广州市男男性行为人群HIV-1感染者的亚型分布及辅助受体预测分析

发布时间：2017-10-05 14:24

  本文关键词：广州市男男性行为人群HIV-1感染者的亚型分布及辅助受体预测分析

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【摘要】：目的了解2008年至2012年广州市男男性行为人群中HIV-1感染者的基因亚型动态分布,探索新的流行重组型CRF和独特重组型URF,分析目标人群的V3环顶端四肽的特征及变异情况,预测研究样本中病毒对辅助受体的利用。方法选择2008年至2012年广州地区新确证且现住址为广州、经男男性行为传播、尚未接受抗病毒治疗的HIV-1抗体阳性的血清样本986份,从中提取病毒RNA,经过两轮的巢式逆转录-聚合酶链式反应(Nested-PCR)扩增gag区和env区基因,第二轮产物进行琼脂糖凝胶电泳,将成功扩增的样本由测序公司进行纯化和测序。使用Chromas软件对基因序列和波形图峰值进行剪辑与分析,使用MEGA6.0软件将样本gag区和env区的基因序列进行排列、对比、校正。使用邻位连接法(Neighbor Joining)构建系统进化树。综合考虑gag区和env区基因的亚型的分析结果,最终确定样本亚型。使用Geno2pheno[coreceptor]2.5对HIV-1辅助受体进行预测。人口学资料使用SPSS17.0软件进行统计分析。结果1.2008年至2012年广州地区MSM样本人群多为20-39岁青壮年,占80%以上;以未婚人士居多,占39%以上;大专及以上占20%以上。2.2008年至2012年广州地区MSM人群阳性感染者中,存在着多种HIV-1亚型,有B、A、F1、CRF01_AE、CRF07_BC、CRF59_01B、CRF54_01B,其中以CRF01_AE和CRF07_BC为主,其次为B亚型。B亚型近年来所占比例逐渐降低,重组型URF所占比例逐年增高。3.在2008年至2009年广州MSM人群中,CRF01_AE重组型的V3环顶端四肽存在GPGQ(88.1%)、GPGR(7.3%)、GPGK(3.4%)、GPGA(0.2%)、GPGS(0.7%)、GPGM(0.2%)六种类型,以GPGQ为主。B亚型存在GPGR、GPGS、GWGR、APGR、AGGR等13种类型。CRF07_BC重组型中存在GPGQ(99.4%)、GPGR(0.3%)、GPAQ(0.3%)三种类型,以GPGQ为主。CRF59_01B重组型仅存在5例GPGR(45.5%)和6例GPGK(54.5%)两种类型。唯一1例CRF54_01B重组型V3环顶端四肽为GPGQ。4.861份样本中约有65.5%的毒株使用CCR5作为辅助受体,约有34.5%的病毒使用CXCR4或CCR5/CXCR4作为辅助受体。64.7%的CRF01_AE重组型病毒使用CXCR4或CCR5/CXCR4作为辅助受体,而99.0%的CRF07_BC重组型病毒和85.7%的B亚型使用CCR5作为辅助受体。唯一一例CRF54_01B重组型为CXCR4或CCR5/CXCR4,72.7%的CRF59_01B重组型为CCR5,78.0%的URF为CCR5。结论1.2008年至2012年广州市MSM样本人群HIV-1感染者平均年龄在30岁左右,多为20-39岁的青壮年,以未婚者居多,文化程度较高。2.在2008年至2012年广州市MSM样本人群阳性感染者中,存在着多种HIV-1亚型的流行,以CRF01_AE和CRF07_BC流行重组型为优势流行株,其次为B亚型,但近年有所降低。近年来MSM人群出现新的流行株CRF59_01B,CRF59_01B,独特重组型URF逐年增多。3.在2008年至2012年广州市MSM样本人群中,CRF01_AE重组型的V3环顶端四肽存在GPGQ、GPGR、GPGK、GPGA、GPGS、GPGM六种类型,以GPGQ为主。B亚型中顶端四肽的变异显著,存在13种类型,远大于CRF01_AE和CRF07_BC重组型。CRF07_BC重组型中GPGQ占大多数,呈现出较高的保守性。CRF59_01B重组型仅存在5例GPGR和6例GPGK。4.在本次研究样本中,约有65.5%的毒株可能使用CCR5作为辅助受体,为NSI病毒。约有34.5%的病毒被预测为CXCR4或CCR5/CXCR4辅助受体。不同的HIV-1亚型的辅助受体表现出不一样的特征。
【关键词】：MSM人群 HIV-1 亚型 辅助受体
【学位授予单位】：广东药学院
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R512.91
【目录】：

• 摘要5-8
• ABSTRACT8-11
• 一、前言11-14
• 二、材料与方法14-21
• 1 材料14-15
• 1.1 样本来源14
• 1.2 实验试剂14
• 1.3 实验设备14-15
• 2 实验方法15-21
• 2.1 病毒RNA的提取15-16
• 2.2 目的基因的扩增16-19
• 2.3 产物鉴定19
• 2.4 PCR产物的纯化与测序19
• 2.5 序列分析与确定亚型19-20
• 2.6 辅助受体预测20
• 2.7 统计分析20-21
• 三、结果21-26
• 1 人口学特征21-22
• 2 HIV-1 亚型的分布特点22-24
• 2.1 env区和gag区扩增22-23
• 2.2 亚型分布23-24
• 3 V3 环顶端四肽特征24
• 4 辅助受体预测24-26
• 四、讨论26-30
• 1 人口学特征26
• 2 HIV-1 亚型的分布特点26-27
• 3 V3 环顶端四肽特征27-28
• 4 辅助受体预测28-30
• 五、全文小结30-31
• 六、不足之处及展望31-32
• 参考文献32-36
• 综述36-43
• 参考文献40-43
• 研究生期间发表论文43-44
• 附录（英文缩略词表）44-45
• 致谢45

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前6条

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本文编号：977297