序三基因区编码原则为号码前分别加“ＨＰ、ＨＧ、ＨＥ”，如ＨＰ２即??为２号样品／＾／基因区高通量测序。??样品中ｅｍ，、ｇ呢、／＾／三基因区频数最高的准种群（即第一优势准种群）占同一样品??全部准种群数的比例分别为：６．８９％？８６．３０％?（平均５６．０４％）、２７．２４％？８３．４０％?（平均??５１．４２％）、１５．０８％？５２．５１％?（平均４１．３８％），频数最高（最优势）的前２０个准种群序列??的频数占ＨＩＶ准种群所有序列频数的比例分别为９１．６７％?（平均７７．４８％）、８１．４８％?（平??均６６．６５％）、８６．３６％?（平均６３．６９％），准种群分布相对集中。图中可以看出，准种序列??
自展值〕90}}GDS1.5%时CRF01沐E亚型~基因区传播网络
【参考文献】：
期刊论文
[1]高通量测序技术用于丙型肝炎病毒感染溯源调查[J]. 张静娜,王译葵,蒋岩,龙玉存,王继宝,冯凯迪,唐仁海,张志敏,段松,赵琦,张桂云,邱茂锋. 中华预防医学杂志. 2016 (06)
[2]婚内性传播的HIV准种传播和进化规律研究[J]. 温玉洁,龚渝蓉,蒋岩,王继宝,赵琦,段松,张静娜,潘品良,高志云,邱茂锋. 中国艾滋病性病. 2015(05)
[3]高通量测序技术的发展及其在生命科学中的应用[J]. 杜玲,刘刚,陆健,刘丑生,哈福. 中国畜牧兽医. 2014(12)
[4]2008-2011年云南省男男性行为人群HIV新发感染率调查[J]. 杨莉,杨朝军,陈会超,马艳玲,梅静远,苏莹珍,施玉华,陈敏,蒋岩,贾曼红. 现代预防医学. 2015(01)
[5]Miseq高通量测序平台用于一起疑似经性传播HIV的溯源调查[J]. 赵琦,时丽丽,蒋岩,温玉洁,潘品良,张桂云,邱茂锋. 中华预防医学杂志. 2014 (06)
[6]高通量测序技术及其在植物研究中的应用[J]. 冯健,赵雪崴. 辽宁林业科技. 2012(04)
[7]云南省男男性接触人群（MSM）艾滋病病毒亚型分析[J]. 杨朝军,杨莉,贾曼红,陈玲,闵向东,包佑红,王珏,闫文云,张婉悦,马艳玲. 现代预防医学. 2011(04)
[8]两种HIV-1耐药准种分析方法的比较[J]. 焦丽燕,刘永健,郭东星,王铮,耿庆茂,李林,庄道民,鲍作义,刘思扬,李韩平,李敬云. 军事医学科学院院刊. 2010(03)
博士论文
[1]基于系统发育基因组学分析解决困难进化问题的策略研究[D]. 陈梦云.中山大学 2017
[2]我国部分地区HIV-1传播耐药分析及深度测序对继发性耐药的研究[D]. 童翾.北京协和医学院 2014
硕士论文
[1]高通量测序技术在MSM人群HIV传播网络研究中的应用[D]. 张志敏.中国疾病预防控制中心 2017
[2]抗病毒治疗对HIV-1准种进化的影响研究[D]. 冯凯迪.中国疾病预防控制中心 2017
[3]异性传播HIV的准种传播和进化规律研究[D]. 温玉洁.中国疾病预防控制中心 2015
[4]高通量测序技术用于HIV感染溯源调查的研究[D]. 赵琦.中国疾病预防控制中心 2014
[5]HIV暴露后感染溯源技术的研究[D]. 时丽丽.中国疾病预防控制中心 2013
本文编号：3070838
【文章来源】：中国疾病预防控制中心北京市
【文章页数】：67 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２流行病学性彳＿ｒ为关系??２．１．３抗治疗息??
