基于GEO数据库对慢性乙型肝炎中关键miRNAs筛选及其生物信息学分析

发布时间：2022-01-10 21:03

　　目的应用生物信息学方法分析mi RNAs在慢性乙型肝炎（CHB）肝组织中的表达变化及生物学功能。方法在GEO数据库中获取GSE110217芯片数据,使用R语言筛选差异表达的mi RNAs;使用mi RDB、mi RTar Base、Target Scan数据库预测其靶基因,进一步采用DAVID软件对目的基因进行生物学功能（GO）分析,利用京都基因与基因组百科全书（KEGG）数据库对基因进行生物通路富集分析,筛选靶基因所涉及的有意义的生物学功能和通路靶基因;采用String和Cytoscape软件进行靶基因蛋白相互作用（PPI）网络分析,筛选关键靶基因;使用Transmir数据库在线预测和富集分析,筛选mi RNAs的转录因子;以富集在乙型肝炎（hsa05161）通路上的靶基因为基础,构建转录因子-mi RNAs-靶基因调控关系网络。结果在CHB肝组织中共筛出33个差异性表达的mi RNAs,其中10个上调、23个下调。这些mi RNAs的靶基因主要参与转录调控、细胞分裂、凋亡过程负调控及细胞黏附等生物过程,涉及通路主要有乙型肝炎通路及PI3K/AKT、Fox O、Hippo信号通路等。... 

【文章来源】：山东医药. 2020,60(26)

【文章页数】：5 页

【部分图文】：

基于慢性乙型肝炎通路的转录因子-mi RNAs-靶基因的调控关系网络

【参考文献】：
期刊论文
[1]The role of micro RNAs in hepatocyte metabolism and hepatitis B virus replication[J]. Wanyu Deng,Mengji Lu.  Virologica Sinica. 2016(06)
[2]microRNA与乙型肝炎病情转归的关系[J]. 张秀华,吴园园.  分子诊断与治疗杂志. 2015(06)
[3]Host cellular micro RNA involvement in the control of hepatitis B virus gene expression and replication[J]. Yoshiaki Mizuguchi,Toshihiro Takizawa,Eiji Uchida.  World Journal of Hepatology. 2015(04)



本文编号：3581402