严重急性呼吸道感染病例中人冠状病毒OC43基因特征分析

发布时间：2021-05-16 23:49

　　人冠状病毒（Human coronavirus,HCoV）是导致人呼吸道感染的重要病原之一。为了从分子水平上探讨严重急性呼吸道感染（Severe acute respiratory infection,SARI）病例中HCoV-OC43的基因特征,本研究应用实时荧光定量（Real-time）PCR方法对2019年河南省374份SARI病例样本进行HCoV-OC43核酸筛查,并对核酸检测阳性样本进行棘突蛋白（Spike,S）、RNA依赖的RNA聚合酶（RNA-dependent RNA polymerase,RdRp）和核衣壳蛋白（Nucleocapsid,N）三个靶基因扩增和序列测定。结合从GenBank数据库筛选的国内外42条代表序列和本研究所获得的S、RdRp和N三个靶基因全长序列构建基因亲缘性关系树,对本研究所获得的HCoV-OC43样本进行基因型别鉴定和基因特征分析,并对HCoV-OC43重要抗原S蛋白进行氨基酸位点变异分析。结果显示:在374份SARI病例样本中共检测出15份HCoV-OC43核酸阳性样本（15/374,4.01%）,并在4份临床样本中获得S、RdRp和N基因... 

【文章来源】：病毒学报. 2020,36(02)北大核心CSCD

【文章页数】：10 页

【文章目录】：
材料与方法
    1样本来源
    2实时荧光定量PCR检测
    3 S、Rd Rp和N三个靶基因的扩增及序列测定
    4序列拼接与进化分析
    5氨基酸位点变异分析
结果
    1 HCoV-OC43样本S、RdRp和N靶基因扩增
    2 HCoV-OC43基因进化分析
    3 S蛋白氨基酸位点变异分析
讨论


【参考文献】：
期刊论文
[1]2013-2015年人冠状病毒OC43基因型分布特点的研究[J]. 贾宝迁,肖艳,王营,任丽丽,王健伟.  中华实验和临床病毒学杂志. 2016 (02)
[2]A six-year descriptive epidemiological study of human coronavirus infections in hospitalized patients in Hong Kong[J]. Cyril C.Y.Yip,Carol S.F.Lam,Hayes K.H.Luk,Emily Y.M.Wong,Rodney A.Lee,Lok-Yee So,Kwok-Hung Chan,Vincent C.C.Cheng,Kwok-Yung Yuen,Patrick C.Y.Woo,Susanna K.P.Lau.  Virologica Sinica. 2016(01)
[3]2008-2013年武汉市某医院就诊儿童人冠状病毒感染情况[J]. 孔雯骅,王英,朱洪浩,林新明,余滨,胡权,郭德银,彭劲松.  中华预防医学杂志. 2015 (05)
[4]人冠状病毒OC43在北京成人呼吸道感染患者中感染的初步分析[J]. 胡琴,陆柔剑,彭堃,王文,赵彦杰,楼永良,谭文杰.  中华实验和临床病毒学杂志. 2014 (02)
[5]人冠状病毒HCoV-OC43的研究进展[J]. 胡琴,谭文杰.  中华预防医学杂志. 2013 (07)

硕士论文
[1]人冠状病毒OC43分子流行病学与种系进化动力学特征研究[D]. 张越.北京协和医学院 2014



本文编号：3190645