深度测序法在检测HCV不同基因型/亚型混合感染中的应用

发布时间：2021-03-22 17:27

　　目的将深度测序法用于HCV感染者中不同基因型/亚型混合感染的检测。方法 2例HCV RNA阳性血浆标本（标记为1和2号标本）,以NS5B和E1编码区为目的基因,经RT-PCR扩增后做sanger核苷酸序列测定,对其做基因分型发现2个编码区的分型结果后,重复3次NS5B基因PCR扩增;合并3次PCR产物用Ion TorrentTM半导体测序仪做深度测序。获得的序列用Geneious软件的"The map to reference algorithm"和"De novo assembly"2种方法做序列分析和比对,并用Mega 5构建进化树。结果 sanger测序:1、2号标本NS5B基因分型均为1b,E1基因分型均为2a;深度测序:2个标本均为HCV 1b与2a混合感染,其中The map to reference algorithm（Geneious）方法显示,1号标本中1b占92.7%、2a占3.8%、没有比对到的序列（unused seq）占3.5%,2号标本相应为84.3%、5.4%,没有比对到的序列占10.3%;De novo assembly（Geneious）方法显示,1号... 

【文章来源】：中国输血杂志. 2015,28(10)北大核心

【文章页数】：5 页

【文章目录】：
1材料与方法
2结果
3讨论


【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3094185