外泌体和环状RNA在隐球菌病中的作用及机制研究
发布时间：2021-11-25 00:11
第一部分隐球菌脑膜炎患者外周血单个核细胞中lncRNAs和mRNAs表达谱差异性分析目的:lncRNAs在机体生理和病理学过程中均发挥了非常重要的作用。本部分旨在探讨lncRNAs在隐球菌脑膜炎中的作用。方法:收集隐球菌脑膜炎患者外周血单个核细胞后进行芯片检测,同时分析差异性基因所在的GO和KEGG通路;建立差异性表达的lncRNAs和mRNAs的共表达调控网络图;采用实时荧光定量PCR验证差异性表达的lncRNAs和mRNAs的表达水平,检测其治疗后的动态变化。结果:与健康对照组相比,共发现325个mRNAs（201个表达上调,124个表达下调）和497个lncRNAs（263个表达上调,234个表达下调）在隐球菌脑膜炎患者PBMC中存在差异性表达;差异性表达的mRNAs中前三个富集的GO分别是:花生四烯酸结合（GO:0050544）,激活素受体结合（GO:0070697）,复制保护复合物（GO:0031298）,其涉及的前三个KEGG通路分别是:哮喘（hsa05310）,单叶酸碳池（hsa00670）,同种异体排斥反应（hsa05330）;通过构建共表达网络图发现,108个lncR...
【文章来源】：中国人民解放军海军军医大学上海市 211工程院校
【文章页数】：116 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
差异性表达的mRNAs的GO和KEGG分析（a）GO；（b）KEGG
外泌体和环状 RNA 在隐球菌病中的作用及机制研究（四）隐球菌脑膜炎患者差异性 lncRNAs 的特征性分析进一步，我们对差异性表达的 lncRNAs 的种类进行了分析 如图 3a 所示，在隐球菌脑膜炎患者中差异性表达的 lncRNA 中，大部分为基因间 lncRNAs（40.12%），其次为外显子编码链（25.81%），外显子非编码链（12.3%），内含子编码链（10.48%），内含子非编码链（6.65%）及双向性 lncRNA（4.64%） 其中，所有上调和下调的 lncRNAs中，基因间 lncRNAs 均为最主要成分（39.54%，40.77%），其次为外显子编码链（28.14%，23.18%），外显子非编码链（13.31%，11.16%），内含子编码链（9.89%，11.16%），内含子非编码链（6.46%，6.87%），以及双向性 lncRNAs（2.66%，6.87%），见图 3b 除了双向性 lncRNAs 中下调基因超过上调基因的两倍外，其余每种 lncRNAs 中上 下调基因的数目类似，见图 3c
-20-图4lncRNAs和mRNAs的共表达网络图 三角符号代表lncRNAs，圆圈代表mRNAs，红色代表上调，绿色代表下调，点状代表 mRNAs，箭头代表 lncRNAs （六）实时荧光定量 PCR 验证差异性 lncRNAs 和 mRNAs 的表达及治疗后的动态变化我们随机筛选了 9 个 mRNAs 和 7 个 lncRNAs，通过实时荧光定量 PCR，在 20例隐球菌脑膜炎患者和 18 例健康对照者 PBMC 中验证其相对表达量 如图 5a 5c 所示，与健康对照组相比，芯片中差异性表达的 mRNAs 中 CAMP，LTF，OLR1，BPI，CTSG，PGLYRP1，ARG1，OLFM4 以及 CEACAM8 在隐球菌脑膜炎患者 PBMC 中的表达均显著增高 如图 5b 5d 所示，与健康对照组相比，芯片中差异性表达的lncRNAs 中 LINC00968，DPY19L1p1，DEFA8P 和 DEFT1P2 的表达均显著增高，但lncRNAs-DDX11L10 和 MTMR9LP 水平均显著降低，上述变化趋势均与芯片趋势一
本文编号：3517028
【文章来源】：中国人民解放军海军军医大学上海市 211工程院校
【文章页数】：116 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
差异性表达的mRNAs的GO和KEGG分析（a）GO；（b）KEGG
外泌体和环状 RNA 在隐球菌病中的作用及机制研究（四）隐球菌脑膜炎患者差异性 lncRNAs 的特征性分析进一步，我们对差异性表达的 lncRNAs 的种类进行了分析 如图 3a 所示，在隐球菌脑膜炎患者中差异性表达的 lncRNA 中，大部分为基因间 lncRNAs（40.12%），其次为外显子编码链（25.81%），外显子非编码链（12.3%），内含子编码链（10.48%），内含子非编码链（6.65%）及双向性 lncRNA（4.64%） 其中，所有上调和下调的 lncRNAs中，基因间 lncRNAs 均为最主要成分（39.54%，40.77%），其次为外显子编码链（28.14%，23.18%），外显子非编码链（13.31%，11.16%），内含子编码链（9.89%，11.16%），内含子非编码链（6.46%，6.87%），以及双向性 lncRNAs（2.66%，6.87%），见图 3b 除了双向性 lncRNAs 中下调基因超过上调基因的两倍外，其余每种 lncRNAs 中上 下调基因的数目类似，见图 3c
-20-图4lncRNAs和mRNAs的共表达网络图 三角符号代表lncRNAs，圆圈代表mRNAs，红色代表上调，绿色代表下调，点状代表 mRNAs，箭头代表 lncRNAs （六）实时荧光定量 PCR 验证差异性 lncRNAs 和 mRNAs 的表达及治疗后的动态变化我们随机筛选了 9 个 mRNAs 和 7 个 lncRNAs，通过实时荧光定量 PCR，在 20例隐球菌脑膜炎患者和 18 例健康对照者 PBMC 中验证其相对表达量 如图 5a 5c 所示，与健康对照组相比，芯片中差异性表达的 mRNAs 中 CAMP，LTF，OLR1，BPI，CTSG，PGLYRP1，ARG1，OLFM4 以及 CEACAM8 在隐球菌脑膜炎患者 PBMC 中的表达均显著增高 如图 5b 5d 所示，与健康对照组相比，芯片中差异性表达的lncRNAs 中 LINC00968，DPY19L1p1，DEFA8P 和 DEFT1P2 的表达均显著增高，但lncRNAs-DDX11L10 和 MTMR9LP 水平均显著降低，上述变化趋势均与芯片趋势一
本文编号：3517028
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