ｅ？ｖ注：直接测序ｐ〇／、ｇ呢和册ｖ三基因区的编号原则为号码前加“Ｐ、Ｇ、Ｅ”，如Ｐ２即为２号样??品／？〇／基因区直接测序：Ｍｉｓｅｑ测序三基因区编码原则为号码前分别加“ＨＰ、ＨＧ、ＨＥ”，如ＨＰ２即??为２号样品／＾／基因区高通量测序。??样品中ｅｍ，、ｇ呢、／＾／三基因区频数最高的准种群（即第一优势准种群）占同一样品??全部准种群数的比例分别为：６．８９％？８６．３０％?（平均５６．０４％）、２７．２４％？８３．４０％?（平均??５１．４２％）、１５．０８％？５２．５１％?（平均４１．３８％），频数最高（最优势）的前２０个准种群序列??的频数占ＨＩＶ准种群所有序列频数的比例分别为９１．６７％?（平均７７．４８％）、８１．４８％?（平??均６６．６５％）、８６．３６％?（平均６３．６９％），准种群分布相对集中。图中可以看出，准种序列??
自展值〕90}}GDS1.5%时CRF01沐E亚型~基因区传播网络
【参考文献】：
期刊论文
[1]高通量测序技术用于丙型肝炎病毒感染溯源调查[J]. 张静娜,王译葵,蒋岩,龙玉存,王继宝,冯凯迪,唐仁海,张志敏,段松,赵琦,张桂云,邱茂锋. 中华预防医学杂志. 2016 (06)
[2]婚内性传播的HIV准种传播和进化规律研究[J]. 温玉洁,龚渝蓉,蒋岩,王继宝,赵琦,段松,张静娜,潘品良,高志云,邱茂锋. 中国艾滋病性病. 2015(05)
[3]高通量测序技术的发展及其在生命科学中的应用[J]. 杜玲,刘刚,陆健,刘丑生,哈福. 中国畜牧兽医. 2014(12)
[4]2008-2011年云南省男男性行为人群HIV新发感染率调查[J]. 杨莉,杨朝军,陈会超,马艳玲,梅静远,苏莹珍,施玉华,陈敏,蒋岩,贾曼红. 现代预防医学. 2015(01)
[5]Miseq高通量测序平台用于一起疑似经性传播HIV的溯源调查[J]. 赵琦,时丽丽,蒋岩,温玉洁,潘品良,张桂云,邱茂锋. 中华预防医学杂志. 2014 (06)
[6]高通量测序技术及其在植物研究中的应用[J]. 冯健,赵雪崴. 辽宁林业科技. 2012(04)
[7]云南省男男性接触人群（MSM）艾滋病病毒亚型分析[J]. 杨朝军,杨莉,贾曼红,陈玲,闵向东,包佑红,王珏,闫文云,张婉悦,马艳玲. 现代预防医学. 2011(04)
[8]两种HIV-1耐药准种分析方法的比较[J]. 焦丽燕,刘永健,郭东星,王铮,耿庆茂,李林,庄道民,鲍作义,刘思扬,李韩平,李敬云. 军事医学科学院院刊. 2010(03)
博士论文
[1]基于系统发育基因组学分析解决困难进化问题的策略研究[D]. 陈梦云.中山大学 2017
[2]我国部分地区HIV-1传播耐药分析及深度测序对继发性耐药的研究[D]. 童翾.北京协和医学院 2014
硕士论文
[1]高通量测序技术在MSM人群HIV传播网络研究中的应用[D]. 张志敏.中国疾病预防控制中心 2017
[2]抗病毒治疗对HIV-1准种进化的影响研究[D]. 冯凯迪.中国疾病预防控制中心 2017
[3]异性传播HIV的准种传播和进化规律研究[D]. 温玉洁.中国疾病预防控制中心 2015
[4]高通量测序技术用于HIV感染溯源调查的研究[D]. 赵琦.中国疾病预防控制中心 2014
[5]HIV暴露后感染溯源技术的研究[D]. 时丽丽.中国疾病预防控制中心 2013
本文编号：3070838
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