猪圆环病毒2型感染人源细胞的转录组分析

发布时间：2021-06-20 09:55

　　目的圆环病毒2型（porcine circovirus type 2,PCV2）能否感染人类细胞一直都是一个争论的话题。本研究通过转录组测序（RNA sequencing,RNA-seq）技术分析PCV2感染人源细胞后的差异表达基因及其相关的信号通路、生物学功能,以期为人源细胞对PCV2及其他病毒产生抗病毒效应的研究提供参考。方法用PCV2感染He La细胞,然后进行RNA-seq技术分析,筛选与抗病毒反应相关的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）,并通过实时定量PCR进一步验证。结果在感染PCV2的He La细胞中共注释到15402个Uni Genes,其中有387个DEGs（包括267个上调基因和120个下调基因）。对生物过程类DEGs进行GO富集和KEGG通路分析,发现富集基因要参与应激反应（97/291 DEGs）和免疫系统过程（80/291 DEGs）,其中最显著两条途径的基因是NOD样受体信号途径（21/170 DEGs）和单纯疱疹病毒感染途径（22/170 DEGs）相关差异表达基因。结论 PCV2感染He La细胞之后,... 

【文章来源】：中国比较医学杂志. 2020,30(06)北大核心

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

PCV2感染与未感染细胞基因差异表达分析

图1 PCV2感染与未感染细胞基因差异表达分析此外，利用STRING网站分析了与病毒应答相关的DEGs潜在的相互作用网络。如图3B所示，24个DEGs在PCV2感染后下调，包括IRF9、IFI44L、DDX58、GBP1、GBP3、IFIT2、IFIT1、IFIT3、IL6、IRF1、IRF7、LGALS9、MX1、MX2、OAS1、OAS2、PLSCR1、DDX60、CCL5、IFIH1(MDA5)、DHX58(LGP2)、ZC3H12 A(MCPIP)、RSAD2和ISG15(图3B)。

此外，利用STRING网站分析了与病毒应答相关的DEGs潜在的相互作用网络。如图3B所示，24个DEGs在PCV2感染后下调，包括IRF9、IFI44L、DDX58、GBP1、GBP3、IFIT2、IFIT1、IFIT3、IL6、IRF1、IRF7、LGALS9、MX1、MX2、OAS1、OAS2、PLSCR1、DDX60、CCL5、IFIH1(MDA5)、DHX58(LGP2)、ZC3H12 A(MCPIP)、RSAD2和ISG15(图3B)。2.4 实时q PCR对DEGs的确认

【参考文献】：
期刊论文
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硕士论文
[1]PCV2对人源细胞系感染的研究及转录组分析[D]. 刘晓慧.吉林大学 2019



本文编号：3238973